В 1842 году область Паланги, которая считалась священной землей Самогитии, была отделена от литовской оккупационной зоны и передана в юрисдикцию Куршской губернии. Эту территориальную уступку царь Николай I сделал для куршских баронов Латвии, за проявленную ими верность России. На самом же деле, этот шаг задумали старейшины Самогитии, сговорившись с влиятельными немецкими баронами, стремясь эту территорию использовать для укрытия членов королевской семьи Самогитии. Старейшины боялись, чтобы беспощадная и предательская тайная полиция России и деспотическая военная и гражданская оккупационная власть не уничтожила их старинной династии Дома Солнца. Господство немцев хоть частично гарантировало им защиту.
Отличавшийся деспотизмом, самодержец царь Николай I умер в феврале 1855 года во время тяжелой Крымской войны. Его преемник Александр II был несколько либеральнее, но в основном сохранил все те меры преследования, которые ввел его отец, и дальше укреплял влияние тайной полиции. Проиграв Крымскую войну, царь Александр II, стараясь успокоить недовольных войной и ослабить антицарскую пропаганду среди населения России, в 1856 году объявил политическую амнистию, разрешив ссыльным и некоторым политическим заключенным вернуться на родину.
Группа ссыльных патриотов старинной знати самогитов попала под политическую амнистию царя, и вернулась на родину. Здесь они поддерживали программу, которую распространяли непоколебимые патриоты и молодые ксендзы, предусматривающую для своего народа спартанский образ жизни. Они боролись за то, чтобы народ смог существовать как самостоятельная сущность, крепил единство и под воздействием влияния русских оккупационных сил, сохранил бы свою самобытность. Они агитировали народ стать непоколебимой и твердой силой, способной стерпеть или отразить все нападки, с которыми им придется столкнуться в будущем.
По всей Самогитии словно лесной пожар возникали и распространялись братства и общества трезвенников. Социальной жизнью стало руководить движение трезвости. Самогития в истории новых времен сознательно стала первой страной сухого закона. Пивоварни и водочные заводы должны были прекратить работу, а акцизные налоги, которые собирались русскими чиновниками, сократились до незначительных сумм. Недостаток доходов и презрение самогитов к политике русификации, заставило русских активно преследовать движение за трезвость, которое также начало распространяться и в Литве. С трезвостью велась настойчивая политическая борьба, русские стали поощрять пьянство и безвозмездно, чаще всего после богослужений, раздавали на улицах водку даром. Русские действовали против движения трезвенников, утверждая, что алкоголь из-за сурового климата необходим для здоровья и что сам Христос его употреблял и советовал это делать другим.
Русские не позволяли петь патриотических песен, запретили все публичные демонстрации. Митинги, организованные против русских законов, возбудили кровавые столкновения, и даже военные суды. Вскоре массовые ссылки стали обычным явлением для Самогитии. До января 1863 года оккупационные власти излавливали молодых парней годных для службы в армии. Случайно или по доносу из многочисленных парней, пойманных властями, двое были старшими сыновьями великого князя Самогитии. Как и их отец, они маскировались под чужими именами и активно готовились к участию в восстании. Они были определены в Крымскую армию России и прослужили там пять лет. Когда после срочной службы они вернулись домой, приобретенные там военные знания им очень пригодились.
Другие юноши, до сих пор прятавшиеся в лесах, требовали начать вооруженную борьбу по всей территории захваченных стран против сил оккупантов. Радикалы раскололись на две группы, распределенные по всей Самогитии, Литве и Польше. Консерваторы именовались белыми, а либералы – красными. Самогития, под руководством группы молодых ксендзов, воплотила в жизнь свой план восстания. Вскоре организованные крестьяне уже контролировали почти всю Самогитию.
Царь Александр II для подавления восстания послал корыстного реакционного генерала Муравьева. Царь хвастался: «Я буду защищаться, а средством моей защиты будет человек, которому свойственны черты Римского проконсула и качества татарского хана. Я плюю на права народов, а он плюнет и на законы Божьи, и на законы человеческие!»
Его прихвостень Муравьев в своих мемуарах рассказывает, что царское предложение для него стало неожиданностью, потому что раньше он совершал огромные растраты. Муравьев писал : «Я ответил государю, что будучи русским, я поступил бы нечестно, если бы отказался от предложения… Я потребовал, чтобы в мое подчинение были выделены все средства, чтобы смог наказать заговорщиков, возвысить русские моральные качества и национальное величие. Я уже теперь знаю, что мои методы не будут приятными, но уступками и слабостью положение можно только ухудшить. Император поблагодарил меня за мою жертву и согласие возложить на себя это тяжелое бремя. Он сказал, что полностью одобряет мои мысли, предлагаемые методы и что не откажется от своих намерений».
Муравьев прибыл в свою штаб квартиру в Вильне в мае 1863 года и в первую очередь постарался запугать духовенство – за подрывную деятельность публично расстрелял несколько ксендзов-повстанцев.
Муравьев хвастался, что он полностью подавит восстание и уничтожит даже имя, язык и культуру народов айстиев. Особенно он требовал по всем статьям стереть из памяти историю Самогитии. Муравьев приказал уничтожить все печатные издания, в которых упоминалось о существовании Самогитии как в прошлом, так и в настоящем. Дворяне, без всякого исключения, при малейшем подозрении подвергались повешению или расстрелу. Он подавлял и наказывал так, что виселицы не пустовали целыми месяцами. Муравьев ездил в железной карете и оглашал смертные приговоры целым деревням, старикам и детям, гнал их пешком в Сибирь, разрешив им на прощание лишь посмотреть на свои объятые красным пламенем дома. Он предлагал щедрые вознаграждения предателям и выплачивал специальные премии крестьянам, предавшим повстанцев, но последнее предложение имело малый успех. Деньги, забранные у богатых, но трусливых людей, сделали Муравьева очень состоятельным человеком.
Когда генерал Муравьев подавил восстание, «либеральный» царь Александр II присвоил ему титул графа. За свою деятельность Муравьев удостоился большого уважения русского народа, но в других странах Европы, особенно в средствах печати, его презирали. Лондонский «Таймс» („The Times“) представлял его как человека со «странностями».
Муравьев-вешатель, как его прозвали в Литве, в своих воспоминаниях хвастался: «Я постоянно удостаивался симпатии России и всего активного русского общества из-за благородного морального и политического присоединения Северо-Западного края. Она выражалась в виде присылаемых мне писем и телеграмм, в которых упоминались более или менее актуальные русским события, например, строительство новых церквей, обращение католиков в православие, открытие новых школ.
Об этом мне писали русские из разных областей, во всех богослужениях упоминалось мое имя. Короче говоря, имя Муравьева в этом краю стало знаменем всех русских. Россия вернула себе владения, которые десятилетиями из-за слабости или глупости как верховной, так и местной власти, позорно превратились в польские провинции.
Одобренное Россией восстановление православия и святого дела русского национализма в Северо-Западном крае, было таким сильным и всеобщим, что изо всех краев нашей огромной родины – от духовенства, аристократии, жителей городов и деревень я получал благодарственные письма за успешное подавление восстания. Кроме писем мне присылали и святые иконы. Все это придало мне моральных, а еще в большей степени физических сил для преодоления местных трудностей и в борьбе с некоторыми высокопоставленными чиновниками, которые возражали против моих методов по выдергиванию с корнями последствий восстания.