С подавлением вооруженного восстания в декабре 1905 г. в Москве и других местах правительство интерпретировало октябрьские обещания все уже. Если закон о выборах, изданный в разгар московского восстания, казался еще вполне либеральным, то вышедший в апреле 1906 г. основной закон, первая конституция России, существенно ограничивал возможности действий вновь созданного законодательного органа, думы, и давал ей равноправного конкурента в виде на две трети назначенного Государственного совета. Внешняя политика и военная сфера были изъяты из компетенции думы. Кроме того, царь имел абсолютное право вето. Статья 87 основного закона предоставляла царю право издавать законы в период, когда дума и Государственный совет не заседают. В конституции царь снова именовался самодержцем, чем Николай давал понять, что законность в его стране должна быть обоснована все еще монархически, а не демократически. Однако советникам удалось отговорить его от того, чтобы записать в конституцию прежнюю формулу «неограниченный самодержец». После принятия конституции и заключения договора об иностранном займе невиданного до сих пор размера, для которого еще был нужен премьер-министр, Николай сместил с должности, теперь окончательно, глубоко ненавистного Витте. Премьер не получил даже обычного в таких случаях денежного подарка.
Избранная в апреле 1906 г. дума разочаровала правительство. Так как социалистические партии бойкотировали выборы, то власть в думе принадлежала либералам и ради-кал-либералам. Тем не менее представления думы были еще слишком радикальными для правительства. Она настаивала на ответственности министров, учредительной функции думы, то есть функциях, аналогичных таковым Учредительного собрания, и на широкой экспроприации частных землевладений в пользу крестьян с компенсацией по рыночной цене. Николай ждал только удобного момента для роспуска думы. Когда она призвала население дождаться решения ею аграрного вопроса, то правительство расценило это как революционный акт и распустило думу. Одновременно царь заменил премьер-министра Горемыкина энергичным и дельным Столыпиным, в прошлом предводитель дворянства в Ковно и губернатор Саратова, который произвел впечатление своей активной позицией во время революции и ясными докладными записками о положении в стране. Столыпину удалось заинтересовать царя своей аграрной программой, предусматривавшей ликвидацию общины — священной коровы реакционеров. Николай одобрил и учреждение военных трибуналов, которые могли бы в суммарном производстве приговаривать к смерти политических противников, действовавших с оружием в руках. Эта мера встретила упорное сопротивление общественности и сделала невозможным сотрудничество между консервативными конституционными силами и Столыпиным во время второй думы. Столыпинские трибуналы попирали принципы правового государства, но нужно сказать, что число приговоренных к смерти и впоследствии казненных лиц было незначительным. Вторую думу, состав которой был еще более радикальным, чем состав первой, поскольку социалистические партии отказались от бойкота выборов, нельзя было склонить к сотрудничеству с существующей системой. Правительство и теперь ждало только удобного момента для ее роспуска. Это произошло 3 июня 1907 г. Одновременно царь издал новый закон о выборах и созвал третью думу, которая должна была начать работать осенью 1907 г. Новый закон о выборах давал огромные преимущества дворянам и богатым горожанам. Избирательное право сохранили за собой почти все, за исключением сельской интеллигенции и национальных меньшинств в азиатских регионах России. В результате представительство национальных меньшинств европейской России существенно уменьшилось, поскольку, как говорилось в манифесте царя, дума должна быть русским учреждением, и национальные меньшинства не должны определять судьбу государства. День 3 июня 1907 г. стал днем государственного переворота, поскольку новый закон о выборах должна была издавать только дума. Но это был государственный переворот, направленный в равной степени как против правых, так и против левых, поскольку Столыпин своей акцией расстроил далеко идущие планы, сводившиеся к отмене конституционных уступок от 17 октября 1905 г. При всем раздражении царя революционным движением и оппозиционными думами он не был еще готов к тому, чтобы нарушить свое слово.
Программа, на которой сошлись царь и премьер-министр, никоим образом не означала выполнения программы дворянской реакции. Конституция практически не была отменена, а дворянство не могло навязать правительству свою аграрную программу, скорее правительству удалось, искусно влияя на «Объединенное дворянство», заставить его просить о такой аграрной программе, которая в значительной степени отвечала бы желаниям правительства. Поэтому «Объединенное дворянство» вскоре пересмотрело свои взгляды и критиковало политику премьер-министра и царя в области промышленности и сельского хозяйства за то, что она приводила к постепенной экспроприации собственности дворян. Отношения между правительством Столыпина и «Объединенным дворянством» неудержимо ухудшались, и «Объединенное дворянство» отклонило ряд проектов премьер-министра, касавшихся реформ сельского самоуправления и администрации, поскольку они привели бы к существенному ограничению привилегий дворянства. С другой стороны, царь энергично защищал свои прерогативы, например, в военной области и во внешней политике. Так, вопрос о перечне должностей для военно-морской службы, который был утвержден в рамках бюджета морского министерства, в 1909 г. привел к министерскому кризису, поскольку это могло означать, что дума хотела определять и внутреннюю организационную форму военно-морского флота. Царь отказался подписать этот закон и этим дал понять, что он не будет мириться с постепенным расширением компетенции думы. Поскольку реформаторские силы были ослаблены министерским кризисом 1909 г. и борьбой за закон о терпимости к староверам, то более значительные проекты реформ могли теперь иметь успех только в том случае, если их можно было связать с важными национальными задачами. Столыпин пытался в этом отношении использовать националистические силы, в том числе и для того, чтобы таким образом сломить возражения противников реформ, прежде всего Государственного совета. Самые разные факторы отчетливо проявились в так называемом кризисе западных земств. Архиконсервативные силы в Государственном совете отклонили этот проект, предусматривавший создание земств и в западных провинциях со смешанным национальным составом населения. В их глазах это в перспективе фактически ограничило бы власть царя, и благодаря особым условиям новые столыпинские крестьяне приобрели бы большее влияние на порядок проведения выборов в западных губерниях. Угрожая отставкой, Столыпин вынудил царя на три дня отложить заседание думы и Государственного совета и на основании статьи 87 конституции ввести закон о западных земствах в утвержденной думой, то есть относительно демократичной форме. Царя заставили сделать этот шаг Столыпин и, прежде всего, его мать. Однако он не простил этого своему премьер-министру. Убийство Столыпина в 1911 г. в Киеве освободило царя, как он считал, от необходимости сместить Столыпина с должности.
Отношения между Николаем и его премьер-министрами демонстрируют основополагающую структурную проблему конституционной монархии: если премьер-министр приобретает влияние, ему удается проводить единую политику правительства, что делает его популярным, то монарх отходит на задний план и простор для принятия им решений ограничивается. Николай почувствовал это и в различных ситуациях становился на сторону противников Столыпина, чтобы сохранить свое положение. Тем самым он препятствовал политической консолидации своего режима. Николай сознательно ослабил своего следующего премьер-министра: Коковцову он не позволил стать министром внутренних дел, а Горемыкина в 1914 г. вообще сделал премьером без собственной компетенции. Поэтому их позиция становилась все более слабой, и разные министерства теперь совершенно открыто действовали друг против друга или осуществляли несовместимую политику. Так, премьер-министру Коковцову не удалось предотвратить вмешательство министра внутренних дел в выборы четвертой думы (1912 г.) не в пользу октябристов, а в пользу еще более правых партий и сфабрикования пресловутого процесса о ритуальном убийстве против еврея Менделя Бейлиса, этот процесс подорвал престиж и монарха, и Российской империи.