Взгляды тибетской Ануттара-тантры, в особенности ее кульминационной колесницы Ати-йоги (Дзогчена), с точки зрения ведантиста являются заимствованием и развитием идей Упанишад, философии Гаудапады и Шанкары. Учение об «основе», «чистоте и совершенстве» изначального Ума, в особенности о его «манифестации» и способности к проявлению в виде лучезарной энергии, соответствует описанию ведантического проявленного и непроявленного всепроникающего Брахмана, или «Сат-Чит-Ананде» Упанишад, а также философии кашмирского шиваизма (школы «Пратхьябхиджня»). Такие выражения и обороты, встречающиеся в коренных тантрах Ати-йоги и упадешах, типа «как вода в воде», «молоко в молоке» и «масло в масле», «искра в пламени», указывающие на процесс растворения индивидуального «я» во всеобщем Источнике, устойчивая метафора «пространство внутри кувшина» внутреннего и внешнего пространства, и вовсе выглядят цитатами из индийских Упанишад. Стилистика языковых оборотов имеет мало общего с первоначальными буддийскими текстами, скорее они напоминают «Авадхута Гиту» Даттатрейи или обороты из древних Упанишад, которые возникли до появления Будды.
Очевидно, в этом кроется причина того, что в Тибете Учение Ати-йоги, школы Ньингмапа и Дзогчена, начиная с ХI-го века и до сих пор, не считались подлинным учением Будды и против них возводились обвинения в ереси (например в том, что Дзогчен возник под влиянием Чань, индуизма и Бона). Очевидно, что эти обвинения имели под собой основания. Согласно хроникам школы Ньингмапа ХVI-го века, тибетский принц Шива Од, пытался даже запретить воззрения Ати-йоги Ньингмапы, объявив, что это учение напоминает доктрину индуистской Адвайта–Веданты, и называл его этерналистским воззрением тиртхиков «мустэгпа». Среди критиков-ученых в Тибете и по сей день бытует версия о появлении учения Ати-йоги в Тибете, где упоминается история о трех шиваитских индийских йогах-сиддхах, приглашенных бонскими шаманами для лечения тибетского царя, которые восхитили бонцев своими магическими силами и принесли с собой в Тибет Веданту, от которых Бон позаимствовал индуистскую атрибутику в виде трезубца, свастики и костыля для медитации. С этим периодом связывают один из трех периодов в истории тибетского Бона, так называемый реформированный Бон. Есть предположение, что именно в этот период значительно выросло влияние учения Бон, которое заинтересовало многих тамошних буддистов.