Агаянц лично участвовал в проведении разведывательных операций, порой связанных с риском для жизни, проявлял незаурядные способности в вербовочной работе. В документах того времени, в частности, говорилось: «Важная оперативная разведывательная информация, получаемая советскими разведчиками в Иране, сыграла существенную роль при принятии военным командованием и руководством страны тех или иных политических и военно-стратегических решений».
Сложная и ответственная работа выпала Агаянцу и его сотрудникам накануне и в ходе Тегеранской конференции руководителей трех союзнических государств, состоявшейся в конце 1943 года. Советской разведке во главе с ее главным резидентом в Иране удалось переиграть Отто Скорцени, готовившего покушение на лидеров СССР, США и Великобритании, и разрушить замыслы террористов.
После Ирана, в 1946 году, Иван Иванович вновь выехал в Париж, теперь уже в качестве резидента. Однако по состоянию здоровья командировка не была продолжительной (дал о себе знать хронический туберкулез, которым этот энергичный и жизнестойкий человек страдал с середины 1930-х годов).
В то время в Париже проходила вторая сессия совета министров иностранных дел СССР, США, Великобритании и Франции, готовившая проекты договоров для предстоящей мирной конференции. Ивану Ивановичу пришлось организовывать работу по оказанию помощи советской делегации, которую возглавляли В. М. Молотов и А. Я. Вышинский.
Парижская резидентура под руководством Агаянца активизировала работу: был расширен круг источников за счет хорошо осведомленных людей, приобретены новые ценные агенты и доверительные связи. Сотрудникам резидентуры удалось добыть секретный вариант «плана Маршалла», который дал возможность советской делегации строить свою работу с учетом политических целей США в Европе.
Только этих результатов, достигнутых за время работы Агаянца во главе резидентуры, хватило бы для того, чтобы оценить его как крупного разведчика, внесшего большой вклад в укрепление позиций СССР на международной арене.
С 1948 года Агаянц находился на руководящих должностях в центральном аппарате внешней разведки: был начальником Управления Комитета информации, начальником кафедры Высшей разведывательной школы. В 1959 году Сахаровский предложил ему возглавить Службу активных мероприятий. Во второй половине 1960-х годов газета «Нью-Йорк геральд трибюн» сообщала, что ЦРУ направило в конгресс США доклад, в котором, в частности, указывалось, что «осуществлению многих оперативных мероприятий американских спецслужб активно мешает деятельность управления советской внешней разведки, возглавляемого генералом Агаянцем».
16 декабря 1965 года Ивану Ивановичу Аганцу было присвоено звание генерал-майор. В 1967 году он был назначен заместителем начальника Первого главного управления КГБ при СМ СССР.
За успехи в разведывательной деятельности генерал-майор Агаянц был награжден орденами Ленина, Красного Знамени, Трудового Красного Знамени, Отечественной войны II степени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, а также нагрудными знаками «Заслуженный работник НКВД» и «Почетный сотрудник госбезопасности».
12 мая 1968 года Ивана Ивановича Агаянца не стало.
В некрологе для сотрудников внешней разведки, подписанном Сахаровским, говорилось: «На всех участках работы почетный сотрудник госбезопасности генерал-майор Агаянц проявил себя талантливым и энергичным организатором, умным и вдумчивым человеком, обаятельным другом и товарищем… Его деятельность на практической агентурно-оперативной работе за рубежом была чрезвычайно продуктивной. Достаточно сказать, что в период командировки он лично завербовал несколько ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения важной документальной информации… Несомненен и очевиден также личный вклад И. И. Агаянца в разработку и осуществление крупных комплексных активных мероприятий, нанесших видимый и зримый ущерб противнику».
Любая историческая эпоха, события которой характеризуются острым противоборством в обществе, всегда порождала и выдающихся руководителей, и выдающихся исполнителей, чьим трудом, пбтом и кровью претворялись в жизнь передовые идеи того времени.
Сахаровский, родившийся в 1909 году, и Агаянц, родившийся в 1911-м, принадлежат к представителям того поколения советских людей, чьи молодые годы пришлись на период активного строительства нового государства, а зрелость — на восстановление его экономики после разрушительной войны. Это поколение приняло от своих предшественников романтическое стремление к новой жизни и неуемную энергию в борьбе за эту жизнь как на мирном трудовом фронте, так и с оружием в руках, если в этом возникала необходимость.