На общественно-политическую обстановку в Дагестане продолжают влиять последствия вооруженного вторжения исламских экстремистов в августе — сентябре 1999 года. Усиленный контингент федеральных войск на границе с Чечней сегодня препятствует вторжению незаконных вооруженных формирований на территорию республики, но опасность проникновения в Дагестан мелких бандгрупп для совершения террористических актов и диверсий, с целью отвлечь внимание федеральных сил от Чечни, остается реальной.
Группы боевиков из Чечни используют в Дагестане районы компактного проживания чеченцев. Наряду с подготовкой и проведением терактов они усиленно занимаются вербовкой боевиков среди чеченцев-аккинцев и представителей других национальностей республики. По данным МВД Дагестана, вербовщики проходили усиленную подготовку в лагерях Р. Гелаева в Грузии.
Продолжаются попытки повлиять на обстановку в республике через общественные организации и религиозные структуры из-за рубежа.
Южный федеральный — округ приграничный. И нельзя сбрасывать со счетов угрозы национальной безопасности России в связи с решением руководства Республики Грузия расширить военное сотрудничество с НАТО, с возможным развитием грузино-абхазского и грузино-южноосетинского конфликтов, а также в связи со сложной криминальной ситуацией в Панкисском ущелье Ахметского района и других приграничных районов Грузии.
Не менее серьезным фактором, угрожающим миру и стабильности в регионе, являются последствия осетино-ингушского конфликта осени 1992 года, когда погибло около тысячи человек, было разрушено свыше пяти тысяч жилых домов и административных зданий, а десятки тысяч людей стали вынужденными переселенцами. Этот конфликт еще тлеет. Дестабилизирующая деятельность ингушских общественно-политических движений «Даймохк», «Союз депортированных», «Восход», «Мемориал», «Правозащитник», которые постоянно обвиняли руководство Северной Осетии и Федеральный центр в нарушении соглашений по урегулированию последствий конфликта, в невыполнении Закона Российской Федерации «О реабилитации репрессированных народов», не способствовали ни решению постконфликтных проблем, ни формированию благоприятного морально-психологического климата в межэтнических отношениях. Даже весной 2002 года в ходе проведения в Ингушетии президентских выборов некоторые кандидаты на высшую республиканскую должность в качестве «козырной карты» муссировали вопросы об «исторической принадлежности ингушам территории Пригородного района и возвращении ингушских переселенцев в места прежнего проживания», что, безусловно, усилило напряженность в зоне урегулирования конфликта. Свое влияние на процессы стабилизации здесь оказали и оппозиционные к официальным властям Алании осетинские националисты. Они пугали обывателей новыми вооруженными столкновениями по возвращении ингушей в республику. И препятствовали возвращению переселенцев, инспирируя протестные акции. Достаточно сказать, что около полусотни жителей Пригородного района Северной Осетии по фактам таких противоправных действий были привлечены к уголовной ответственности.
В сохранении осетино-ингушского конфликта оказались заинтересованы как отдельные коррумпированные представители органов власти, так и ряд организованных преступных группировок обеих республик. Говоря об опасности нового обострения, они отвлекали внимание общественности и правоохранительных органов от собственных финансовых махинаций с бюджетными средствами, от подпольного нарко-, нефте-, алкобизнеса, торговли оружием.
Сложный период переживает в последнее десятилетие Карачаево-Черкесская Республика. Глубокие изменения произошли здесь практически во всех сферах жизни. Республика, выделившись в 1991 году из состава Ставропольского края, получила новый уровень государственности. Вместе с тем слабый рост промышленного производства, падение объемов продукции сельского хозяйства и уровня доходов населения, высокий уровень безработицы и рост преступности стали истоками напряженности общественно-политической ситуации. Наличие протяженной и легкодоступной границы с Грузией и Абхазией, где не прекращается вооруженное противостояние, также не способствовало стабилизации обстановки в Карачаево-Черкесской Республике.