Смута все возрастала и на Русь напали шведы, тогда какъ повсюду разбойничали всякіе «воры». На мѣсто убитаго самозванца, появился, снова изъ Литвы, новый лже-Димитрій, поощряемый тѣми же католиками. Такъ какъ многіе вѣрили въ спасеніе перваго самозванца, лже-Димитрій ІІ-й, въ свою очередь, изъявилъ претензіи на царство. Онъ такъ же окружилъ себя поляками и литовцами, къ которымъ примкнули казаки, искавшіе поживы въ общей сумятицѣ. Такъ какъ для Ватикана главной цѣлью было добиться уніи, то Папа Павелъ Ѵ-й и король рѣшили сдѣлать ставку и на второго авантюриста, которому удалось достичь села Тушино, находящагося въ 10 верстахъ отъ Москвы, откуда и кличка его «Тушинскій воръ». По настоянію іезуитовъ, вдова лже-Димитрія І-го Марина, согласилась на бракъ съ воромъ и была съ нимъ обвѣнчана… Со своей стороны, король призналъ вора, котораго усиленно торопилъ добиться уніи съ Римомъ. Кромѣ того, онъ убѣждалъ его запретить въѣздъ въ Россію всѣмъ противникамъ уніи, особенно греческимъ монахамъ, всюду учредить уніатскія церкви и семинаріи Восточнаго обряда и т. д. Это показываетъ, что ожидало Русь въ случаѣ окончательной побѣды Польши…
Къ счастью, во время смуты, единственной реальной силой явилась Русская Церковь. Св. Патріархъ Гермогенъ (1606–1612) далъ всѣмъ примѣръ мужества и непреклонности: будучи окруженъ врагами въ Кремлѣ, на положеніи узника, онъ своими грамотами повсюду воодушевлялъ Русь на ратный подвигъ противъ еретиковъ и недруговъ. Также надо особо отмѣтить героизмъ монаховъ Троице-Сергіевой Лавры. Въ продолженіи 16 мѣсяцевъ, она выдержала жестокую осаду поляковъ и тушинцевъ (самъ «воръ» былъ убитъ въ 1610 году). Подъ защиту стѣнъ Лавры собрались толпы народа, спасаясь отъ насилій и грабежей. Братія и стрѣльцы творили чудеса, отбрасывая всѣ атаки и выдерживая обстрѣлъ артиллеріи и минные подкопы. По примѣру Патріарха монахи разсылали патріотическія грамоты, всячески содѣйствуя начавшемуся въ Нижнемъ Новгородѣ освободительному движенію, руководимому Мининымъ и Пожарскимъ. Выдержавъ тяжкую осаду, Лавра поспѣшила снарядить на свои средства ополченіе, не прекращая оказывать помощь населенію, всѣхъ призывая къ походу для освобожденія Москвы, гдѣ былъ замученъ поляками Св. Гермогенъ.
За зиму 1611–1612 гг., къ нижегородскому ополченію примкнули отряды изъ другихъ городовъ, отъ Казани до Коломны. Въ октябрѣ 1612 года столица была, наконецъ, очищена отъ поляковъ, а въ 1613 году Земскій соборъ земли русской избралъ на царство юнаго Михаила Ѳеодоровича Романова, чѣмъ и прекратилось Смутное время.
Такъ Ватиканъ и Польша потерпѣли новое пораженіе насильственной латинизаціи Русскаго государства.
Какъ было сказано, послѣ обманной Брестской уніи католики получили полную свободу къ насилію надъ православнымъ населеніемъ, подъ предлогомъ оффиціальнаго запрета королевской властью ихъ Церкви. Гоненія, покрываемыя закономъ, поощряемыя іезуитами, особенно ожесточились въ Виленской области. Народъ всячески противился произволу польскихъ чиновниковъ, съ помощью самоотверженныхъ православныхъ братствъ, а такъ же такихъ стойкихъ церковныхъ очаговъ, какъ Кіево-Печерская и Почаевская лавры. Послѣ русско-польской войны 1648–1651 гг., Россія получила обратно свои южныя области и Кіевъ, гдѣ сохранилась вѣра, несмотря на всѣ насилія и принужденія къ уніи. Кромѣ братствъ, печатавшихъ многочисленные труды въ защиту вѣры, большую поддержку гонимые получали отъ казаковъ Запорожья, вѣрныхъ Церкви, которыхъ польское правительство опасалось издавна и ничѣмъ не смогло усмирить.
Въ 1686 году состоялось заключеніе русско-польскаго договора, и Россія добилась присоединенія Малороссіи, а кромѣ того, обѣщанія короля не принуждать къ уніи оставшихся въ его власти четырехъ православныхъ епархій. Конечно, обѣщаніе это оказалось вскорѣ нарушеннымъ и всякія притѣсненія продолжались. Уніаты затребовали всѣ церковныя имѣнія бывшей Кіевской митрополіи и они были переданы въ руки іезуитовъ и ихъ ставленниковъ. Такъ, больше 700 храмовъ были насильно превращены въ уніатскіе, а въ 1692 году была принуждена къ уніи послѣдняя православная епархія — Львовъ. Наряду съ церковнымъ произволомъ, проводилось и ополячиваніе русскаго населенія: въ іезуитскихъ школахъ Львова оно усиленно проводилось, причемъ, ученикамъ — противникамъ уніи, преграждалось всякое высшее образованіе…
Согласно донесеніямъ русскихъ императорскихъ пословъ въ Варшавѣ, съ 1732 по 1743 гг. было захвачено въ унію 128 православныхъ монастырей и монашествующіе предавались всевозможнымъ униженіямъ и истязаніямъ, несмотря на протесты въ Сеймъ русскихъ пословъ. Кромѣ того, были отняты уцѣлѣвшія церковныя имѣнія, по приговору королевскихъ судовъ, во всемъ послушныхъ уніатамъ.