По ходу войны были, несомненно, жертвы с той и с другой стороны, но были и горские общества, которые русские войска брали под защиту от произвола мюридов. Было, как и на всякой войне, ожесточение, но были и спасенные в сражениях дети, которым русские офицеры обязывались отчислять определенный процент от своего жалованья до совершеннолетия, не говоря уже о крупных разовых пожертвованиях и создававшихся за счет казны специальных приютах, «военно-сиротских отделениях для малолетних детей возмутителей и изменников между горскими народами». Кстати сказать, участь русских детей, захваченных во время «набегов с гор», была совершенно иной.
Были штурмы крепостей, но были и суровые приказы немедленно прекратить перестрелку, как было, к слову, при взятии последнего пристанища «непокорных» Гуниба, чтобы не подвергать находящихся там женщин и детей, как помечено в приказе, «ужасам боя».
Впрочем, и Шамиль не был лишен благородства. Об этом можно судить хотя бы по тому, что он разрешил русским раскольникам, бежавшим в горы, свободно отправлять богослужение, возводить новые часовни, поддерживать разбросанные храмы, не требуя за эти права ни податей, ни повинностей. За их притеснения Шамиль очень строго наказывал виновных, не допуская в таких случаях никакого снисхождения. А когда положение аула Ведень, в окрестностях которого в лесах было основано несколько старообрядческих скитов, стало ненадежным, он для обеспечения безопасности этого аула перевел их в Дагестан.
Имам Шамиль обладал большим нравственным влиянием на подвластные народы, но на каком-то этапе сила нравственного влияния России стала выше, и Шамиль, как уже отмечалось, вынужден был с горечью признать это в качестве решающего обстоятельства, лишившего его широкой поддержки для продолжения борьбы. Например, в имамате допускалась дискриминация, в том числе при сборе налогов с подвластного населения. Наибольшая часть их взималась с чеченцев, в сравнении с которыми, как установлено Н. И. Покровским, разрабатывавшим проблему в 20 — 30-е годы ХХ века, «дагестанец-скотовод или садовод платит несравненно меньше…»
Эти обстоятельства не в последнюю очередь, видимо, тоже способствовали, как и другие факторы, тому, что горные сообщества, включенные Шамилем в оперативное пространство войны против России, не стали органической частью создаваемого им государства, так и не преодолевшего в конечном итоге барьер непрочного этнополитического объединения. В этом объединении периодически возникали сложные конфликты и не прекращались попытки децентрализации управления. В конечном итоге России удалось оружием, словом и делом убедить Кавказ в необходимости ориентации на Россию. Кавказская война, несмотря на полувековое военное противостояние, явилась причиной понимания объективной необходимости государственного объединения народов Кавказа под эгидой России, как альтернативы иному — «восточному» пути развития региона.
Обратимся к еще одной немаловажной детали последствий войны на Кавказе. Как известно, после завершения последних наиболее крупных боевых операций, предопределивших окончательный исход всей кампании, для коренных народов края была установлена особая, приспособленная главным образом к их политическим традициям, система управления, получившая наименование военно-народной. Она основывалась на сохранении существовавшего общественного строя с предоставлением населению возможности решать свои внутренние дела по народным обычаям (адатам).
В неизменном виде сохранилось судопроизводство и привычные способы разрешения правовых проблем, в том числе по канонам исповедуемой мусульманской религии (шариата), являвшейся на первых порах наиболее чуждой по духу для русского правления. Но подобная организация самоуправления не была каким-то вынужденным исключением. По существовавшим законам Российской империи, «порицание других церквей подвергалось запрещению». Для исполнения управленческих функций в низших звеньях административного аппарата каждый народ избирал из своей среды чиновников (старшин и судей), которые лишь после этого утверждались в должностях вышестоящими начальниками.
Русская администрация поддерживала внешний порядок, используя в критических ситуациях военную силу. Будучи имамом, Шамиль гораздо жестче управлял горцами, полагая, что для этого нужна только «железная рука». Он применял «беспощадные кары» за любые проступки и впоследствии рассматривал прежнюю жестокость как «печальную необходимость» для поддержания своего режима.