Новый министр внутренних дел и его союзники в принципе рассматривали реформы предыдущего режима как ошибку и были убеждены в том, что необходима большая централизация, что суды только мешают полиции, а в земствах работают болтуны, которых они вместе с судами считали настоящей оппозицией, но они не знали, какой политический курс следует избрать. Лишь постепенно добилась признания программа контрреформ, разработанная начальником канцелярии Министерства внутренних дел Пазухиным. Тем не менее это министерство раскачивалось долго. В первые годы Толстой не отваживался запретить газету «Голос», в которой либеральные бюрократы пропагандировали свои взгляды и обсуждали свои проекты. Пазухин был протеже Каткова и мог рассчитывать на поддержку влиятельного публициста.
Первые мероприятия касались укрепления общины, в 1886 г. был затруднен внутрисемейный раздел земли. В 1886 г. Министерство внутренних дел хотело обязать полицию возвращать назад сельскохозяйственных работников, покидавших места работы до истечения срока договора. Поскольку даже реакционер Победоносцев находил, что этот закон чересчур напоминал крепостное право, то проект был в значительной степени смягчен. Закон о переселении 1889 г. поставил его в жесткие рамки, чтобы не пострадали интересы помещиков. Через три года новый закон определил, что общие перераспределения внутри общины можно производить не чаще, чем раз в два года. Эта мера также была направлена на укрепление общины. По личной инициативе Александра III 14.12.1893 г. был издан закон, который определял, что крестьянские наделы в принципе не могут быть отчуждены и могут быть проданы только другой общине. Тем самым было отменено положение статута об освобождении крестьян 1861 г., которое делало возможным постепенный переход коллективной земли в частное владение. Одновременно был запрещен заклад крестьянской земли под ипотеку, а продажа земли другим крестьянам допускалась только при согласии двух третей членов крестьянского схода.
Уже в 1884 г. была ликвидирована независимость университетов, за отмену которой Толстой, поддерживаемый Катковым, боролся в последние годы своего пребывания на посту министра народного просвещения. Теперь ректоров и деканов назначал министр просвещения, а инспектор соответствующего учебного округа получил широкие права на вмешательство в дела университета. Инспектор по делам студентов отныне подчинялся не университету, а инспектору учебного округа. Министр мог также назначать профессоров. Время правления Александра III было единственным периодом, когда число студентов и гимназистов сократилось, и была сделана попытка снова в значительной степени ограничить доступ в рады студенчества представителен других сословий, кроме дворянства, увенчавшаяся успехом только в Санкт-Петербурге. С этим был связан и так называемый «Кучерский циркуляр», который гласил, что детям поваров, кучеров и пр. не полагается получать высшее образование, потому что оно только склоняет их к тому, чтобы подвергать сомнению естественный порядок собственности. Но и в политике в отношении университетов либеральный Государственный совет мог смягчить проекты реакционного министра народного просвещения. Ему удалось даже вопреки желанию самого Александра добиться того, чтобы политически неугодных студентов не забирали в армию в качестве наказания. Либералы в Государственном совете и среди бюрократии смогли также помешать тому, чтобы реальные школы снова стали чисто ремесленными и коммерческими школами, как этого хотели Делянов и Толстой. В вопросах образования Александр III поддерживал абсолютное меньшинство в Государственном совете: семь человек против подавляющего либерального большинства — 34 членов совета. С 1884 г. приходскими школами и так называемыми «школами грамотности» управляло Министерство духовных дел. Одновременно в этот период значительно выросло количество приходских школ. Для поддержки экономических интересов дворянства в 1885 г. был основан Дворянский банк, который должен был снабжать дворян дешевыми кредитами.
Ядро так называемой контрреформы образовали три мероприятия: введение института земских начальников в 1889 г., изменение статуса земства в 1890 г. и пересмотр городового положения в 1892 г. Важнейшим результатом этих мероприятий было укрепление позиции дворянства или, поскольку оно было недостаточно многочисленным, позиции имущего класса и старых сословно-государственных элементов. Земские начальники в 1889 г. заменили мировых судей. Одновременно земский начальник получил ряд административных и контрольных функций в отношении крестьянского самоуправления. Таким образом, на самом низшем уровне был поставлен своего рода суррогатный монарх, в лице которого было устранено разделение судебной, административной и полицейской функций. Это было, вероятно, наиболее радикальное нарушение реформаторских замыслов предыдущего правительства. В то же время это был единственный случай, в котором Александр III в наиболее грубой форме продемонстрировал свою самодержавную власть: Александр отклонил решение как большинства, так и меньшинства в Государственном совете и выступил за первоначальный проект Толстого, который все-таки должен был быть доработан Государственным советом и поэтому даже теперь вступил в силу не совсем бессодержательным. Однако эта крайняя форма утверждения автократической власти скорее объяснялась ошибкой Александра. Проект земской контрреформы, внесенный в Государственный совет Толстым в 1888 г., был решающим образом смягчен либерально-консервативным большинством. Чего хотел Толстой, так это глубочайшей интеграции земств в государственный административный аппарат в условиях устранения собственной исполнительной власти земства, и последующего усиления позиций крупного дворянского землевладения. Губернаторы должны были получить права прямого вмешательства в решения и планы земства, а все другие общественные группировки, кроме крестьян и дворян, не должны были допускаться к участию в его деятельности. Крестьянам больше не предоставлялось подлинное избирательное право. В 1890 г., когда, уже после смерти Толстого, закон был опубликован, он принес с собой значительное усиление дворянского элемента внутри земских собраний, исключение из управления городского и ремесленного элементов и евреев, что в совокупности означало усиление сословных черт этого института самоуправления. Одновременно было существенно ограничено избирательное право крестьян. Но земства не были введены в государственное управление, губернатор не получил неограниченного права вмешательства, а в случае разногласий между губернатором и земством можно было апеллировать к сенату. Самостоятельная земская исполнительная власть (управа) сохранялась. Эта контрреформа не принесла успеха, так как земства постепенно начинали политизироваться и в конце 19 в. становились главным элементом либеральной оппозиции — чему она как раз и препятствовала. Аналогично земствам были изменены и органы городского самоуправления: количество лиц, имеющих право голоса, и так уже относительно небольшое, было еще раз значительно сокращено, и было существенно усилено господствующее положение наиболее имущих слоев городского населения. Из-за этих мер земства и города потеряли предоставленную им первоначально возможность приспосабливаться к социальным изменениям. На деле эти институты больше коренным образом не реформировались до 1917 г. и не могли учитывать появления новых слоев общества, которые все более настойчиво добивались участия в управлении.