Налаживая мирную жизнь в крае, Панин обязал крестьян вносить подати не с января, а с 1 сентября 1774 года, списав недоимки на минувшее грозовое время. Эта мера облегчала жизнь бедняцкого населения. Чтобы присечь злостную спекуляцию, он повелел не возвышать цены на провиант и фураж, грозя ослушникам смертной казнью.
Недостатком внимания правительства к инородцам Панин объяснял широкое участие башкир в крестьянской войне. С позволения императрицы он учредил при Оренбургской губернской канцелярии Комиссию пограничных и иностранных дел, которой поручалось защищать интересы населения многонационального края. В эту комиссию сочленом губернатора он назначил Петра Ивановича Рычкова и попросил его, как человека, знающего историю и население края, написать «исторический экстракт» о состоянии башкирского и киргиз-кайсацкого народов.
В письме к императрице Панин сообщал, что из-за недостатка сведений об этих народах он не может гарантировать на ближайшее время безопасность краю, где хотя и усмирен бунт. А потому вывод из заволжских степей войск он начнет лишь тогда, когда хорошо изучит обстановку в крае и по-настоящему сможет «проникнуть в души черни», когда «возникшее в народе возмущение проницать до источников» ему окажется возможно.
Благоразумие и справедливость, закон и сила — вот на что Панин опирался в своих действиях.
Не он, а назначенный ему в помощники высокочтимый ныне в народе Александр Суворов брал Пугачева и лично конвоировал в Симбирск, Панин же в литературе о пугачевском движении обычно упоминается как главный укротитель восставших, каратель. Но, в таком случае, какие действия Панина историки признали бы некарательными? Очевидно, такие, которые пощадили бы Пугачева, позволили бы его слабо вооруженному, в основе своей необученному войску разбить полки регулярной русской армии?
Причины поражения повстанцев еще и в «полном непонимании политической стороны движения». Для чего Пугачев хотел захватить Москву? Чтобы истребить всех помещиков и бояр и посадить на престол «хорошего царя». В случае неудачи, поражения восстания он намеревался бежать за границу.
Устремляясь во главе правительственных войск навстречу Пугачеву, Панин зорко, с тревогой поглядывал на запад и на юг. Никто не мог знать, как повели бы себя турецкие, польские и шведские войска в случае захвата Пугачевым Москвы и последовавшей бы за тем всеобщей анархии в стране, оказавшейся во власти удалых, но беспутных, полуграмотных мятежников. Поэтому при оценке действий того, кто был «отважным предводителем народных масс», а кто их карателем, следовало бы быть более объективным.
«Царский генерал», — с презрительной усмешкой твердили мы о Панине, повторяя внушенное нам со школьной скамьи. Но ведь и Суворов, и Кутузов тоже были царскими генералами и командовали правительственными войсками. Да и были ли в России в то время еще какие-то войска, кроме правительственных?!
Завидуя воинскому авторитету Панина среди солдат и офицеров, президент Военной коллегии 3. Чернышев откровенно злословил, утверждая, что Панин взялся усмирить пугачевский бунт по причине якобы своего неуемного властолюбия, из желания-де побыть главнокомандующим.
Однако письмо Петра Ивановича к брату от 14 ноября 1774 года опровергает эту ложь. «Нет другой справедливости, как ожидать на мою просьбу всемилостивейшего дозволения прибыть в Москву и потом возвратиться в прежнее мое уволенное от службы положение». Мог ли человек, мечтавший «наслаждаться» властью, исполнив с успехом возложенное на него «тяжелое бремя», немедленно просить, добиваться собственной отставки? Панин чувствовал, что в суете придворных интриг он со своим прямодушием, честностью, горячим гражданским темпераментом неудобен, никому не нужен. И что ему лучше уйти. И действительно, от службы он вскоре был отстранен. К нему обращались лишь в исключительные моменты, когда без него «не могли обойтись и когда даже его враги не могли воспрепятствовать этому».
Ценя гражданское мужество Панина, один из его современников в своих записках вспоминал такой случай. В конце 1772 года, когда скончался славный русский фельдмаршал Петр Семенович Салтыков, московское начальство, зная, что покойный был в опале у царедворцев, не дало никаких распоряжений для его похорон. Это кощунство потрясло Петра Ивановича. Желая отдать последнюю почесть заслуженному и авторитетному полководцу, он, хотя и был в отставке, надел свой генеральский мундир в Андреевской и Георгиевской лентах и немедленно отправился в дом Салтыковых. Подойдя к гробу фельдмаршала, он обнажил шпагу и сказал: «До тех пор буду стоять здесь на часах, пока не пришлют почетного караула для смены».