В Праге Кондаков продолжил свою преподавательскую деятельность. В университете он читал лекции о культуре восточноевропейских славянских и кочевых народностей, большой популярностью пользовались его лекции и семинары по истории античного быта и культуры. Никодим Петрович был избран почетным президентом второго конгресса русских ученых за границей.
Сам ученый Н. П. Кондаков отзывался о своей многолетней деятельности: «Что касается меня, то я всегда был занят исследованием того, как мир античный, грекоримский преобразовался в мир новый, европейский, и стремился показать, как главная роль в этом процессе принадлежала Византии, восточному центру Европы…» Умер Никодим Петрович в Праге 17 февраля 1925 и был похоронен на Ольшанском кладбище.
Историк Русского зарубежья С. А. Беляев отмечал, что вскоре после переезда в Прагу Кондакова и начала его преподавания в Карловом университете, знаменитый ученый-византолог стал «центром, около которого собирались русские ученые и русская молодежь, оказавшиеся на чужбине. Из относительно старшего поколения это, прежде всего, Георгий Владимирович Вернадский (1887–1973), Александр Петрович Калитинский (1880–1940), княгиня Наталья Григорьевна Яшвиль (1861–1939). До своего отъезда из России даже самые младшие из этих лиц уже сформировались как исследователи, и около Н. П. Кондакова они были младшими коллегами… Вокруг Н. П. Кондакова образовался кружок русской молодежи. Он состоял из молодых людей, которые после военной службы в белой армии оказались в эмиграции. Высшего образования у себя на Родине по молодости они еще не успели получить, и, оказавшись в Праге, они стали перед проблемой устройства своей жизни. Н. П. Кондаков помог им поступить в Карлов университет, и они стали членами его домашнего кружка. Это, прежде всего, Н. М. Беляев, Г. А. Острогорский, Н. П. Толль, Д. А. Расовский. Все они получили стипендию, которая впоследствии после окончания Университета была им оставлена… и которая позднее стала их жалованьем в Семинариум Кондаковианум. Атмосфера в этом кружке была домашняя, как в старых профессорских московских и петербургских домах. Отношение между всеми были очень дружеские. Непременной составной частью общения были чаи у Н. П. Кондакова с живым обсуждением общих научных проблем и новой литературы…»
О дальнейшей судьбе ученых из окружения Кондакова после смерти Никодима Петровича С. А. Беляев писал (со ссылкой на слова членов и руководителей Семинария Кондакова профессоров Г. В. Вернадского и А. П. Калитинского): «…Н. П. Кондаков, глубокий ученый, оказавший своими работами длительное влияние на развитие археологической науки не только русской, но и всемирной, был вместе с тем незаменимым учителем для более узкого круга учеников и последователей, которых он захватывал и воодушевлял своим научным энтузиазмом. За всю долголетнюю преподавательскую деятельность Н. П. Кондакова и в Одессе и в Петрограде вокруг него постоянно сосредотачивались люди, привлеченные им к научному деланию. Многих из них уже нет в живых, другие продолжают работать во славу русской науки. Точно так же за последние годы жизни Н. П. Кондакова, в связи с преподаванием его в Карловом университете в Праге, вокруг него образовался кружок учеников, стремившихся ближе и детальнее разрабатывать под руководством учителя те вопросы, которые затрагивались им на его лекциях. Н. П. Кондаков читал курс в Карловом университете в Праге — доступный фактически всем желающим слушать; кроме того, он руководил занятиями студенческого семинария в Карловом же университете; затем на дому у Н. П. Кондакова образовался как бы особый семинар privatissima — некоторые из тех же слушателей его курса или участников семинария постоянно посещали Н. П. Кондакова, вместе или порознь, вновь и вновь поучаясь, в беседах с Никодимом Павловичем. Никодим Павлович всегда охотно раскрывал сокровищницу своего ума, таланта и знания, увлекаясь сам работами и планами работ своими и своих учеников. Для этого ближайшего тесного кружка Никодим Павлович был средоточием духовной жизни, учителем, с которым можно было говорить обо всем, не боясь своего незнания; живою совестью, перед лицом которой нельзя было кривить душою.