В это время Вазген, пользуясь отсутствием Вахтанга, не радел об освобождении мученицы Шушаники. Доблестная страдалица с оковами на шее и на ногах, жестоко томимая в душной и грязной темнице, проводила день и ночь в бдении, посте и молитве и наконец в 458 году на 45-м году своей жизни по приобщении Святых Таин Тела и Крови Христовых, мирно предала святую свою душу Богу, положив жизнь свою за Православие Церкви. Кончина мученицы по рясла все пределы Грузинского царства. 101
Вахтанг по прибытии своем на родину, узнав о судьбе святой мученицы и не желая остаться безответным зрителем бесчеловечного поступка своего вассала, и без того ненавидевший его за отступничество, наскоро собрал недавно распущенное войско и выступил против Вазгена. Этот последний, будучи без союзников, попал в руки правосудия царя, который, пленив его семейство, велел повесить Вазгена и навсегда уничтожил вассальные отношения ранских правителей к своему царству, окончательно присоединив всю эту обширную область к своему царству. На могиле же святой, в честь славного ее страдания, велел заложить довольно обширный каменный храм и устроить гробницу святой, приставив к новому храму духовенство, обязанное заботиться о благолепии гробницы мученицы.
Вахтанг, будучи в Антиохии и в Иерусалиме, как мы сказали выше, пораженный церковным блеском и устройством первопрестольных кафедр, пожелал и у себя иметь тот же церковный строй и ту же иерархию с теми же правами и дать своей Церкви полную независимость от антиохийского престола, по усмотрению которого назначался в Грузию тот или другой глава Церкви, большей частью без воли и указания самого царя, не знающий ни языка своей епархии, ни церковного обычая страны. Он управлял Церковью на греческий лад, не соображаясь с духом управляемого народа, стоящего всегда в неприязненных отношениях к грекам. Наконец, и верховные правители Грузинской Церкви главным образом заботились не об интересах своей Церкви, а об интересах Антиохийской кафедры. Некоторые из них подвергали Г рузинскую Церковь большим неприятностям и замешательствам вроде Мобидана и настоящего архиепископа Михаила — и сильно расстроили церковные дела.
Царь, в благодарность Богу, поставил непременной своей заботой дать Православной своей Церкви особенное развитие и особенное устройство в ущерб еретических церквей сопредельных с Грузией стран, успевших отнять у Грузинской Церкви некоторые области.
Возвращаясь назад в Грузию, царь остановился сперва в предместии Антиохии, вызвал из города свое семейство и упросил патриарха посвятить назначенных царем лиц — Петра в архиепископы, а инока Самуила в епископы города Мцхета, и в то же время отправил послов к императору Аеону I, прося отправить к нему свою дочь принцессу Елену, обрученную с ним. Сам же, недолго оставаясь в пределах империи, отправился со всем войском в Грузию. Приближаясь к своему царству, Вахтанг уведомил сына своего царевича Дачи и всю грузинскую знать о своем возвращении.
Молодой царь с радостью вышел навстречу своему отцу со всей знатью и с грузинским духовенством. Архиепископ же Михаил вследствие клеветы на царя и на все его войско со стороны недоброжелателей, будто он с войском в бытность его в Персии изменил христианству, и желая отомстить за избрание нового архиепископа, более его достойного, не вышел к нему навстречу вместе с другими. Прикрываясь неразумной ревностью и желая удержать за собой выгодную для себя Мцхетскую кафедру и напугать своей властью неустрашимого царя, без рассуждения и явных улик против него и на все его войска как изменников веры, недолго думая, отлучил от Церкви победоносного и великого воителя и защитника Православия и все его храброе и христолюбивое войско, а по отлучении всех — прислал к Вахтангу спросить, в действительности ли отрекся он от Христа со всем войском или нет.
Вахтанг, несмотря на незаконный поступок своего архипастыря, не нашедшего нужным представиться ему, велел послу передать, что он силой Христовой вошел в Персию и силой же Христовой вышел из нее невредим. Затем сам, как покорный сын Церкви, смиренно приехал к архиепископу и, сделав земной поклон, просил благословения.