Летом 1918 года масштабы Гражданской войны приняли катастрофические для советской власти масштабы. Для спасения «завоеваний революции» 2 сентября постановлением ВЦИК страна объявлялась единым военным лагерем. Вслед за этим был объявлен красный террор. Духовенство объявлялось пособниками контрреволюции, с которым надо бороться самыми жёсткими мерами. Волна репрессий докатилась и до Сарова.
В октябре 1918 года в монастырь приехали представители советской власти в сопровождении красногвардейцев и в ультимативной форме потребовали выплатить взнос в 300 тысяч рублей. Получив отказ, экспроприаторы взяли в заложники 12 монашествующих во главе с казначеем отцом Руфином и пошли по братским кельям с обыском. Было изъято 24 070 рублей, из которых 20 тысяч братия отложила для оплаты заготовки дров. Не удовлетворившись указанной суммой, «выведены были арестованные иеромонахи Руфин, Климент, Геннадий, Игнатий, Мефодий и Паисий на двор 2-й гостиницы и поставлены к стене на расстрел, даны были по команде красногвардейцами ружейные залпы. После двух залпов один из делегатов остановил расстрел, мотивируя получением телеграммы... по сделании ещё одиночных выстрелов, всех... заперли под арест. Во время ареста много было причинено чёрных слов, равно были пытки освобождаемым по одиночке. Во время пребывания приехавшие ходили по храмам, алтарям, даже ходили в неположенные места и брали в руки Св. кресты и Евангелия»44.
В архивных материалах обнаружена масса докладных записок от монашествующих:
«В управление Саровской пустыни
послушника Саров. Пустын. Василия Романова
15-го Декабря 1918 г. в 7 1/2ч. вечера ко мне вкелию пришли 2-е приезжих неизвестных, комиссар Сарова В. Астраханцев и 4 Саров, красноармейца и в кел. моей сделали обыск — взяли 13 р. серебр. денег. Три фунта сахару. 1 ручная типография с 200 букв, а также один из неизвестных сказал: Что когда не хотим платить налогу, то мы будем грабить, и ушли»45.
На счастье саровских монашествующих, представители советской власти не рискнули пойти на крайние меры.
Саровский комиссар и саровские красноармейцы — представители советской милиции, сменившие в марте 1917 года сотрудников полицейского участка, расквартированного при монастыре, получали от обители довольствие и повышенную заработную плату. В перечне их обязанностей первым пунктом было записано: «Охрана правопорядка нового строя Русского государства»46. Однако монашествующие больше надеялись на защиту местных крестьян. На одном из крестьянских сходов жители деревень Балыково, Рузаново и села Кременки выразили «желание защищать святыню-обитель от различных покушений»47. Предположительно не без инициативы этих же крестьян в 1919 году в Сарове было организовано Успенское саровское церковноприходское общество с целью объединения всех православных граждан, проживающих в местечке Саров и близлежащих селениях — Балыкове, Хвощеве и Цыганском48. Не все монастырские проблемы этот договор помогал решать, но главную свою задачу он выполнил — на протяжении семи лет на Саровской земле существовала православная организация, объединившая в себе монастырь и приход.
Для проведения богослужений храмы, часовни и пустыньки распределялись между членами общества таким образом: жителям деревни Балыково предоставлялся Успенский собор и храм Зосимы и Савватия; монашествующим и представителям гражданского населения местечка Саров — храм во имя Преподобного Серафима, Ближняя и Дальняя пустыни; представителям посёлков Хвощевский, Цыгановский и Городки — храм во имя Иоанна Предтечи, часовня Первоначальника и пещерный храм во имя Преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских; гражданам Сатиса, Росстани и Романова Стана — собор во имя Пресвятой Богородицы и Её Живоносного Источника49. Всесвятская кладбищенская церковь и монастырская колокольня находились в общем пользовании. Священнослужители Саровской пустыни были равномерно распределены по всем храмам. Председатель общества избирался из числа крестьян, в основном это были представители деревни Балыково.
С установлением новой власти и новых экономических порядков кардинально изменилось общественное положение монастыря и его насельников. Монастырские кельи начинают обживать представители советских органов, воспитанники одного из московских детских домов. В 1918 году все земельные владения обители реквизированы: 22 874,2 десятины50 переданы в ведение Саровского лесничества, около тысячи десятин перешли совхозу. Монашествующие предпринимали многократные попытки по организации своего хозяйства в новых условиях. Состоявшей в основном из крестьян братии монастыря приходится оправдываться, что они принимают участие в работах «не исключая священнослужителей. Выполнив чреду служения, они шли на работу... Работы производились: с наступлением весенней распутицы сплав и выгрузка дров, потом работы на огороде: пахота, делание грядок, посадка, поливка, полка; затем сенокос, полевые работы. В то же время требовались и домашние хозяйственные работы. Во всех этих работах участвовали и старые и малые... Каждый вкладывал возможные свои силы»51.