Несмотря на повсеместное насаждение атеистической идеологии, преследование людей, близких к православию, уничтожение или приспособление храмов под хозяйственные нужды новой власти, молитвенное служение на Саровской земле не прекращалось никогда. Разрушены были строения Дальней и Ближней пустыней, тайно закопан камень преподобного Серафима, но не зарастала тропа под ногами наших дедушек, бабушек, отцов и матерей к местам подвижнической жизни великого старца. На протяжении многих лет проходило необъявленное противоборство между местным населением и представителями власти. Одни ставили самодельные кресты на пустыньках, другие их уничтожали. После нескольких разгонов собравшихся на общую молитву у лесных мемориальных мест народ стал собираться на квартирах воцерковлённых людей, знавших порядок церковных служб, или на городском кладбище.
Пока действовал святой источник преподобного Серафима на Ближней пустыньке, он постоянно посещался местным населением. Под стенами монастыря и вдоль речки Саровки было также множество родников, имевших личные имена: Первоначальника, Маркин, Крестной, Назариев. Они просуществовали до середины 1950-х годов. К этому времени значительно увеличился забор артезианской воды для нужд разросшегося города и основного производства. Изменилась гидрогеология местности — где раньше шумел лес, проложили асфальтовые дороги, ливневую канализацию, построили жилые кварталы и, как следствие, уровень подземных вод опустился на десять-пятнадцать метров, и вскоре родниковые устья стали сухими.
Из храмов Саровской пустыни первым пострадала домовая церковь во имя Целителя и великомученика Пантелеймона. Так как она располагалась в жилом корпусе, называвшемся «Больничным» и представляла собой большую комнату, то вскоре все иконы и иконостас были уничтожены, а помещение поделено перегородками для новых жильцов. Это произошло, видимо, в начале 1930-х годов. Сегодня в Сарове, на территории Больничного городка, силами прихожан построен храм во имя Святого великомученика и целителя Пантелеймона. Освящение храма состоялось 16 октября 2004 года.
Второй храм-страдалец — во имя Преподобных Зосимы и Савватия, Соловецких чудотворцев. В довоенное время он использовался как склад, некоторые умудрялись содержать в стенах храма домашний скот. К началу 1940-х годов храм находился в полуразрушенном состоянии без окон и дверей. В 1942-м он был разобран до фундамента — требовался кирпич для строительных работ. В 1950-х годах на месте храма было построено административное здание. В 2009 году оно разобрано, и в 2010-м состоялась закладка нового храма в честь Преподобных Зосимы и Савватия. Любимый храм старца Серафима отстроен вновь, и 26 мая 2012 года он был освящён митрополитом Нижегородским и Арзамасским Георгием. Верхний придел во имя Преображения Господня освящён 21 декабря этого же года.
Главный соборный храм во имя Успения Пресвятой Богородицы первоначально использовался как склад, в котором, по воспоминаниям старожилов, хранили коноплю и прочую сельхозпродукцию. Во время войны храм стоял заброшенным, и ученики местной школы бегали туда за осколками гипса, который использовался вместо дефицитного мела3. В 1945 году часовни над местом упокоения преподобного Серафима уже не было. На фотографии этого времени видны только её развалины. С возникновением секретного объекта храм приспособили под гараж и ремонтные мастерские. Для того чтобы техника могла въехать в здание, четыре колонны у главного входа ломали при помощи трактора, а щебёнку ссыпали перед крыльцом, создавая тем самым удобный въезд. Всё это не способствовало сохранности здания. В сборнике «История создания ядерного оружия в СССР: 1946—1953 годы (в документах)» в одном из писем от 7 января 1950 года читаем: «Обращает на себя внимание то обстоятельство, что перекрытие, стены и фасады собора находятся в хорошем состоянии. Примечание: по одной из стен собора проходит трещина от карниза до перемычки окна первого этажа. Эта трещина находится в покое третье столетие, т. к. своевременно были положены металлические связи. Здание собора вполне могло быть использовано под торговые или общественные помещения. Например, здание собора можно использовать под универмаг, библиотеку, книгохранилище, включённые в титул капитальных работ на 1950 год. Просите руководство Главка об оставлении здания собора и реконструкции его под торговые или общественные помещения»4. На некоторое время храм оставили в покое, но в следующем году в переписке руководства объекта с Москвой появились тревожные нотки: «Докладываю, что здание бывшего собора, в центре посёлка, находится сейчас в угрожающем состоянии. С южной стороны стена дала новую вертикальную трещину снизу доверху, которая с каждым днём увеличивается. По мнению наших специалистов, от сейсмических сотрясений и, главным образом, от воздействия ударных волн, возникающих при подрывных работах, которые у нас ведутся, здание собора в теперешнем его состоянии представляет угрозу для соседних зданий и для прохожих»5. Судьба собора была предрешена — в начале июля 1951 года он был взорван. В течение лета строители разбирали руины храма. Многие дома и бараки Заречной части города Сарова стоят на фундаменте, сложенном из освящённого кирпича и бутового камня разрушенного собора.