Это восстание было первым в ряду городских мятежей середины века, которое в противоположность бесчисленным крестьянским мятежам, направленным только против несправедливого социального порядка и «богачей», носило выраженный политический характер. Хотя корни городских беспорядков крылись в социальной неудовлетворенности, но из-за безуспешности других протестов (коллективных челобитных) были направлены непосредственно на правительство, стали опасно близки к угрозе самому царю, сопровождались определенной солидаризацией дворянства и посадского населения, а в 1648 г. даже привели к временному влиянию на правящую власть. Обострило напряженную ситуацию 1645–1648 гг. игнорирование правительством древнего права населения на подачу челобитных.
1 июня 1648 г. Алексей Михайлович возвращался в столицу из Троице-Сергиева монастыря с празднования троицы. Группа жителей остановила процессию, прямо обратилась к царю и хотела, воспользовавшись этим случаем, подать сопровождавшим его боярам жалобу на Л. С. Плещеева, возглавлявшего Земский приказ (московскую городскую администрацию). Однако просителей без ведома царя высекли, 16 из них были арестованы. На следующий день еще большая толпа потребовала освобождения заключенных и пожаловалась на других сановников: Морозова, дьяка Артиллерийского приказа П. Т. Траханиотова и дьяка Посольского приказа Н. И. Чистого. Последний был даже убит разъяренными москвичами. В то время как часть восставших грабила дома богачей, другая часть ворвалась в Кремль и добилась от Алексея Михайловича освобождения арестованных. Царя при этом охраняли только иностранные офицеры, поскольку лейб-гвардия стрельцов поддержала мятежников. Впоследствии, например в 1682 г., социальные проблемы привели к еще большим беспорядкам (см. главу «Федор Алексеевич»), Царь не смог защитить Плещеева и Траханиотова, они были убиты 5 июня. Только его свояк Морозов, за которого царь слезно молил, отделался ссылкой на Белоозеро, после чего Алексей определенно связал свою собственную судьбу с его жизнью. Кроме того, царю удалось отвести непосредственную опасность: стрельцам удвоили жалованье, поили их спиртным, дарили выборным от мятежников собольи шкурки и наделяли служилых людей землей. Пострадавшим от сильного пожара 3 июня, виновными в котором, возможно, были люди Морозова, пришлось пообещать компенсацию: в результате пожара погибли 2000 человек, сгорели тысячи домов, 500 000 тонн зерна и арсенал. В первые дни июня город практически находился в руках восставших.
Наряду с непосредственными результатами этот спонтанный бунт имел и ряд долгосрочных последствий, которые большей частью восходили к более чем 70 челобитным (до конца июля). 12 июня было принято решение об аннулировании недоимок по налогам, посадские должны были исполнять свою выборную службу только по месту жительства, «закладчики» из тяглых людей должны были быть возвращены сотнями (объединениями типа гильдий) крупных купцов и суконщиков, а согласие на возвращение Морозова 26 октября было куплено денежными подношениями стрельцам. В дальнейшем он больше не играл важной роли и действовал как советник.
Тем не менее во второй половине июня правительству удалось на основе определенной консолидации усмирить восстание холопов и подавить более мелкие беспорядки в провинции, которые порой провоцировались новостями из столицы. Правда, в Москве, где мятеж тлел до апреля 1649 г., и особенно в середине ноября существовала угроза нового бунта, пришлось пойти на более основательные уступки, тем более, что у правительства возникло впечатление, что средний слой служилых людей солидаризуется с посадским населением и что появился призрак смуты. Поскольку дворяне теперь излагали свои требования более резко, как и купцы, и обе группы совместно подписывали петиции, то 10 июня они в ультимативной форме потребовали созыва Земского собора, а 30 октября в своей челобитной даже поддержали требования другой группы. Требования касались мер, направленных против коррупции, улучшения структуры управления и суда и передачи церковных земель служилым людям, включения «белых», то есть освобожденных от налогов, слобод в тягло и выдворения иностранных купцов из Москвы.
Большинство из этих требований были выполнены в Уложении, своде законов от 29 января 1649 г., который пришел на смену Судебнику 1550 г. и в котором впервые по меньшей мере 8,5 % из 967 параграфов появились по инициативе населения. Правда, этот источник Уложения замалчивается в преамбуле, на Земском соборе, состоявшем как минимум из 245 участников, все-таки упоминается. Непосредственная работа была выполнена кодификационной комиссией, возглавлявшейся Н. И. Одоевским. Наряду с челобитными комиссия использовала и прежнее законодательство, и «Литовский статут». К последнему восходит сформулированное в письменном виде положение о защите царя и двора (вероятно, урок, вынесенный из опасной ситуации 1648 г.) Наиболее известной нормой стала уже упомянутая отмена урочных лет для крестьян, которая теперь была законодательно зафиксирована и вылилась в закрепление на земле на основании переписей 1627 и 1631 гг. На протяжении 18 в. это ограничение свободы преобразовывалось в крепостное право в полном смысле слова. Впрочем, закрепление распространялось и на посадское население, которому было запрещено покидать тягло. Соответственно гражданским и церковным землевладельцам было запрещено брать тяглых людей и тяглые земли в «заклад» и селить своих собственных людей на общинных землях. Церковникам нельзя было в будущем приобретать во владение никаких имений. Кроме того, была ограничена их подсудность, за исключением патриарха. Требования о децентрализации судопроизводства и расширении выборного управления были проигнорированы.
Последнее обстоятельство доказывает, что правительство не хотело выпускать из рук самодержавную власть и использовало для этого даже Уложение. Было бы совершенно неправильно интерпретировать победу посадского населения и мелкого дворянства над боярами и церковью как ослабление самодержавия. Достигнутые теперь условия вполне отвечали намерениям царя, освобождали его от принятия долго откладывавшихся решений и укрепляли союз самодержавия с низшими слоями дворянства. Жалобы русских купцов на иностранную конкуренцию, напротив, пришлось пока отложить до появления повода для высылки иностранцев. Такой повод был найден, когда в Москве стало известно об убийстве Карла I Оливером Кромвелем. Возмущенный «таким злым деянием» Алексей Михайлович выслал англичан (только их!) из Москвы к 1 июня 1649 г., запретил им участвовать во внутренней торговле и ограничил их торговлю Архангельском.
Беспошлинная торговля была запрещена им еще в 1646 г. Таким образом в этом щепетильном вопросе был найден компромисс; при этом ужас царя был подлинным, но одновременно дал ему повод для вмешательства. В 1654 г. запрет на внутреннюю торговлю распространился также на голландских и гамбургских купцов.
Хотя Уложение и было «революционным» по своему происхождению, но укрепило старый порядок и сказалось в будущем только в том, что привело к застою во многих областях, особенно в крестьянском вопросе. Весной 1649 г. было отпечатано и разослано во все учреждения 2000 экземпляров Уложения. Несмотря на это, декларированного в преамбуле равенства всех перед законом, естественно, не существовало на практике, тем более что, несмотря на более систематическую структуру Уложения по сравнению с прежними сводами законов, в нем чувствовалось отсутствие опоры на римское право. Поэтому позже, при Петре Великом, оно было пересмотрено, но официально оставалось в силе до 1 января 1835 г., поскольку следующим императрицам и императорам не удавалось изменить закон.