То, что боярину Годунову удалось до 1587–1588 г. оттеснить или отстранить конкурирующих членов регентского совета, является свидетельством его личных политических способностей, но успех вряд ли был бы возможен, если бы на его стороне не стояли определенные группировки. Последовательное прикрепление крестьян к земле было выгодным служилому дворянству, владевшему землей; возвышение епархии до патриаршества (1589 г.) укрепляло чувство собственного достоинства высшего духовенства, с этим были главным образом связаны и дальнейшие повышения в чине; дьяки, игравшие важную роль в управленческой практике, преимущественно выходцы из семей купцов или священников — также связывали с ним свои надежды. Впрочем, нет ничего удивительного и в том, что иностранные посредники, прибывавшие в Москву для экономических или политических переговоров, вели их с Годуновым (в своих отчетах они называли его «губернатором», тем самым правильно описывая реальное положение вещей). Подозрения в том, что он мог быть причастным к загадочной смерти сына Ивана, Дмитрия (1591 г.), подтвердить не удалось. Назначение князя Василия Ивановича Шуйского, явного конкурента Годунова, главой следственной комиссии было умным дипломатическим ходом. Комиссия пришла к выводу, что наследник престола погиб в результате несчастного случая. Наконец, огромные доходы позволяли фактическому регенту представлять веские доказательства благоволения людям, казавшимся ему полезными.
Таким образом, он мог быть уверен в том, что настроение в столице было для него благоприятным. Большинство иностранных наблюдателей склонялись к мнению, что его возвышение основывалось не на искусстве хитроумных интриг, а было в значительно большей степени результатом выдающихся политических способностей. В любом случае, можно поставить ему в заслугу то, что он сумел облегчить бедственное положение населения, вызванное изнуряющей политикой царя Ивана IV, не в последнюю очередь благодаря мирным договорам с соседними государствами и охране южной границы государства путем строительства укреплений и опорных пунктов, из которых могли вырасти города. Когда в 1598 г. возникла чрезвычайная ситуация, потребовавшая выбора царя, закономерно встал вопрос о том, есть ли вообще другой реальный кандидат, кроме Годунова, тем более, что его рекомендовали и царица-вдова, и патриарх Иов. Земский собор, действовавший как избирательный орган, носил черты импровизации. Время поджимало, а для процедуры не было установлено никаких формальных правил. Положение характеризует наличие более чем одной редакции протокола выборов. Избранник определенно осознавал сомнительность своего положения, следовательно, было бы неумно принять выбор без колебаний. Если бы он принял на себя обязанности государя, уступив напору царицы-вдовы и патриарха и мольбам московского «народа», то это означало бы, что выбор отвечает всеобщей воле, а не удовлетворяет личное тщеславие. Неизвестно, нашлись ли критики или противники выбора.
Основываясь на опыте десятилетнего фактического регентства, новый царь мог развивать свои дальнейшие политические цели, между тем их осуществление осложнили изменившиеся обстоятельства: решения, которые принимались и осуществлялись боярином Годуновым, одобрялись царем Федором и имели силу закона. Царь Годунов, однако, мог рассчитывать только на свой авторитет, а он ни в коем случае не был непререкаемым. То, что он через свою сестру был связан с династией Рюриковичей, можно было выдвинуть в качестве доказательства генеалогической непрерывности, тем не менее это убеждало не всех: вдовствующую царицу уговаривали самой принять корону — бояре присягали ей на верность, и некоторые распоряжения отдавались от ее имени — но Ирина ушла в монастырь и рекомендовала своего брата. Избранный царь не происходил из знатного рода, близкого к московской династии.
