1990-е годы можно отметить как годы становления приходской жизни на Саровской земле. 2000-е годы прошли под знаком возрождения монашества и монастыря Саровская пустынь. 2003 год памятен как год празднования столетия канонизации преподобного Серафима Саровского и возрождение монашеского служения на Саровской земле. В 2002-м здание бывшего храма во имя Преподобного Серафима, которое долгие годы использовали как склад, клуб, а с 1949 года как театр, передано Русской православной церкви, и начались восстановительные работы. Совместные усилия священноначалия, руководителей государственной власти всех уровней, высококвалифицированных специалистов, рабочих и простых жителей города позволили завершить восстановление храма к дням празднования столетия канонизации преподобного Серафима. Восстановлена была и келья преподобного внутри храма на сохранившемся фундаменте (проект разработан архитектором-реставратором московских Центральных научно-реставрационных мастерских С. В. Демидовым).
Вечером 29 июля 2003 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II прибыл в город Саров. В этот же день с многочисленным крестным ходом из СвятоТроицкого Серафимо-Дивеевского женского монастыря в Саров были принесены святые мощи преподобного Серафима и установлены в храме возле амвона. Три июльских дня и две ночи шёл нескончаемый поток жителей города к цельбоносным мощам преподобного, с надеждой на заступничество и помощь. 30 июля патриарх возглавил чин освящения воссозданного храма во имя Преподобного Серафима Саровского. После долгих лет запустения в храме была отслужена первая Божественная литургия, которую возглавил предстоятель Русской православной церкви. В этом величайшем духовном празднестве ему помогали патриарх Сербский Павел и архиепископ Вашингтонский, митрополит всей Америки и Канады Герман, а также представители братских Поместных православных церквей, архиереи — члены Священного синода Русской православной церкви, священнослужители, прибывшие на торжества.
31 июля 2003 года на торжества прибыл президент Российской Федерации Владимир Владимирович Путин. В присутствии главы государства патриархом Алексием II на площади перед монастырской колокольней, у раки с мощами святого угодника, был отслужен торжественный молебен преподобному Серафиму. По окончании молебна святейший патриарх обратился к участникам торжеств с приветственным словом:
Сто лет назад на Саровской земле был прославлен великий Угодник Божий — преподобный Серафим Саровский. Тогда вместе со множеством народа здесь молился Император Николай Александрович. Промыслом Божиим сегодня, спустя ровно век, Саров вновь встречает Главу Российского государства — Президента Владимира Владимировича Путина. Нынешнее торжество является знаком единения Церкви, народа и власти, единения, искусственно прерванного трагической историей XX века, но теперь восстанавливаемого молитвами преподобного Серафима и нашими общими трудами... Шествуя по пути, которым шли наши предки, мы сможем создать Святую Русь и изменить к лучшему самих себя, преобразить окружающий мир и, самое главное, достигнуть нетленного Божиего Царства. Путь сей труден, но тем, кто идёт по нему, споспешествует Сам Господь, помогают Его святые угодники. Наша Отчизна, избравшая этот путь более тысячи лет назад, да возвратится на него и да шествует по нему твёрдо, неукоснительно, с верою, правдой, мужеством и любовью. Молитвами преподобного и богоносного отца нашего Серафима Саровского Господь да благословит и помилует всех вас, дорогие мои!»7
Торжества в честь столетия прославления в лике святых преподобного Серафима имели громадное значение для государства и общества, благотворные результаты которого ежегодно умножаются. 2003 год стал переломным и в становлении монастыря Саровская пустынь — при храме Преподобного Серафима начал свою пастырскую деятельность иеромонах Иоасаф (Подгоров), сразу снискав любовь и уважение горожан.