Между тем обстановка на Северном Кавказе продолжала обостряться. Помимо Чечни, «пороховую бочку» все больше напоминал Дагестан. В Махачкале в ночь с 20 на 21 мая 1998 года неизвестные (по некоторым данным, охранники одного из самых богатых и влиятельных людей республики Н. Хачилаева) открыли огонь из автоматов по наряду милиции, когда постовые попытались проверить их автомобиль. В итоге один милиционер погиб на месте, второй скончался от многочисленных ран в больнице, за жизнь остальных боролись врачи. После того как прибывшее милицейское подкрепление попыталось задержать стрелявших, они с боем отошли к дому Надыра Хачилаева (депутата Госдумы Российской Федерации и лидера Союза мусульман России) и его брата — Магомеда (лидера национального лакского движения).
На следующий день вооруженные сторонники братьев-оппозиционеров, собравшиеся возле их дома, начали беспорядочную перестрелку с силами правопорядка. Вскоре экстремистски настроенные мятежники штурмом взяли Дом правительства (ущерб от штурма и погрома здания составил несколько миллиардов тогдашних рублей). 22 мая в Махачкале прошло экстренное заседание Госсовета республики, в котором приняли участие министр внутренних дел России Сергей Степашин и командующий войсками СКВО генерал-полковник Виктор Казанцев. Госсовет увидел тогда причины случившегося в «неприятии органами внутренних дел надежных мер по обеспечению охраны правительственного здания и защиты конституционного строя республики…» Даже сегодня сложно определить, были ли те волнения в Дагестане стихийными или хорошо спланированной акцией. Ясно было одно: определенным силам явно на руку дестабилизация ситуации в республике.
Продолжались теракты и против военнослужащих СКВО. 9 октября 1998 года в 18 часов 30 минут в районе станции Шамхал к северу от Буйнакска под железнодорожным полотном, по которому следовал воинский эшелон, вывозивший боевую технику и боеприпасы за пределы Дагестана, почти одновременно прогремели взрывы трех фугасов большой мощности. В результате был подорван вагон с осветительными снарядами. Загорелась пустая укупорка. Снаряды начали самовозгораться, но путь огню на платформы с боевой техникой перегородил шедший порожняком вагон прикрытия. Не удалось бандитам и внести растерянность в действия военнослужащих. Взяв под наблюдение близлежащую местность, сопровождавший эшелон караул продолжал выполнять поставленную боевую задачу. Не покинув поста на тормозной площадке вагона, в котором бушевало пламя, погиб рядовой Юрий Сметанин, придавленный сошедшим с рельсов вагоном.
Информация о происшествии на горном участке железной дороги из местного отделения милиции оперативно поступила в буйнакскую мотострелковую бригаду. Прибыв на место происшествия вместе с разведывательной ротой, комбриг полковник Анатолий Каванин возглавил работы по ликвидации последствий взрыва. Вместе с железнодорожниками мотострелки стали тушить горевшие в вагоне снаряды. Из Махачкалы на помощь им подошел пожарный поезд. Делалось все возможное, чтобы скорее локализовать очаг пожара. Но около трех часов ночи земля вновь вздрогнула от грохота взрывов: в двадцати метрах от эшелона рвануло еще два фугаса. Вздыбилось железнодорожное полотно. Кусок рельса взрывом отбросило в сторону на 150 метров. Пострадали рабочие пожарного поезда, боровшиеся с огнем. Погиб железнодорожник Камиль Сапигулаев. Еще один пожарный в тяжелом состоянии, весь иссеченный осколками, был эвакуирован в близлежащую больницу. Под покровом ночи среди пиков горных вершин бандиты методично предпринимали попытки деморализовать людей, спасших воинский эшелон, бросить состав под откос, в многометровую пропасть. По оценке специалистов управления инженерных войск СКВО, подрывы осуществлялись при помощи радиоуправляемых взрывателей. Организацию восстановительных работ офицеры службы военных сообщений округа провели в тесном взаимодействии с Махачкалинским отделением Северо-Кавказской железной дороги. Саперы проверили весь восемнадцатикилометровый участок железной дороги, идущий среди ущелья. Как выяснилось, совсем не случайно. Уже во второй половине 10 октября неподалеку от поврежденного ночным взрывом железнодорожного полотна они обнаружили и обезвредили шестой за сутки самодельный фугас. Он оказался начиненным примерно 20 килограммами взрывчатого вещества с повышенной взрывной силой. Рабочие-железнодорожники, прибывшие на восстановительном поезде, и личный состав мотострелковой бригады сумели восстановить движение на участке железной дороги, поврежденном взрывами фугасов, только к 21 часу 10 октября.