Нелидов и Филиппов были убеждены, что русское научное учреждение в Стамбуле является хорошим подспорьем для решения внешнеполитических задач России и может содействовать укреплению ее нравственного авторитета среди балканских православных народов. Благодаря неоценимому содействию Филиппова и Нелидова русские ученые-византинисты института, возглавляемого директором, известным славистом и византинистом Федором Ивановичем Успенским, и учеными секретарями (П.Д. Погодиным, Б.В. Фармаковским, Р.Х. Лепером, Б.А. Панченко, Ф.И. Шмитом, Н.Л. Окуневым), широко развернули научные исследования практически на всей территории бывшей Византийской империи.
Ученый Е.Ю. Басаргина отмечала, что с первых шагов после создания РАИК «был окружен заботой своих высоких покровителей. Нелидов, первые три года ex officio являвшийся почетным председателем РАИК, успел оказать вверенному ему институту неоценимую услугу: перед отъездом посла из Константинополя султан Абдул-Хамид II, «желая ему сделать приятное», даровал РАИК право проводить раскопки по всей территории Оттоманской империи с правом сохранения за институтом половины находок». А благодаря авторитету Филиппова, по утверждению исследователя, в греческих церковных кругах перед сотрудниками института распахнулись двери афонских монастырей и афонские монахи предоставили ученым свои бесценные рукописные сокровища.
Приобретя известность и популярность, директор института Успенский занялся международной политикой, которая, впрочем, по утверждению ученых, никогда не отражалась на работе учреждения. Е.Ю. Басаргина писала, что Успенский «направил деятельность РАИК в русло славяноведения и добился в этой области блестящих успехов. Благодаря Успенскому честь открытия столицы Второго болгарского царства Абобы-Плиски принадлежит именно РАИК. Результатом тесного сотрудничества со славянскими учеными явилось создание в 1911 г. Славянского отделения при РАИК».
Впечатляли результаты археологических работ сотрудников института и в самом Константинополе: была изучена мечеть Кахрие-Джами, и Ф.И. Шмитом написана о ней работа. Археолог и ученый Б.А. Панченко исследовал Студийский монастырь и опубликовал монографии о его рельефах, он также изучал археологические остатки Большого дворца, квартала Св. Евгения и других исторических памятников.
Сотрудники института уделяли большое внимание сохранению христианских храмов. Царское правительство жертвовало значительные суммы на реставрацию памятников культуры.
В одной из своих работ Е.Ю. Басаргина отмечала, что «авторитет РАИК в области изучения археологии и топографии Константинополя был столь высок, что западные ученые после закрытия РАИК в 1914 г. некоторое время не решались приступать к археологическим работам в столице, считая, что это «вотчина» русских и ожидая их возвращения, которого, впрочем, не последовало…».
Главное дело жизни Н.П. Кондакова
Одним из организаторов РАИК и сподвижником директора Ф.И. Успенского был Н.П. Кондаков, к тому времени уже маститый ученый, византинист, непревзойденный знаток древнего искусства Европы, Африки и Ближнего Востока. Никодим Павлович много путешествовал, знакомясь с памятниками искусства в Крыму, Грузии, Италии, Турции, Египте, Греции, Сирии, Палестине и других регионах и странах. Кондаков был академиком Петербургской академии наук и почетным членом ряда российских духовных академий.
В Константинополе Никодим Павлович бывал неоднократно еще до образования Русского археологического института, во время своих многочисленных экспедиций по Востоку начиная с конца 60-х годов XIX века. Несмотря на то что ученый много внимания уделял изучению русского искусства, византиноведение стало для Кондакова главным делом жизни. Результатом его научных поездок в Стамбул в 70–80-х годах XIX века появились его работы: «Мозаики мечети Кахрие-Джамиси в Константинополе», изданная в 1881 году; «Византийские церкви и памятники Константинополя», изданная в 1887 году; «Византийские эмали», выпущенные в 1892 году, и другие книги. В своих трудах Кондаков исследовал отдельные виды художественной деятельности, описывал и систематизировал комплексы памятников целых регионов.