Основные водохранилища на территории Подмосковья принадлежат к Волжской и Москворецкой системам.
Водохранилища Канала им. Москвы были построены для нужд судоходства и водоснабжения столицы на базе подпора рек Клязьмы, Яхромы, Учи, Икши, Кокотки, Вязи. Головное сооружение — Иваньковское водохранилище — начало заливаться в конце 30-х годов; оно образовано на Волге после строительства Иваньковской плотины. Из Иваньковского водохранилища (Московского моря) вода по каналу поступает в Икшинское, затем в Пестовское и Учинское водохранилища.
Общая площадь водохранилищ на территории Московской области около 30 000 га.
Из них крупнейшие — Истринское (3360 га), Можайское (3300 га), Озернинское (2306 га), Рузское (3270 га), Учинское (2100 га), Клязьминское (1584 га).
Общая площадь средних и мелких озер на территории Подмосковья — более 5000 га. Из них крупнейшие — оз. Сенеж, Шатурские озера, озера Бисерово, Глубокое, Тростенское, Медвежьи озера.
Речная сеть Московской области начала подвергаться зарегулированию около 50 лет назад. За этот период построено много каналов, образованы каскады водохранилищ. В то же время наблюдалось исчезновение (пересыхание, засыпка) многих мелких ручьев и речушек. Общая длина речной сети на территории области сократилась. Зарегулирование стока в верховьях при оков Оки и Волги изменило гидрологический режим нижних участков.
В водоемах Московской области основным фактором, негативно влияющим на воспроизводство рыб и снижающим их численность, является комплексное загрязнение неочищенными сточными водами промышленных, коммунальных предприятий, а также животноводческих комплексов. Водоемы Московской области загрязняются также в результате смыва удобрений с полей. Вследствие усиливающегося загрязнения многие, особенно мелкие, реки Средней России, в том числе Московской области, потеряли рыбохозяйственное значение. На Клязьме, Москве-реке, на отдельных участках Оки, во многих других реках наблюдались заморные явления, сопровождавшиеся гибелью рыбы; отмечены заморы на озерах Московской области, в частности на Медвежьих озерах, на Сенеже.
Характеристика основных водоемов Московской области приводится ниже.
Озера. Слабопроточное оз. Сенеж имеет площадь около 800 га, среднюю глубину около 2, максимальную — 6 м. Озеро сильно зарастает, особенно в заливах двух рек, в него впадающих, Сестры и Мазихи. В условиях сильного зарастания в некоторые годы наблюдались заморы. В озере периодически проводятся работы по очистке от зарастаний. Укрепление дамбы, находящейся на севере озера (в ее восточной части находится водослив), помогло несколько поднять уровень озера. Первоначально ихтиофауна озера была представлена окунем, плотвой, ершом, золотым карасем, линем, верховной, щукой. В 50-60-х годах в озеро выпускались взрослые особи и молодь щуки, зеркального карпа, сазана, серебряного карася, судака, леща и угря. К востоку от Москвы расположена так называемая Подмосковная Мещера. Это озерный край. Из всех озер, расположенных здесь, наиболее крупные — Шатурские озера, расположенные на водоразделе рек Ушмы и Поли. Их общая площадь около, 1500 га: Святое — 1200 га, Муромское — 280 га. Черноспасское — 24 га, Черное — 22 га, Белое — 16 га. Наиболее глубокие — Белое и Черное озера. Озера окружены болотами и соединяются искусственными каналами. Из северной части наиболее крупного — Святого озера — вытекает р. Ушма. Озера сильно заболочены и зарастают. В Муромское и Черное озера вливаются подогретые теплые воды Шатурской ГРЭС. Эти озера не замерзают. В них обитают два вида карася, язь, щука, окунь, судак, в 60-х годах в оз. Муромское была выпущена молодь растительноядных рыб.
Тростенское озеро площадью 720 га — третье по величине в Московской области. Озеро вытянуто с юго-востока на северо-запад, мелководно, глубина не превышает 3 м. Имеет сильно заболоченные берега. Из-за гниения растительности в озере наблюдаются частые заморы. В оз. Тростенском преобладают щука, окунь, плотва, лещ, карась. Впадает пять мелких речек, вытекает одна — р. Озерпа.
Медвежьи озера — Большое (36 га) и Малое (7 га) — связаны протокой. В Малом максимальная глубина 14, в Большом — 6 м. Эти озера сильно заросли осокой, тростником, камышом. В озерах много карася, окуня, меньше — щуки. В них выпущен угорь, но его поимки редки.
Косинские озера (Белое, Черное, Святое). Белое озеро — овальной формы, площадью около 28 га, глубина до 10 м, есть яма глубиной до 17 м. Святое озеро — площадь 21 га, глубина до 8 м. Черное — самое маленькое — 3 га, глубина до 3–4 м. Ихтиофауна этих озер насчитывает 10–12 видов, много окуня, плотвы, ерша. Были выпущены личинки щуки, стекловидный угорь, разновозрастной карась, карп, форель и судак.