Общий тон старших Упанишад пантеистичен; ярким образцом такого пантеизма является начало Брихадараньяка-упанишады, изображающее космос в виде жертвенного коня ашвамедхи; это вариант знаменитого гимна Ригведы (X, 90), изображающего развитие космоса как жертвоприношение Пуруши (Человека).
Иногда пантеизм Упанишад переходит в решительный атеизм; в качестве примера можно сослаться на отдел Брихадараньяка-упанишады, излагающей учение Яджнавалкьи. В IV, 5, 13―15 Яджнавалкья категорически отрицает всякое сознание после смерти; так как для него сознание равнозначно познанию, а познание возможно лишь при наличии субъекта и объекта, но такое разделение отрицается понятием единства (advaita ― букв. "без двойственности").
В той же многослойной Брихадараньяка-упанишаде можно найти и зачатки теизма, но лишь в средних Упанишадах (в Шветашватаре, Иша) теистические идеи достигают полноты своего развития. В Шветашватара-упанишаде, так часто сопоставляемой с "Бхагавадгитой", есть упоминание о Санкхье (VI, 13), самое древнее, как принято думать.
Дейссен, следуя Шанкаре, в Шветашватара-упанишаде не принимает слова saбkhya и yoga за технические термины, за названия систем, а придаёт им более широкое значение: "доказательство" (санкхья) и "упражнение в размышлении" (йога).
В поздних Упанишадах выражен не только теизм, но и конфессионизм, так как эти Упанишады разделяются на вишнуитские и шиваитские.
Школа ньяя была атеистической, так как для неё, как и для Лапласа, "бог оказался ненужной гипотезой", противоречащей основному положению школы о природе познания. Школа вайшешиков настолько тесно связана с ньяей, что говорить о ней особо нет надобности.
Лишь условно можно назвать Веданту Шанкары теистической, хотя предание и повествует о нём, как о горячо набожном человеке: бог (Ишвара) Шанкары не менее иллюзорен, чем и весь мир, его творение. Ишвара Шанкары исчезает вместе с исчезновением космической майи перед лицом чистой абстракции, реализованного Абсолюта, "застылого, со стеклянными глазами", по удачному выражению Радхакришнана (L. c. [19], II, 617).
Итак, даже среди "ортодоксальных" систем индийской философии атеизм является скорее правилом, нежели исключением, и нет основания выделять одну из систем как сугубо атеистическую. Скорее эпитет "атеистическая" наводит на мысль о существовании иной, неатеистической Санкхьи. Обычно этот эпитет объясняется так: Санкхья называется атеистической в противопоставлении теистической Йоге, именно в этом моменте принято видеть сущность различия между этими двумя системами.
Санкхья, создающая теоретическое обоснование Йоги, приходит к атеистическим выводам, а Йога, принимая теорию Санкхьи, практически теистична. Такое толкование глубоко снижает философскую ценность систем: выходит, что атеизм Санкхьи не вытекает из сущности её теоретических построений, а является моментом, легко сменяемым на противоположный, то есть внеположным системе, а теизм Йоги является каким-то произвольным довеском к Санкхье, теоретически не обоснованным, попавшим в систему как-то случайно, благодаря, примерно сказать, личным наклонностям Патанджали.
По существу понятие "Ишвара" введено в сутры Патанджали случайно, оно не присуще им органически, удаление этого понятия из системы не только не нарушает её построения, но придаёт большую последовательность изложению. Йога-сутры, перечисляя способы достижения самадхи, наряду с другими, упоминают и о преданности Ишваре (I, 23), но не как о цели, не как о чём-то самодовлеющем, а лишь как об одном из способов работы над собой. Ясно, что установка Йога-сутр не только не близка Гите, с её органическим теизмом, но прямо-таки антагонистична ей.
Сутра I, 23 носит выраженный характер интерполяции, прерывающей ход мысли. За этой сутрой оказалось нужным ввести ещё сутры I, 24―26, как пояснительные. Сутра 24, вопреки основным установкам Санкхьи, нарушая построение этой системы, вводит понятие особого Пуруши ― Ишвары, непричастного (aparamriыtah) бедствиям, делам, их последствиям и следам (kleсa—karma—vipфka—фсaya). Дейссен понимает слово фсaya как синоним samskara или vasana. Таким образом, в понятии Ишвара отрицается всё, что характеризует личность, дживу, и вместе с тем, вопреки всем установкам Санкхьи, утверждается личный аспект Ишвары. Лейбниц совершенно аналогично в понятии верховной Монады отрицает все определения, характеризующие монаду, и так сам изнутри разрушает созданную им систему. Сутра I, 27 говорит о Пранаве. Хотя этой сутре тоже придан теистический характер, но он совершенно для неё не обязателен, так как рекомендация размышлять над Пранавой (то есть священным слогом АУМ) и повторение этого слога не заключают в себе чего-либо специфически-теистического: такие упражнения рекомендуют и пантеистические Упанишады.