В смысле атеистического понимания сутр самой спорной, пожалуй, является сутра II, 45 (дополненное повторение I, 23): Sфmфdhш siddhir Iсvarapranidhфnфt, то есть "самадхи бывает успешна через преданность Ишваре". Но сутра не говорит о слиянии с Ишварой, как о цели Йоги, а просто указывает на один из многих технических приёмов, рекомендуемых для достижения состояния самадхи.
В I, 23―28 указывается ряд способов погрузиться в самадхи и, совершенно в духе "Монадологии", Ишвара определяется как Пуруша, свободный от разного вида страданий, которым подвержены все другие пуруши (сутра 24). В нём бесконечно знание, находящееся в других лишь в зачаточном состоянии (25). Он есть учитель всех, даже древних учителей (26). Проявление его ― Пранава (то есть слог АУМ); повторение этого (слога) есть способ достижения самадхи (27).
В II, 1; II, 32; II, 45 употребляется то же выражение Iсvara-pranidhфnфm, как обозначение одного из способов устранить препятствия с пути, как одного из обетов ниямы для успешного достижения нирваны.
Итак, центральным теистическим текстом остаётся I, 23―28. С целью всей Йоги эти сутры никак не связаны; это только один из приёмов, взятых в общие скобки сутрой IV, 31: "ничтожное познаваемое" (jneyam alpam) вследствие бесконечного знания свободно от всякой запятнанности, от препятствий (sarva фvarana—mala—apetasya-jnфnasva фnфntyфj). Но и во всеведении, о котором говорится в I, 25, нет надобности: пуруша отделился, обособился от гун (значит и от пракрити), отрешился и от собственного сознания, оно низвергается в пропасть после того, как была достигнута отрешённость (IV, 25). В этой шлоке есть разночтение: prфgbhфramcittam и prфgbhфvamcittam, то есть "Читта (возвращается) в первобытное состояние отрешённости" (kaivalyam) или по второму разночтению: "Читта, углубляясь в распознавании, стремится к отрешённости".
Отрешённость, или обособленность, есть отлив гун, освободившихся от потребностей пуруши. Обособленность определяется так же, как пребывание силы сознания (cittф-сakti) в свойственном ей образе.
Итак, об Ишваре, как о конечной цели Йоги, Патанджали не упоминает: его цель не йога Тайттирья-упанишады или "Бхагавадгиты" (XVIII, 64―66), не единение, а разрыв, не собранность, а обособление (kaivalyam).
По-видимому, Патанджали принимает реальность природы (prakriti) вне зависимости от сознания отдельного пуруши: в IV, 14 сказано: parinфma-ekatvфd vastu-tattvam, то есть по единству изменений предметов ― действительность. Дейссен понимает эту сутру в том смысле, что на основании тождественности изменений, воспринимаемых разными сознаниями, можно предположить, что объект существует в действительности, а не только в сознании субъекта. Вопрос этот в отношении йоги Патанджали всё же приходится считать открытым.
Текст I, 27―28 о сосредоточении на слове АУМ в час кончины можно сблизить с "Бхагавадгитой" (VIII, 10―16). Такое сосредоточение на слове АУМ, как способ достижения Атмана, есть традиция Упанишад (ср., например, Шветашватара-упанишаду, I, 13―16; Катхака-упанишаду II, 15, 17), и при компиляции Йога-сутры эта тема могла войти в состав сутры скорее как технический момент, а не как основа учения. Йогу можно понимать различно, можно сказать, даже полярно. Быть может, лучше всего эти противоположные точки зрения на Йогу выражают определения Йоги, данные Гитой и Йога-сутрой. Для Гиты Йога есть равновесие (samatvam yoga ucyate) и искусство в действиях (karmasu kauыalam), Бхагавадгита, II, 48, 50. Для Патанджали Йога есть "удержание (nirodha) материи мысли (citta) от завихрений (vкtti) — yogaс citta-vкtti-nirodhah" (I, 2). Когда это осуществляется, Зритель (draыtuh) пребывает в своём образе (tфda draыtuh svarupe’vasthanam, I, 3). Так начинается Йога-сутра; всё, что в ней излагается, подытоживается так: обособленность (kaivalya) есть пребывание пуруши в собственном образе (IV, 34). Здесь нет и намёка на установку Гиты: единение и искушённость в делании ради блага мира (ср. II, 48―50 и III, 19 и сл.). Эта нить традиции идёт не через Йога-сутру, а через Рамануджу. Она также полностью принята махаянистами (при учёте экзо- и эзотерических их установок).
Метод Йога-сутры идёт по формуле: ne'ti, метод Гиты ― по формуле: tat tvam asi. Оба метода сходятся в месте схождения параллелей. И всё же, несмотря на полярное понимание йоги (а может быть, именно поэтому), практика и методика йоги веками оставалась той же самой. То, что говорил Н. К. Рерих о двух неразличимых по внешним признакам течениях буддизма, по-видимому, справедливо и для йоги.