Новое учение вскоре было интегрировано в буддийское мировоззрение, таким образом, образовав совершенно новую для тибетского буддизма школу Ньингмапа. Кстати сказать, в самом Тибете до сих пор ведутся дискуссии, является ли высшее учение Ануттара-тантры–Ати-йога школы Ньингмапа и Дзогчен Бона собственно буддийскими учениями или же они есть отклонение от истинно буддийского мировоззрения. Фактически, можно этот вопрос поставить так: «Является ли вершиной и кульминацией учений тибетского буддизма заимствованная из индуизма Адвайта-Веданта или же тибетский буддизм сам в своем развитии дошел до того же уровня, что и Адвайта-Веданта, испытав влияние Чань-буддизма в VIII в., когда Вайрочана учился у китайского мастера Чань Хэшана Махаяны?».
Многие ученые в Тибете, особенно школы Гелугпа, в XVII-XVIII в.в. не признавали подлинности тибетской Ати-йоги, к примеру, Сумпа Кхампо в своей книге «История буддизма», ч.2, говорит о том, что учение Ати-йоги в Тибет принес не Падмасамбхава, который был в Тибете всего лишь восемнадцать месяцев, а индийский садху в одеждах Падмасамбхавы, который заявил, что он, якобы, был Падмасамбхавой, и обучил тибетцев Адвайта-Веданте, т.е. нынешнему Дзогчену, убедив других, что это буддийские учения, затем эти доктрины были восприняты школой Ньингмапа. К слову сказать, многие исследователи считают это вымыслом или сектантской полемикой, тем не менее, есть факт отождествления учения Адвайта-Веданты и кульминационной колесницы в тибетском буддизме.
Некоторые буддисты отрицают наличие общих корней в кульминационной колеснице тибетского буддизма и Адвайта-Веданте, на том основании, что «Светоносная Ясность» в махаянском буддизме и «Основа» в тибетской Ати-йоге, это вовсе не то же самое, что этерналистский Абсолют в индуизме, что и «Светоносная Ясность» тантры, и «Основа» в Дзогчене все-таки не имеют независимого существования, т.е. их природа – Пустота, а потому это–не индуистская Шашватавада.