Захария Зограф умира от петнист тиф през лятото на 1853 година в родния си град — умира само месец преди избухването на Кримската война, когато Самоков е в разцвета на своя стопански и културен подем, а най-видните самоковци, усвоили четмо и писмо, окичили ико-ностасите си с български книги от печатницата на своя съграждапин, разкрасили стените на къщите си със стенописи от прочутите местни художници, а таваните им с майсторски резбарски изделия на труженици от прочулата се самоковска резбарска школа, вече най-отчаяно се борят срещу гръцкия владика и за своя родна църква. В тази борба, разраснала се цяло десетилетие преди смъртта на Захария Зограф, самият той взима най-дейно участие. Другите местни църковни деятели са или негови родственици, или близки приятели. Ала те всички са духовни чада на Неофит Рилски.
Църковни борби
Самоковската епархия е една от малкото в днешните български земи, стояла през първите три века на турското робство извън обсега на гръцката цариградска пат-риаршия. В административно отношение тя е била под-чинена на независимата ипекска славянска патриаршия, дотогава и владиците в Самоков са били или българи, или сърби. Ала в 1766 г., когато цариградската патриаршия успява да закрие ипекската, митрополит Неофит, последният български архиереи в Самоков, бил изгонен ведно с другите български архиереи и няколко години по-късно на негово място бил изпратен гъркът Филотей. Странно съвпадение, защото идването на Филотей съвпада по време с първия известен самоковски препис на Паисиевата история. Първият идва да сее мрак, а „История славянобългарска“ — да буди народностното съзнание на българите. И Паисиевото дело надделява. Втори измежду всички митрополитски градове в българските земи, Самоков се вдига на борба срещу гръцките владици още в 1829 година. Врачанци изпреварват самоковци само с четири години!
Изглежда, че Филотей, престоял цели 47 години на митрополитския трон в Самоков, не е обременявал българите с много тежки данъци. Защото брожението против гръцките владици почива предимно на тая основа докъм средата на миналия век. Съзнателната борба за самостоятелна българска църква идва отпосле, подир Кримската война. Тя представлява важен дял от борбата за национално освобождение. Ала в периода между Одринския мир от 1829 г. и избухването на Кримската война през 1853 г. българите, а с тях и самоковци, се трудят да се освободят от тежкия гнет на фанариотските берии. По това време цариградската патриаршия е представлявала нещо като държава в държава. Приходите на самоковските гръцки митрополити от осемнадесетте различни данъци и берии са превишавали общата сума на постъпленията в държавната хазна от целия самоковски санджак…
Между 1819 година, когато Филотей напуска Самоков, за да се оттегли на преклонна възраст в един Светогорски манастир, и 1846 година, когато владишкият престол бил зает от Дели Матея, в града са служили четирима гръцки митрополити. Те се застоявали не задълго на владишкия престол и съдбата на всички е била незавидна. Иротей, който заместил Филотей в 1819 г., бил отзован шест години по-късно поради разгулния му живот. Неговият наследник Игнатий бил убит насред града от някакъв пиян турчин през лятото на 1829 година. Тогава самоковци отправят молба до цариградската патриаршия за техен митрополит да бъде назначен Неофит Рилски, който учителствувал по това време в града. Вместо Неофита, патриаршията изпраща Игнатий II. Недоволството на самоковци било голямо. То се засилило и от злоупотребите на самозабравилия се митрополит, поради които властите се принудили още в 1836 да го изпратят на вечно заточение в гр. Трапезунд.
Не след дълго, в 1838 година, в Самоков пристига петият пореден гръцки митрополит Еремия. Самоковци го посрещат настръхнали, а той подклажда ненависта им с разгулното си държане. С подаръци и различни почести той успял донякъде да разедини българските първенци и да се огради с привърженици-гъркомани, подбрани предимно измежду еснафите. Ала срещу него се опълчили търговците на аби и гайтани, едрите скотовъдци, джелепите, както и онази здрава ядка от учители и книжовници, оформила се неусетно около личността на Неофита Рилски. И в 1846 г. самоковци позорно изпъждат своя владика. Не друг, а Захария Зограф пръв вдигнал камък от улицата и замерил с него каляската на изпъдения митрополит, отправен с дюдюкания и всевъзможни подигравки.