Назначенный согласно новымъ правиламъ не епископатомъ, а королемъ, Кіевскій митрополитъ Онисифоръ всемѣрно старался потворствовать католикамъ, забывая о своихъ священныхъ обязанностяхъ. Въ 1585 году этому нерадивому пастырю галицкіе дворяне написали съ сейма слѣдующую грамату: «Великому несчастью своему приписать должны мы то, что во время вашего пастырства всѣ мы страшно утѣснены, плачемъ и скитаемся, какъ овцы пастыря не имущія. Хотя Вашу Милость старшимъ своимъ имѣемъ, однако, Ваша Милость не заботитесь о томъ, чтобы словесныхъ своихъ овецъ отъ губительныхъ волковъ оборонять, нисколько не заботитесь о благочестіи. Съ жалобою на всякія несправедливости, намъ содѣланныя, мы пріѣхали на сеймъ въ Варшаву, въ надеждѣ на ваше обѣщаніе явиться туда же, чтобы вмѣстѣ бить челомъ королю, защищать права и вольности закона нашего греческаго. Но Ваша Милость не хотите исполнять своихъ обязанностей, не хотите быть дѣятельнымъ при такихъ великихъ бѣдахъ, больше которыхъ не было и не будетъ. Во время вашего пастырства вдоволь всякаго зла въ законѣ нашемъ сталось; насилія святыни, замыканіе Святыхъ Таинъ, запечатаніе церквей святыхъ, запрещеніе звонить, выволакиваніе отъ престола изъ церквей Божіихъ поповъ, какъ злодѣевъ, запрещеніе мірскимъ людямъ молиться въ церквахъ; такихъ насилій не дѣлается и подъ погаными царями (т. е. турецкими государями), и все это дѣлается въ паствѣ Вашей Милости. Но этого мало: рубятъ кресты святые, захватываютъ колокола въ замокъ, отдаютъ ихъ въ распоряженіе жидамъ; а Ваша Милость листы свои открытые противъ Церкви Божіей жидамъ на помогу даешь.
«Изъ церквей дѣлаются костелы іезуитскіе, имѣнія Церкви Божіей данныя — теперь къ костеламъ привергнуты. Но что еще хуже: Ваша Милость поставляешь одинъ епископовъ, безъ свидѣтелей и безъ насъ, братіи своей, что и правила запрещаютъ, вслѣдствіе чего негодные люди становятся епископами… Наставилось епископами много, на одну епархію по два — оттого и порядокъ сгибъ.
«Мы по обязанности Вашу Милость остерегаемъ, молимъ и просимъ: Бога ради, вспомни святыхъ предшественниковъ своихъ, архіепископовъ Кіевскихъ, и возревнуй благочестію ихъ, а на насъ не прогнѣвайся — жаль намъ души и совѣсти вашей: за все отвѣтъ Господу Богу должны вы отдать».
Начинали сказываться послѣдствія коварныхъ анти-православныхъ мѣръ, продиктованныхъ латинскими патерами королю Стефану Баторію.
Къ счастію, возвращаясь изъ Москвы въ 1589 г., послѣ посвященія Іова, Константинопольскій патріархъ Іеремія ІІ-й посѣтилъ Литву и дѣятельно занялся устройствомъ тамошнихъ церковныхъ дѣлъ. Онисифоръ, обвиненный въ двоеженствѣ, къ великому неудовольствію поляковъ, былъ отправленъ въ монастырь; на его мѣсто патріархъ посвятилъ Минскаго архимандрита — Михаила Рагозу. Понимая пользу братской дѣятельности, Іеремія ІІ-й учредилъ Виленское братство при церкви Святой Троицы, поручивъ ему особо печись о школьномъ образованіи, книгопечатаніи и благотворительности. Онъ также расширилъ права Львовскаго братства.
Князь Константинъ Константиновичъ Острожскій выхлопоталъ у короля Сигизмунда III-го (преемника Баторія и близкаго друга и воспитанника іезуитовъ) окружную грамату, подчиняющую патріарху Іереміи іерархію и дѣла православной Западной Церкви. Это позволило Іереміи оздоровить церковную жизнь, возмущаемую латинянами, осудить и низложить нѣсколько недостойныхъ пастырей и возстановить древнее правило избранія въ архіереи исключительно монаховъ.
Патріархъ до отъѣзда изъ Литвы назначилъ своимъ «экзархомъ» для надзора за западно-русской паствой, съ правомъ суда, епископа Луцкаго — Кирилла Терлецкаго. Этотъ выборъ не понравился нѣкоторымъ, особенно Рагозѣ и епископамъ Діонисію Холмскому и Леонтію Пинскому. Недовольство это вскорѣ стало извѣстно іезуитамъ, которые умѣло воспользовались имъ для усиленія нажима на епископовъ, доказывая имъ, что патріархъ, де, не имѣлъ права распоряжаться въ Литвѣ столь своевольно. Соотвѣтствующій нажимъ былъ ими сдѣланъ и на короля, что вызвало новыя мѣры противъ «схизматиковъ». Пропаганда уніи достигала повсюду огромныхъ размѣровъ, тѣмъ болѣе, что іезуиты и Ватиканъ опасались вмѣшательства новаго патріаха Іова, поставленнаго въ Москвѣ.
Любопытно, что, когда умеръ Стефанъ Баторій въ 1586 году, нѣкоторые круги выдвинули кандидатуру на польскій престолъ (какъ извѣстно, короли въ Польшѣ являлись выборными монархами) царя Ѳеодора Іоанновича. Царскимъ посламъ въ Варшавѣ были по этому поводу заданы слѣдующіе вопросы: приступитъ-ли Ѳеодоръ къ вѣрѣ римской? Будетъ-ли онъ послушенъ папѣ? Будетъ-ли причащаться опрѣсноками? Соединитъ-ли Церковь Греческую съ Римской?