К Строителю Исайи Отец Серафим имел великое уважение и любовь: ибо Исайя воспринимал его при пострижении в монашество от Евангелия, и был ему духовный Отец. Посему по смерти сего Строителя, скончавшагося 1807 года, лишение коего было для него великою потерею, он предал себя совершенному безмолвию, и ни с кем не говорил, пребыв в молчании около трёх лет. Удручённый летами Старец и изнурённый от долговременных подвигов, постепенно ослабевал в силах своих, так что уже не мог по прежнему обычаю приходить в монастырь в праздничные дни для приобщения Святых Тайн. Сие побудило его переменить пустынную жизнь. По благословению Строителя Нифонта, он оставил пустынную свою келлию, пробыв в ней около шестнадцати лет, и переселился в монастырь 1809 года Майя 9-го дня. Настоятель и братия весьма обрадовались его переселению: ибо могли всегда его видеть и пользоваться примером его благочестивой жизни.
По вступлении в монастырь, он затворился в своей келлии и опять, по прежнему своему обычаю, предал себя безмолвию и уединению, в течение пяти лет никого почти не принимая ни из братии, ни из посторонних посетителей. Он не хотел требовать для себя даже нужных потребностей. В его келлии не было огня; волосы на голове свалялись так, что едва ножницами кое-как могли подстричь их и снять наподобие шапки. Одежда его была всегда одинакова. На теле своём носил он вериги. Умертвив в себе ко всем мирским прелестям желание, он всегда пред очами имел память смертную, по учению Иисуса сына Сирахова: Помни последняя твоя, и во веки не согрешиши (Сирах, гл. 7. ст. 39). Он упросил сделать себе дубовый гроб и поставил его в сенях своей келлии, у котораго часто моляся, всегда готовился к исходу от здешней к вечной жизни, и сидел в келлии своей как во гробе, подобно живому мертвецу. Редкие из братии могли его видеть и с ним беседовать. Он приходящих к нему учил ходить в церковь неопустительно, заниматься умною молитвою, проходить послушание, какое Начальников будет возложено, и стараться паче всего быть мирну. Нужная же пища для него приносима была чрез одного, живущаго с ним, брата в его сени и тут поставляема. Так приносили ему оную до самой его кончины. Часто случалось, что кто-нибудь из братии заставал его в келлии на молитве или в чтении, и, желая воспользоваться его наставлениями, предлагал ему разные вопросы; но он, не обращая на его слова никакого внимания, оставался при своём занятии, и пришедший к нему брат принуждаем был удалиться, не получив от него никакого ответа на предлагаемые вопросы. Таково было его безмолвие и углубление в самого себя!
Во время пребывания в затворе имел он следующее келейное правило. Начиная с вечера субботняго и в самый воскресный день отправлял службу всю воскресную, которую положено исправлять в Уставе Церковном; в понедельник прочитывал всё Евангелие от Матфея, во вторник от Марка, в среду от Луки, в четверток от Иоанна, в пяток отправлял службу Кресту Господню по Церковному Уставу, в субботу Всем Святым; сверх сего полагал по тысяче поклонов каждый день вместо правила, которое содержит Саровская Пустынь, и упражнялся в умной Иисусовой молитве.
Святыя Тайны для приобщения его, по благословению Настоятеля, приносимы были к нему в келлию в воскресные и праздничные дни от ранней литургии. Приобщаться Святых Тайн тела и крови Господней поставлял он для себя столь вожделенным, что не пропускал ни одного праздника и воскреснаго дня не сподобившись сея Святыни. Да и других к тому же побуждал, чтоб не пропускали ни одного годоваго праздника, не очистив совести своей исповедию и не омыв грехов своих кровию Господа нашего Иисуса Христа.
После пятилетней безмолвной жизни, убеждён будучи просбами некоторых посетителей, Отец Серафим начал принимать и посторонних. Первый принял от него благословение бывший Тамбовский Губернатор, посетивший обитель 1815 года в Сентябре месяце. С сего времени Старец не отказывал никому, кто только желал принять от него благословение и воспользоваться его советами; а потому и посетителей время от времени более и более умножалось. Многие из дальних мест начали приходить к нему для принятия от него благословения и полезных советов. Приходящих к нему он благословлял и делал им краткия поучения, смотря по душевным нуждам каждаго. При сем он имел обыкновение приходящим к нему раздавать антидор и мелко искрошенные благословенные хлебы; и все принимали от него оные с благоговением, почтением и любовию. В затворе пробыл он семнадцать лет. От столь долгаго пребывания в затворе пришёл он в крайнее изнеможение и особенно стал чувствовать сильную головную боль; почему и спросил врачей, каким бы образом можно было ему облегчить болезнь, и хотя несколько возстановить своё здоровье. Они советовали ему или открыть кровь или выходить на воздух. А как он во всю жизнь свою не лечился; то и избрал последнее. Но так как он положил себе за правило, чтоб ничего не предпринимать, не получив какого-нибудь извещения свыше; то и в сем случае открыл он в молитвенном возвышении к Господу Богу намерение своё и просил на сие Божественнаго извещения, которое и получил. Почему 1825 года Ноября 25-го дня, в память святителей Климента Папы Римскаго и Петра Александрийскаго, в первый раз вышел он из затвора в лес. За дальностию разстояния первой келлии, он построил себе другую поближе при речке Саровке, от обители разстоянием около двух вёрст, где имел он отдохновение во время дневных трудов, и приносил Всевышнему молитвы. С тех пор он, кроме праздников и воскресных дней, каждый почти день ходил в лес, и там занимался то приготовлением дров для топки келлии, то возделыванием грядок для саждения картофеля, и к вечеру всегда возвращался в обитель. Во время хождения из лесу в келлию и из нея в лес, он имел обыкновение носить в мешке на себе камни, и на вопрос, для чего он их носит, отвечал: я, по Ефрему Сирину, томлю томящаго мя. Во время таковаго его уединения многие из братии слышали его часто поющим Антифон: Пустынным непрестанное Божественное желание бывает, мира сущим суетнаго кроме. Сие пение было не простое биение воздуха, но было выражением сердечнаго его чувствования; ибо он сие делал в восторге духа.