С этой точки зрения Лайя-йога имеет очень много общего с Учением Дзен. Однако если говорить о различиях, то Дзен – это все-таки путь отречения, Лайя-йога же относится к высшим практикам Ануттара-тантры и представляет собой интеграцию или всеприятие. Также в отличие от учения Дзен, в Лайя-йоге придается значение работе с энергией, каналами, ветрами и сущностными субстанциями в теле (бинду), а также с такими проявлениями этой энергии, как внутренний свет и звук. Подобно тому, как в Дзен используются коаны и парадоксальное поведение для пробуждения учеников, в Лайя-йоге также используются мистические парадоксальные высказывания (улата), практикуются методы самоосвобождающего поведения для того, чтобы дать возможность ученику пережить изначальную недвойственную осознанность вне концепций. Также как и в Дзен, в Лайя-йоге большое внимание уделяется сидячей медитации, медитации Великого Покоя (Махашанти).
Однако, как мы уже говорили, Дзен все-таки относится к Учениям сутры, в то время как Лайя-йога относится к Учению Ануттара-тантры. Сутра останавливается на уровне сознания, не затрагивая грубые аспекты внешней и внутренней реальности, такие как энергия, тело, поведение. Тантра же, пробудив и освободив сознание, идет дальше, работая с тонкими внутренними энергиями тела, поведением и также внешними энергиями Вселенной, такими как тонкие свет и звук. Однако в отличие от тантрических методов крийя- и чарья-тантры, связанных с поклонением, визуализацией, йога-тантры, связанной с техниками, Хатха- и Кундалини-йоги, благодаря которым йогин управляет главными пранами в теле и очищает каналы, в Лайя-йоге освобождение энергий и тела в Ясный Свет происходит не за счет каких-либо методов визуализаций, а за счет простого поддержания самого скрытого глубинного слоя Ума, находящегося за пределами всяких ограничений.
Такое обнажение, открытие Ясного Света, низведение его вплоть до трансформации физической оболочки, реализовал великий святой Тамилнаду Валлалар (Рамалинга Свамигал), его также описывал известный индийский мистик и святой Шри Ауробиндо, сделав такой подход главным в своей интегральной йоге. Он его описывал, называя «супраменталом». Он верил, что нисхождение супраментала начнет новую эпоху в жизни человечества, трансформируя его в Богочеловечество. Трансформация будет включать не только ум и энергию, но также и физическое тело.