Находясь в Братиславе, с болью откликнулся ученый на известие об аресте, не без участия университетских ученых, бывшего своего неутомимого соратника по созданию Русского культурно-исторического музея в Праге Валентина Федоровича Булгакова (1886–1966). Михаил Михайлович попытался вмешаться в судьбу заключенного, но фашисты вывезли Булгакова за пределы Чехии, в один из концентрационных лагерей в Баварии…
…Прогрессивная общественность России того времени не могла не заметить усилий профессора Новикова. В 1912 году он становится членом 4-й Государственной думы и, не отходя от своих принципов, отмечала исследователь творческой биографии Новикова Т. Ульянкина, содействует примирению Министерства народного просвещения с покинувшими в 1911 году Московский университет влиятельными профессорами. Благодаря его усилиям большинство профессоров возвратились на свои университетские кафедры.
Первая мировая война прошлась по судьбе Новикова энергичной его деятельностью в Красном Кресте. Михаил Михайлович, по свидетельству Ульянкиной, был назначен председателем Московского отделения Комитета помощи военнопленным Международного Красного Креста, за деятельность в котором был удостоен почетного ордена Красного Креста.
Символика «третьего глаза» профессора Новикова сказалась также в избрании его в октябре 1917 года на почетную должность ректора Московского университета. Он рад был бы заниматься общей биологией и своими, на философский взгляд, «беспозвоночными», но жизнь распоряжается по-своему.
В 1918 году Совет народных комиссаров (СНК) издает вердикт, в котором ректору Московского университета грозит привлечение к ответственности за неисполнение закона (декрета) СНК о ликвидации домовых церквей. Но, очевидно, это был повод для советских органов наложить свои санкции и приструнить непокорного свободолюбца-ученого. На самом деле ему были предъявлены обвинения в связи с судебным процессом, связанным с подпольной контрреволюционной организацией под названием «Тактический центр». «Притянутые за уши» обвинения в адрес Новикова рассыпались, его участие доказать не удалось, и весной 1919 года его вновь избирают ректором Московского университета. Он даже становится председателем Научной комиссии при научно-техническом отделе советского ВСНХ!..
Но, видно, большевистской карьере Новикова не суждено было сбыться. Образованность и природный ум ученого не давали покоя советским функционерам. Бессилие зачастую порождает насилие. В 1922 году, по утверждению Т. Ульянкиной, Михаила Михайловича вызвали в ГПУ и, без объяснения мотивации решения, предъявили требование в семидневный срок покинуть Россию.
По прошествии лет возникают ассоциации с гуманностью поступков первых российских большевиков. Но ведь все они, просвещенные представители интеллигенции, рожденные в 70–80-х годах XIX века, инфицированные революционными идеями и представлениями о построении «нового, светлого» будущего России, были знакомы, — если не лично, то по теоретическим работам и дискуссиям, — и занимались, в общем-то, одним и тем же. «Рыжеватому» революционеру Ульянову-Ленину повезло больше, и ему удалось применить на практике свои идеи. И вполне возможно, что в 1922–1923 годах дворянин-революционер Ульянов-Ленин осознал, что его честолюбивый «эксперимент» пошел не совсем так, как задумывалось. А высылка им из страны интеллектуальной элиты России — всего лишь «отложенный на время вопрос», исходящий из соображений: «не поняты» — значит, могут быть уничтожены, пускай временно отсидятся за границей — потом разберемся…
Как бы там ни было, а ученый Новиков оказался изгнанным с родины в 1922 году. Пробыв вначале в Германии около года, он в 1923 году был приглашен в Прагу Павлом Ивановичем Новгородцевым, философом права, общественным деятелем, возглавлявшим в то время Русский юридический факультет при Пражском университете.
М. М. Новиков согласился с предложением П. И. Новгородцева и переехал в Прагу, принял активнейшее непосредственное участие в организации Русского народного университета (Русского Свободного Университета). Открытие университета состоялось в 1923 году. Михаила Михайловича избирают заместителем председателя университета, а после отказа А. Кизеветтера от поста председателя профессор Новиков становится во главе высшего учебного заведения. В третий раз заняв должность ректора, на этот раз в университете в Праге, Михаил Михайлович оставался бессменным и незаменимым лидером русского ученого сообщества в течение долгих шестнадцати лет. Результаты колоссальных научных исследований университетских ученых нашли свое отражение в «Научных трудах» учебного заведения, публиковавшихся на русском, чешском и других языках, начиная с 1928 года.