Сеченов с радостью взялся за преподавание на женских курсах. Не раз потом он говорил, что «барышни» не только не отстают от его студентов-мужчин, но во многом превосходят их.
«Это был женский университет, — вспоминал Сеченов, — о двух факультетах в настоящем смысле слова, возникший из частной инициативы и поддерживавшийся почти исключительно своими средствами. Это было в то же время крайне оригинальное учебное заведение, в котором начальница — хорошая, добрая, честная Надежда Васильевна Стасова — и ее помощницы работали даром, вкладывая в дело не только всю свою душу, но и собственные карманы, и поддерживали дисциплину в заведении не строгостями и наказаниями, а любовным отношением к воспитанницам, уговором и лаской. Что это был университет, доказательством служит систематичность 4-летнего курса, читавшегося профессорами, доцентами университета и даже некоторыми академиками. Я читал на курсах то же самое и в том же объеме, что в университете, и, экзаменуя ежегодно и там и здесь из прочитанного, находил в результате, что один год экзаменуются лучше студенты, а другой — студентки. Помню даже, что за все мое более чем сорокалетнее профессорство самый лучший экзамен держала у меня студентка, а не студент… Да, это была заря высшего женского образования в России, и студентки учились прямо-таки с увлечением — и я не раз был свидетелем, как они занимались в стенах своего университета (здание курсов в 10-й линии Васильевского острова) в послеобеденное время. Да и могло ли быть иначе: немногие шли туда от скуки или из моды, а большинство стремилось сознательно и бескорыстно к образованию как высшему благу — говорю «бескорыстно» потому, что оно не давало курсисткам тогда никаких прав, а впоследствии даже лишало их таковых».
Именно потому, что женщины в огромном своем большинстве шли на курсы не от скуки, а ради получения образования; потому, что на курсах этих были передовые по своему времени женщины; из опасений, чтобы женский университет не стал рассадником «крамолы» и слушательницы не передавали свои «вредные» взгляды, почерпнутые ими из лекций профессоров, среди которых много было «неблагонадежных», — правительство приняло меры пресечения подобного «пагубного влияния». Распоряжение исходило от министра просвещения, недоброй славы И. Д. Делянова. Того Делянова, который уволил известного русского ученого профессора прав M. M. Ковалевского из Московского университета за слова, сказанные им на лекции студентам: «Я должен вам читать о государственном праве, но так как в нашем государстве нет никакого права, то что же я вам буду читать?» Делянова, который провел знаменитый реакционный университетский устав и написал циркулярное письмо о том, чтобы в гимназии не допускались кухаркины дети. Делянова, изгнавшего из Московского университета основателя кафедры гигиены и известного общественного деятеля Ф. Ф. Эрисманна. Этот же гонитель народного просвещения поторопился «обезопасить» государство от образованных женщин.
Петербургский обер-полицмейстер Грессер затребовал из канцелярии курсов аттестаты зрелости всех курсисток; когда аттестаты вернули, на них стояла печать: «Предъявительница сего есть бестужевка». Печать эта явилась клеймом бестужевок: одновременно по всей сети школ было дано указание не принимать в учительницы лиц, на удостоверениях которых стояли такие печати.
А в 1889 году состоялся последний выпуск — министерство народного просвещения закрыло Бестужевские курсы.
Сеченов горячо принимал к сердцу дела женского университета. Он любил своих «барышень», ценил их отношение к делу, жалел за бесперспективное будущее. Редкое письмо к жене, отправляемое Сеченовым из Петербурга, обходилось без упоминания об этих курсах. Даже выпускные вечера он иногда устраивал у себя на квартире, приглашая самых близких своих друзей.
Однажды на такой вечер попала и молоденькая Вера Пыпина, племянница Н. Г. Чернышевского, только что окончившая гимназию. С семейством А. Н. Пыпина Сеченов особенно подружился в этот период своего возвращения в Петербург. Александр Николаевич и его жена Юлия Петровна были желанными гостями в доме Сеченовых, живших довольно замкнуто и редко кого приглашавших к себе. Мария Александровна, хоть и свыклась со своим «фальшивым» положением, все-таки избегала широкого общества, особенно женского, слишком памятны были ей сплетни и пересуды одесских, лондонских да и всяких других дам. Но Пыпины были люди передовые, близкие Чернышевскому и обаятельные по натуре, с широкими взглядами.
— Приходите к нам на бал, — пригласил Иван Михайлович как-то Юлию Петровну, — да захватите с собой Верочку. Она хоть и юна, но ей это полезно — пусть посмотрит на моих слушательниц. Есть у меня такие умницы.