На территории Маньчжурии указом уже Зарубежного синода была образована Харбинская епархия, а управлявшим ею епископом был поставлен митрополит Харбинский и Маньчжурский Мефодий. Имя этого митрополита всегда было окружено в Харбине огромной любовью и уважением паствы. Неустанными трудами он воссоздал Маньчжурскую епархию в том виде, в котором она оставалась неизменной до своего вхождения в юрисдикцию Московского патриархата. Этого архиерея, по признанию современников, отличала искренняя религиозность, подлинная любовь к Отечеству и русскому народу. Крушение государства Российского, Гражданская война и последовавшие гонения большевиков на Церковь и на ее клир застали Мефодия на его кафедре в Оренбурге, вынудив владыку к отъезду за рубеж. В Харбине владыка, как проповедник проводил значительную работу по сохранению канонических устоев православия среди беженцев и «старожилов», а как богослов продолжил религиозно-просветительскую деятельность, что сплотило почти все тогдашнее православное население Маньчжурии. Владыка курировал и благотворительную деятельность своих приходов, включая создание в Харбине приюта для престарелых и сирот, получившего название «Дом-убежище имени митрополита Мефодия».
День его кончины впоследствии ежегодно отмечался харбинскими прихожанами и клиром, а центром молитвенного поминовения стал Свято-Николаевский кафедральный собор, под сводами которого в склепе, напротив образа святителя Николая, был погребен первый глава Харбинской епархии. Его преемником стал митрополит Мелетий (в миру — Михаил Васильевич Заборовский), родившийся в 1869 году в селе Гилевском Тюменского уезда Тобольской губернии. Продолжая дело своего отца-протоиерея, он окончил Тобольскую духовную семинарию и в 1889 году был рукоположен в священный сан. Со временем, овдовев, поступил в Казанскую духовную академию, принял монашество. Послушание свое исполнял в Сибири, где был ректором Томской духовной семинарии. С 1908 года, став епископом, последовательно возглавлял барнаульскую и якутскую кафедры. В 1920 году переехал из Читы в Харбин, где жил и работал в подворье Пекинской духовной миссии. В 1930 году был возведен в сан архиепископа. После кончины митрополита Мефодия архиепископ Мелетий был назначен главой Харбинской православной епархии в сане митрополита. Новый митрополит придавал большое значение подготовке епархиальных кадров, и по его инициативе в целях пополнения лиц духовного звания в 1934 году в Харбине открылся знаменитый Институт Святого Владимира. Во главе его стал епископ Димитрий (Вознесенский), отец будущего святителя Филарета. Первоначально в институте было учреждено три факультета: богословский, политехнический, а также восточно-экономический, но впоследствии остался только богословский, как в большей степени отвечавший целям и задачам данного учебного заведения. Стараниями владыки Мелетия действовала и Духовная семинария, открытая в 1938 году. Как и при его предшественнике, в епархии велась большая благотворительная деятельность. При Иверской церкви в 1933 году был открыт Серафимовский приют для мальчиков и дом призрения престарелых. Была организована Серафимовская народная столовая с бесплатными обедами для малоимущих горожан. В годы управления митрополитом Мелетием Харбинская епархия достигла своего расцвета в хозяйственной деятельности: были открыты свечной завод, дача для пчеловодства, золотошвейная и иконописная мастерские, похоронное бюро. При Казанско-Богородицкой мужском монастыре действовала больница с амбулаторией имени доктора Казем-Бека, открылась общедоступная епархиальная библиотека. Продолжали действовать Харбинские музыкальные курсы для русской молодежи.