Войско представляло собой несколько общин древневечевого устройства, где все, как в старину на вече, имели право голоса, хотя и было выборное начальство — атаман, которому дозволялось вести повседневные дела, суд и расправу над повинными казаками. Атаман и его помощники — старшины избирались из авторитетных казаков. Все важные дела решались сообща в Войсковом кругу. Определенного срока службы у казаков не было, недаром они называли себя вольными людьми.
Но такая их самостоятельность вредила общим задачам государства. Вот почему русское правительство с начала XVIII века стало ограничивать права и волю казаков, требовать повиновения самодержавной власти. Петр I, не желая видеть какую-либо часть государства независимой, удалившейся от центрального руководства, издал указ, по которому Яицкое войско с 10 марта 1721 года было передано в ведомство Военной коллегии с одновременным подчинением астраханскому губернатору. При образовании в 1744 году Оренбургской губернии яицкие казаки по всем внутренним делам и распорядкам стали подчиняться непосредственно Неплюеву.
Военная коллегия стремилась пресечь казачье самоуправство, реорганизовать сам строй Яицкого войска и, объединив в нем все общины, превратить его в боевое подразделение русской регулярной армии. Казаки же слышать не хотели о солдатчине, уставных требованиях, которые бы нарушили их вольные обычаи и нравы. Особое возмущение у них вызвало намерение Военной коллегии произвести в общинах перепись населения, якобы ради общей пользы войска: жалованье отпускалось всего на 600 человек, хотя казаков было в несколько раз больше. Перепись помогла бы установить точную численность войска и соответственно увеличить сумму жалованья. Однако казаки всячески уклонялись от переписи, страшась того, что затеяна она ради введения рекрутчины. Их тревожило всякое административное вмешательство Москвы. Казаки просили не заселять их земли самарскими и симбирскими дворянами, как предусмотрел в своем проекте Татищев. Они опротестовали этот проект в своей встречной просьбе к правительству. «От такого заселения мы придем в крайнюю нищету и разорение и рыбные наши промыслы, от которых все свое содержание и пищу имеем, и службу отправляем, вовсе уничтожатся…»
Противясь всякому нововведению, они упрямо твердили:
«Не можно сему быть, понеже войску Яицкому даровано от царя Михаила Федоровича право служить казачью службу по своему обыкновению» (то есть по-старому. — И. У.).
Или: «Не бывало сего при наших дедах и отцах, не бывать и у нас!»
Осуждая новые порядки, казаки, однако, видели, что вечевой строй их общин устарел. Козни и междоусобицы расшатывали войско. Казацкие старшины взимали с простых казаков немалые деньги за право рыбной лови, наживаясь за счет бесконтрольных поборов.
Не менее грабительским оказалось прибытие к яицким казакам в середине XVII века астраханских купцов Гурьевых. Эти предприимчивые «гости» перегородили реку «учугом», сколоченным из деревянных свай, шестов и плетней. Поднимаясь с моря вверх по течению для нереста, осетры, белуги, сазаны натыкались на эту перегородку, теснились здесь большими стадами. Рыбу вычерпывали из воды специальными лопатами и сачками, Московское правительство, не вникнув в суть этого прибыльного способа рыболовства, опрометчиво выдало купцу Михайлу Гурьеву грамоту, говоря сегодняшним языком, патент на его изобретение и обязало построить на берегу защитный городок. В 1640 году он был построен и назван Гурьевым. Гурьевский учуг был своего рода огромным браконьерским сооружением, красная рыба не могла подняться в верховья на нерест, река за какие-то десятилетия заметно обезрыбела. Яицкие казаки, встревоженные и озадаченные, обратились прямо к императрице с жалобою на то, что «астраханские гости оголодали все войско».