В научном мире России и зарубежных стран не только высоко ценили охват и глубину знаний академика Кондакова, но и отдавали первенство в обобщении и систематизации знаний, накопленных в области византиноведения. Кондаков «впервые охарактеризовал важные особенности византийского искусства и обосновал его периодизацию, — писала исследователь жизни и научной деятельности ученого И. Кызласова. — Изучая культуры Византии и византийского ареала — Закавказья, балканских стран и особенно Древней Руси, много сделал для выяснения связей и взаимовлияния между ними и отличительных черт каждой из этих культур». Кондаков оказался также первым, кто заявил о «генетическом родстве искусства Западной Европы, Византии и Востока» на примере прикладного искусства и архитектурной декорации.
Совершенно очевидно, что такой человек, далекий от политики, владеющий колоссальным багажом необходимых знаний, полностью посвятивший себя науке, был востребован Русским археологическим институтом в Константинополе. Кондаков, подобно лоцману на корабле, намечал пути и направления научных изысканий и экспедиций для сотрудников института в неисчерпаемом море византийского искусства, древних памятников культуры и архитектуры. Вместе с тем Кондаков сам принимал активное участие в проводимых институтом экспедициях и научных исследованиях.
После закрытия РАИК он вернулся в Петербург, затем жил и работал в Москве, Ялте, Одессе, эмигрировал в 1920 году вначале в Софию, а потом поселился в Праге, где продолжил заниматься наукой, писал книги на две главные темы своей жизни: история искусства и культуры России и Византии.
А.А. Васильев — ученик В.Г. Васильевского
В январе 1899 года на стажировку в РАИК приехал из Петербурга молодой ученый, историк, византинист Александр Александрович Васильев. Несмотря на незнатное происхождение (сын военного и купчихи), молодой человек успел уже проявить себя в научном мире. Ему несказанно повезло, так как в Петербургском университете он сразу попал под опеку известного византиниста академика В.Г. Васильевского. Одновременно Александр Александрович изучал арабский язык под руководством В. Розена. Как отмечал исследователь биографии Васильева Ю. Дойков, сам Александр Александрович впоследствии говорил о себе: «Васильевский и барон Розен сделали мою жизнь». Помимо арабского, Васильев изучил турецкий и эфиопский языки, владел также и другими.
Во время стажировки, длившейся два года, Васильев участвовал в экспедициях Русского археологического института. Он выезжал в Грецию вместе с Б. Фармаковским и П. Милюковым и участвовал в раскопках в Македонии. Результаты проведенных исследований, полученные им во время стажировки в Стамбуле, вошли в его докторскую диссертацию «Византия и арабы. Политические отношения Византии и арабов за время Македонской династии (867–959)», которую он в 1902 году блестяще защитил. Вся дальнейшая научная и преподавательская деятельность А.А. Васильева была связана с историей Византии.
В 1920–1922 годах, по утверждению исследователя биографии Ю. Дойкова, А.А. Васильев предпринял попытку восстановить в Константинополе Русский археологический институт, закончившуюся неудачей.
Пропавшая библиотека РАИК
Деятельность РАИК была прервана началом Первой мировой войны. В конце 1914 года имущество института и музея, за исключением вывезенных ранее части архива и ряда предметов, турецкое правительство конфисковало и передало в стамбульские музеи. В мае 1920 года институт был упразднен официально.
За время своего существования институт собрал уникальную библиотеку, в которой, помимо монет, украшений, других исторических ценностей, насчитывалось более сорока тысяч уникальных рукописных материалов, манускриптов, книг по византийскому искусству, истории и культуре Византии, народов Средней Азии, культуре Крыма, Кавказа.
После закрытия РАИК сотрудникам пришлось срочно эвакуироваться из Константинополя. Многие из учетных документов пропали. До настоящего времени судьба библиотеки РАИК остается тайной. Выдвигаются разные версии. По одной из них, редкие книги были вывезены пароходом в Одессу и исчезли где-то в пути. Другие утверждают, что это собрание до сих пор находится в Стамбуле и составляет бесценную часть чьих-то частных коллекций. Еще кто-то пытается обвинить ученых РАИК, которые в суматохе бегства увезли ее с собой в Москву и Петербург.