Утром 29 августа внутренние войска и дагестанская милиция начали боевые действия против бандформирований в селениях в Кадарской зоне. На первом этапе руководство операцией осуществляли командующий Внутренними войсками МВД России генерал-полковник В. Овчинников и министр внутренних дел Дагестана А. Магамедтагиров.
Авиация внутренних войск нанесла бомбовый удар по боевикам в окрестностях горы Чабан, в течение нескольких часов проводился обстрел укреплений противника. Однако перешедшие в наступление подразделения на всех направлениях встретили сильное сопротивление противника и в конечном итоге понеся потери убитыми и ранеными, отошли на исходные позиции.
Операция в Кадарской зоне началась крайне неудачно. На заседании Госсовета Дагестана 31 августа этот факт был объяснен следующими обстоятельствами:
«…Ни для кого из жителей Буйнакского района, оказавшихся под влиянием экстремистов, не было секретом, что возможны боевые действия против бандитов. В итоге оказалось невозможным в полной мере использовать против них фактор неожиданности. К тому же начавшаяся утром 29 августа операция по освобождению селений чуть было не сорвалась из-за плохой погоды: стоял туман, видимость была небольшая, что мешало наносить точные артиллерийские и авиационные удары по укрепсооружениям бандитов…» («Дагестанская правда», 1 сентября 1999 г.).
Разумеется, вышеперечисленные обстоятельства со счетов не сбросить. Но все же, видимо, не до конца и не всеми были усвоены уроки генерала Казанцева. Ведь события в Ботлихском, Цумадинском районах наглядно показали, что без достаточной концентрации сил, без единого армейского командования с противником с ходу не справиться. Хотя бы уже потому, что к подобному развитию событий под руководством иностранных «советников» они готовились в течение трех лет, превращая свои села в неприступные, как им казалось, горные крепости.
Руководство операцией ввиду сложившейся ситуации было передано новому командующему Объединенной группировкой Министерства обороны России генерал-лейтенанту Г. Трошеву.
Действия в Кадарской зоне начали развиваться аналогично плану, который применил и разработал в борьбе с экстремистами в Ботлихской зоне командующий войсками СКВО. Сюда стягивались армейские части, усиленные авиацией, ствольной артиллерией и реактивными системами залпового огня. Велась непрерывная разведка. Руководители операции во избежании случайных жертв среди мирного населения объявили запретной для несанкционированного перемещения зону радиусом в 10 км.
Уже 1 сентября фронтовая и армейская авиация, артиллерия нанесли удары по позициям боевиков. В течение последующих трех дней кольцо вокруг экстремистов продолжало сжиматься, а интенсивность огневых налетов на позиции боевиков возрастала.
3 сентября в Махачкалу прибыл министр внутренних дел России В. Рушайло, который провел в МВД республики совещание с участием начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации А. Квашнина, командующего войсками СКВО В. Казанцева и министра внутренних дел Дагестана М. Магомедтагирова. Речь шла о принятии эффективных мер по завершению специальной операции.
Федеральные силы были готовы к решающему удару по ваххабитам, но события резко осложнились.
Вечером 4 сентября в центре Буйнакска террористы взорвали жилой дом. Погибли 17 и были ранены более 40 мирных жителей. Еще один взрыв у госпиталя удалось предотвратить. Цель изуверской акции была ясна: раскачать обстановку в Дагестане, ослабить натиск федеральных войск в Кадарской зоне, принять условия боевиков, которые намеревались выйти из сел с оружием в руках и перебазироваться в Чечню. А на рассвете 5 сентября в предгорный Новолакский район Дагестана вторглись две тысячи чеченских боевиков. Рейдовые группы экстремистов заняли села Гамиях, Шушия, Чапаево, Тухчар, Ахар и незамедлительно приступили к карательным акциям. Казни милиционеров и захваченных в плен военнослужащих отличались изощренной жестокостью и снимались изуверами на видеокамеры.
Ожесточенное сопротивление боевиков встретили в райцентре Новолакское, где они пытались захватить райотдел милиции. Этим же днем боевики пытались прорваться в соседний Казбековский район, но были остановлены милицией и ополченцами у населенного пункта Калинин-аул, а также получили решительный отпор при попытке выйти к городу Хасавюрт.