Царь Борис начал свое правление с щедрых милостей, присвоения чинов, наделения землей, подарков. Одновременно он требовал четко сформулированной клятвы в верноподданничестве. И то, и другое можно было истолковать как признак неуверенности, как поиск приверженцев и недоверие ко многим. Перед коронацией Борис произвел общую мобилизацию военных сил, которые сосредоточились в Серпухове, так как якобы существовала угроза нападения татар, но фактически избранный царь искал возможность выяснить настроение служилого дворянства и повлиять на него. Замысел удался: военная операция оказалась ненужной, а дворянство, очевидно, оценило то, что рабочая сила в лице крестьянства была гарантирована им законом. После своей коронации (9 марта 1598 г.) царь Борис почувствовал себя настолько уверенным, что смог основательно рассчитаться с прежними соперниками. Особенно пострадал род Романовых и его сторонники: их глава, Федор Никитич, был заточен в монастырь под именем инока Филарета, его жена также была пострижена как инокиня Марфа. Вельможам, принадлежавшим к родам Шуйских и Голицыных, были предоставлены посты далеко от Москвы. После перестановки кадров на высоких должностях новый царь мог рассчитывать на лояльность выдвиженцев; дьяки центральных приказов, как носители важных управленческих функций, были преданы новому государю.
Хотя после Ливонской войны, принесшей много жертв, и опричнины наметилось улучшение экономического положения страны, финансовая ситуация была все еще неудовлетворительной. Это можно было объяснить низкой эффективностью управления; его организация была неудачной, полномочия приказов многократно дублировались, регулярные налоги часто приходилось дополнять специальными пошлинами; наличных денег не хватало (в обращении были только серебряные копейки или их доли, рубль служил лишь расчетной единицей). То, что органы управления одновременно работали как судебные инстанции, соответствовало традиции, но, тем не менее, не способствовало надежности. Неопределенность отношений предоставляла достаточно возможностей для того, чтобы создавать себе преимущества путем «поминок» — скрытой формы взяток. В своем манифесте по случаю коронации царь Борис пообещал справедливое отношение ко всем подданным. Само собой напрашивалось «противоядие» — контроль за органами управления, но призывы сообщать о нарушениях создали и простор для доносов. Разумные попытки не давали гарантии получения соответствующих результатов; инерция привычного была так же сильна, как и скепсис по отношению к предписываемым нововведениям.
Критической оставалась и нехватка денег в государственной казне; было поручено доставить из-за границы благородный металл для чеканки монет. Налоги уплачивались большей частью продуктами, которые нужно было продавать на рынке. Естественно, напрашивалась мысль о развитии городов, как очагов торговли. Жителей городов можно было объединить в особую группу налогоплательщиков, которые больше не зависели от указаний различных органов управления. В этом контексте видны политико-экономические замыслы, которые позднее, в Уложении 1694 г., приобрели силу всеобщего закона (см. главу «Алексей Михайлович»). Развитию городов должны были послужить и иностранные ремесленники и инженеры: часть специалистов, насильственно переселенных из Ливонии в Москву во времена Ивана Грозного, осталась в столице и после того, как им разрешено было возвратиться на родину. Вновь прибывшие, среди них врачи и военные, находили восприимчивую общину. Одновременно с усилиями по вербовке иностранцев английским и любекским купцам давались обязательства предоставить широкие возможности для торговли во многих местах; вероятно, при этом предполагалось активизировать через них и политические связи. Московские партнеры по переговорам, как правило, рассматривали иностранных купцов и как представителей их правительств.
Царю Борису было известно, что даже в высоких административных инстанциях знания о политической и экономической обстановке за рубежом были ограниченными. Хотя в Кремле аккуратно записывали доступную информацию, но собственные взгляды отсутствовали. Можно предположить, что в высших московских кругах уверенность в собственной исключительности приводила к самодостаточности, кроме того, иерархи православной церкви постоянно предостерегали от пагубного влияния из-за границы. Посылая 18 показавшихся ему способными юношей для обучения в Англию и немецкие земли, царь, очевидно, преследовал этим не только цели образования в узком смысле, но и подготовку будущих слуг государства с более широким кругозором. Ожидания не оправдались — ни один из государственных стипендиатов не вернулся в Московию.