Русская церковь в 1547 г. поставила православного царя в рамки строгих религиозно-моральных норм. Через протопопа Сильвестра, как можно узнать не, только из собственных произведений Ивана, ему предъявлялись такие требования, которые были на грани применения духовного насилия. Под этим влиянием Иван IV проявил реформаторскую активность, которая наложила отпечаток на последующие годы.
Важной реформой с целью централизации церкви было создание единого церковного календаря и канонизация русских национальных святых в 1547 и 1549 гг.; в 1550 г. была завершена новая редакция Судебника 1497 г., который больше не соответствовал требованиям централизованной монархии. Параллельно осуществлялась широкая реформа управления, начавшаяся с деревенского самоуправления и дошедшая до назначения наместников. При этом можно увидеть и структурные новшества, такие, как введение выплаты чиновникам жалованья из казны вместо кормления за счет уездов. Наряду с рационализацией управления проходила и модернизация армии, прежде всего организация постоянного стрелецкого войска. Но деятельность распространялась и на другие сферы: реформа мер и весов, организация системы органов центрального управления приказов, таких, как Посольский, Разбойный, Тюремный и т. д. Этими годами следует датировать и первые анонимные печатные книги.
Царь поддерживал проекты реформ важным внутриполитическим новшеством, а именно: введением государственных собраний (соборов) (которые, правда, по сравнению с немецкими или даже польскими рейхстагами были лишь символическими собраниями). По-видимому, в дополнение к ежегодному собранию архиереев с 1549 г. проходили совместные совещания иерархов и аристократии; впервые достаточно подтверждено документами проведение собрания с представителями из разных частей страны в 1566 г.
Принципиальное совещание царя, иерархов и аристократии по поводу религиозно-морального состояния общества произошло в 1551 г. на Стоглавном соборе. Он был назван так из-за повестки дня, содержавшей сто вопросов и разработанной под личным руководством царя. Иван IV, по почетному праву, которым обладал еще византийский император, открыл собор обращением, предложил перечень вопросов и принял участие в совещаниях. Во вступительном слове Иван IV призвал епископат поставить православное общество под власть священного писания, «для поправления благой законности церкви и правого царского законодательства и всего порядка в стране». Подготовительные совещания выявили большие отличия от наброска картины «третьего Рима», «Священной Руси», так что молодого царя, по-видимому, охватывало отчаяние, когда он рассматривал общественную реальность или ее отражение в сочинениях критиков. Вопросы, сформулированные Иваном IV и его советниками, по сути являются упреками духовенству и упреками государя самому себе. Вместе с ответами архиереев они образуют самокритичную опись, составленную с консервативных позиций. Запущенность приходов и монастырей: от разрушения зданий церквей, необразованности и пьянства до коррумпированности общественных благотворительных учреждений, невыносимое для консервативных сторонников безбрачия состояние нравственности, — все это темы, раскрытие и общественное обсуждение которых обнаруживают усилия царя, направленные на оздоровление православного общества. В те годы был составлен «Домострой» протопопа Сильвестра, авторитарный устав ведения богатого хозяйства в строго христианском духе, содержавший традиционные нормы для основной ячейки общества.
Иван IV и его «избранная рада» обладали достаточной самоуверенностью и решительностью, чтобы параллельно с внутренними реформами начать осуществление наступательной политики в отношении государств-преемников Золотой Орды, в частности Казанского ханства на Средней Волге. Трижды Иван IV лично возглавлял походы против казанских татар, первый раз зимой 1547/48 гг., затем еще раз в 1549/50 гг., но успеху помешала ранняя оттепель. Триумф принес только третий удар, когда непосредственно напротив Казани был построен форпост, в котором можно было расположить артиллерию и запасы, что сделало возможным летний поход через «Дикое поле». 2 октября 1552 г. царь Иван IV с помощью западных минных дел мастеров, наконец, штурмовал крепость и уничтожил «исламскую орду». Город Казань был освящен по христианскому обычаю и заселен русскими. Теперь в руках царя был ключ от Сибири. Войны, которые велись очень жестоко, еще не полностью сломили сопротивление казанских татар, а Сибирское ханство уже выразило покорность русскому царю. В следующем году было окончательно завоевано Астраханское ханство в устье Волги. Таким образом, Иван IV перевернул «татарское ярмо», потому что сейчас русский царь властвовал над татарскими царствами, называл Чингисидов своими вассалами, добавил к своему титулу «царь Казанский, царь Астраханский». На азиатском пространстве русского государя с тех пор называли «белым царем», что значит «император Запада».
От Казани открывались водные пути на Средний Урал с его месторождениями руды, а оттуда — в Сибирь. Еще при жизни Ивана IV в 1581–1582 гг. казачий атаман Ермак по поручению семьи предпринимателей Строгановых вел первые бои с сибирскими татарами. Из Астрахани Иван IV поспешил в северное предгорье Кавказа и открыл путь к христианским государствам грузин и армян. Наконец ничто не стояло на пути прямых связей с Персией.
Завоевание Астрахани русской империей угрожало жизненным интересам Турции, поскольку через дельту Волги до тех пор проходил важнейший путь, связывавший центрально-азиатские тюркские народы с западно-тюркской Османской империей и Меккой. Поэтому султан Селим II и крымский хан в 1569 г. попытались вернуть Астрахань грандиозным походом (с первой попыткой прорыть канал между Волгой и Доном), но напрасно: Иван IV окончательно разъединил тюркские народы.
Завоеванием татарских ханств Иван IV сделал решающий шаг к превращению России в многонациональную империю, поскольку несмотря на многолетнюю истребительную войну, организованную колонизацию и руководимую государством христианскую миссионерскую деятельность регионы на Средней и Нижней Волге оставались мусульманскими, даже маленькие народности не поддавались русификации.
Проснувшееся еще в детстве недоверие Ивана IV к своему окружению искало себе все новую и новую пищу, прежде всего с того времени, как царь предъявил приближенным новые требования. Однако в политической структуре Московского царства было так же мало места для безусловного подчинения аристократии и церковных иерархов воле «боговенчанного царя», как и до этого в Византийской империи. Сколько бы ни хотел Иван IV как «император, ведущий священную войну», торжествовать победу над татарскими царствами, но военные и политические действия за него осуществляли другие, и его чувствительный ум отмечал некоторую деталь, которая бросала тень на саму победу над Казанью. Его недоверие превратилось в глубокую пропасть полгода спустя, когда в. марте 1553 г. царь так тяжело заболел, что были приняты меры на случай его смерти. Аналогично тому, как его отец в 1533 г. позаботился о защите трехлетнего царевича от взрослых братьев, Иван IV потребовал присягнуть младенцу Дмитрию, родившемуся в октябре 1552 г. Политический разум должен был бы говорить в пользу двоюродного брата и ровесника Ивана, Владимира Андреевича. Под давлением решительных сторонников царя вельможи, и сам Владимир Андреевич, повиновались, однако от присяги по принуждению можно было бы отречься. Сопротивление воз ведению на русский престол малолетнего ребенка затронуло ближайшее окружение царя, даже Сильвестр, духовник Ивана, казалось, предал его. Случай, который, пожалуй, стал трагедией для самого царя, вероятно, уладил ситуацию для советника Ивана: царь оказался виновником последовавшей вскоре смерти маленького Дмитрия. Выздоровев, царь, вопреки советам, взял его с собой на богомолье по святым монастырям северной Руси. Во время поездки нянька и ребенок упали в воду со сходней, и первенец Ивана умер.