Главной особенностью так называемого периода упадка в церковной жизни Харбина стала удаленность и, как следствие, оторванность Православной миссии в Пекине и Харбинской епархии от России, что стало причиной перехода их в управление Зарубежным синодом. Но именно тогда русская диаспора Маньчжурии дала множество примеров подвижничества и духовного братства, ревностных и просвещенных пастырей нашей Православной церкви, буквально с пеленок прививавших прихожанам любовь к далекому Отечеству и сознание того, что они — дети великого русского народа. Сама обстановка в православных общинах и дух проповедей воспитывали чувство любви к России, вот почему на протяжении десятилетий выходцы из Харбина помнили и любили этот город, сознательно или подсознательно помня сказанные А. С. Пушкиным слова: «Уважение к минувшему — вот черта, отличающая образованность от дикости». В 1920-е годы временное вынужденное ослабление православной миссионерской деятельности среди местного населения стало использоваться противниками находившегося в Пекине митрополита Иннокентия, считая это в качестве повода для реформирования церковного управления в Китае и возбуждения недовольства среди китайцев — священников и мирян. Ведь к тому же начальник миссии не был сторонником каких-либо демократических реформ в вопросах церковного управления. Его действия далеко не всегда были согласованы даже с Архиерейским синодом: фактически Пекинская епархия была самоуправляемой и мало обращала свои взоры на деятельность Харбинской епархии, что и явилось причиной нестроений, которые, однако, благодаря хорошим «администраторским» качествам начальника миссии проявились только в одном инциденте. 7 декабря 1928 года протоиерей Александр Пиняев, ушедший за штат Пекинской епархии, живописал церковные нестроения в Пекинской православной миссии (оплоте и центре русской духовной жизни во всем Китае) в частном письме в Париж к одному из виднейших иерархов русского зарубежья, митрополиту Евлогию (Георгиевскому). Жалуясь на своего правящего архиерея, он писал: «…судебные тяжбы архиепископа Иннокентия со многими русскими резидентами в Пекине, Шанхае и других городах Китая, особенно за последние 8 лет, довели Российскую Духовную Миссию в Пекине до полного разорения и нищеты. Пекинская Миссия — это фикция. Никаких просветительных и благотворительных учреждений здесь не имеется, здания полуразрушены, вид печальный». В конце этого письма автор просил благословения владыки Евлогия на образование отдельного прихода, который непосредственно подчинялся бы последнему. Митрополит Евлогий по этому поводу советовал обратиться в Москву к митрополиту Сергию (Страгородскому), начав с ним переписку. Но даже несмотря на внутренние разногласия клира, в пределах Харбинской епархии — основной территории, где проживали старые харбинцы-железнодорожники и селились новые — политические, военные эмигранты и просто беженцы, — отдельными подвижниками открывались храмы, строились учебные заведения, в том числе и семинария, печатались православные книги, и развивалась благотворительность.
В части подготовки молодой смены харбинскому духовенству на заседаниях архиереев неоднократно ставился вопрос о необходимости открытия в Харбине духовной семинарии. Окончательным импульсом к ее основанию послужила подготовка в 1937 году правительством Маньчжоу-го реформы русских школ. Согласно новым правилам, реальное училище при церкви в честь святителя Алексия, митрополита Московского в Модягоу было поставлено перед необходимостью закрытия. С целью предотвратить развал педагогического коллектива Алексеевского реального училища было решено преобразовать училище в народную и повышенную школу при церкви. После того как японские власти отклонили ходатайство, собрание администрации училища, правления и представителей духовенства во главе с владыкой Мелетием приняло решение обратиться от имени правящего архиерея Харбинской епархии к министру народного благополучия в столицу Маньчжоу-го Синьцзян (ныне Чанчунь) о преобразовании училища в семинарию. В 1938 году, в день памяти небесного покровителя Китая, святителя Иннокентия Иркутского, архиепископ Мелетий получил разрешение на открытие частной Харбинской духовной семинарии на следующих условиях. Срок обучения должен был составлять 4 года, а в число учащихся могли принимать лишь лица, окончившие народную повышенную школу. Общее количество учащихся не должно было превышать 60 человек, а учебным помещением должно служить церковно-общественное здание. С этого момента 1-й класс духовной семинарии существовал при Свято-Алексеевском реальном училище. В первый подготовительный класс семинарии принимались православные мальчики в возрасте от 11 до 13 лет. Семинария разместилась в старой деревянной церкви прихода, прихожане которого к тому времени отстроили новый каменный храм. К концу 1938 года японские оккупационные власти стали настоятельно требовать закрыть Свято-Алексеевское реальное училище. Для того чтобы сделать возможным самостоятельное существование духовной семинарии, указом архиепископа Мелетия 23 декабря 1938 года ректором Свято-Алексеевской семинарии был назначен протоиерей Аристарх Пономарев, которому было поручено заняться устроением семинарии. Вскоре от властей было получено официальное разрешение открыть еще два подготовительных класса и увеличить число учащихся. Первоначально семинария, не имея достаточных материальных средств, вынуждена была опираться на силы временных преподавателей, однако в скором времени, благодаря поддержке настоятелей харбинских приходов и общественных деятелей, появилась возможность формирования постоянного преподавательского состава. Средства семинарии помимо пожертвований составлялись из платы за обучение, ежегодных отчислений епархиальных собраний, из доходов печатных изданий, проведения лекций и концертов и церковных кружечных сборов. Так как семинария была создана на основе реального училища, в ее учебной программе, наряду с богословскими дисциплинами, оставалось много предметов общеобразовательного профиля. Из богословских предметов преподавались догматическое, нравственное, пастырское богословие, катехизис, история христианской Церкви, Священное Писание Ветхого и Нового Заветов, гомилетика, церковный устав, греческий, латинский и церковно-славянский языки. Свято-Алексеевская духовная семинария предоставляла возможность выпускникам поступать как во все высшие светские, так и духовные учебные заведения, и без сдачи вступительных экзаменов поступать на богословский факультет Института Святого Владимира.