В 1780 году Прохор опасно заболел. Тело его распухло, болезнь не поддавалась никакому лечению, возможно, это была водянка. Проболел он три года, из которых полтора года пролежал в постели. Необыкновенное уважение, которое питали к молодому иноку саровские старцы и монастырская братия, еще полнее проявилось во время его болезни. Старец Иосиф, игумен Пахомий, старец Исаия находились при нем неотлучно, прочая братия возносила за него молитвы. Однажды старец Иосиф отслужил о здравии Прохора Божественную Литургию. Больной исповедовался и причастился. И вот тогда, в Неизреченном Свете, явилась болящему Матерь Божия, с апостолами Иоанном Богословом и Петром. Владычица, указывая Иоанну Богослову на послушника, сказала: «Этот — Нашего рода» и возложила правую руку на его голову, а жезлом, который держала в левой руке, Она коснулась болящего. От этого прикосновения у Прохора осталось в ноге углубление, через которое и стала вытекать накопленная жидкость, причинявшая ему мучительные страдания. Так чудесным образом быстро и поправился Прохор.
Вскоре в Сарове приступили к новым постройкам. Келию Прохора, в которой совершилось это чудесное исцеление, снесли, и на ее месте построили больницу с богадельнею, а при больнице церковь в два этажа: внизу — во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, а наверху — во имя Преображения Господня.
За сбором пожертвований на эту церковь и посылали тогда инока Прохора в мир. Обходя великое множество городов и сел Матушки-России, он сподобился побывать «И у Каспия широкого, и у царственной Невы»... Зашел он и в родной город Курск, свиделся со своим братом, вспомнил дни детства и горячо любимую мать, которая в то время уже лежала в земле; ходил он на городское кладбище и там, у могильного холмика своих родителей, простаивал подолгу в сердечной молитве. Брат Алексей уже успешно вел свое хозяйство и мог выделить от себя щедрое пожертвование на монастырский храм.
В некоторых жизнеописаниях преподобного рассказывается о внешнем его юношеском облике, когда он еще был послушником Прохором: «Росту высокого; лицо белое и полное, нос правильный и острый; светло-голубые, выразительные и проницательные глаза, густые брови; густые светло-русые волосы на голове; окладистая борода соединялась с густыми усами; он был крепок и силен, обладал увлекательною речью, необыкновенною памятью и светлым, отчетливым соображением».
13 августа 1786 года Прохора постригли в монашество и нарекли Серафимом — «Пламенным». Постригавший Прохора как будто на всю последующую жизнь хотел напечатлеть на нем тот духовный пламень, которым согревался молодой послушник. Спустя год инока Серафима рукополагают во иеродиакона, и с этого дня он в течение шести лет почти беспрерывно участвует в Богослужении. Усиленно занимался он и домашней молитвой: накануне воскресных и праздничных дней он все ночи простаивал на молитве, не чувствуя утомления и не нуждаясь в отдыхе. Благодаря таким подвигам, отец Серафим удостоился особых откровений. Временами он видел Ангелов в белых златотканых одеждах, сослужащих братии в моменты монастырских Богослужений. Особенно же знаменательного видения удостоился иеродиакон Серафим при совершении Божественной Литургии в Великий Четверг. Когда после малого входа иеродиакон Серафим возгласил: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны» и, обратись к народу, закончил: «и во веки веков», то он весь сразу преобразился, не мог сойти с места и вымолвить ни слова. Служащие поняли, что ему было видение. Иеродиаконы под руки ввели его в алтарь, где он, будто онемев, простоял три часа, то разгораясь лицом, то бледнея. Когда пришел в себя, то рассказал он своим старцам Иосифу и Пахомию сие видение.
«Только что провозгласил я, убогий, — рассказывал иеродиакон Серафим, — «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны», и наведя орарем на народ, окончил: «и во веки веков», — вдруг меня озарил луч как бы солнечного света и увидел я Господа Бога нашего Иисуса Христа, во образе Сына Человеческого, во славе сияющего Неизреченным Светом, окруженного небесными силами, ангелами, архангелами, херувимами и серафимами, как бы роем пчелиным, и от западных церковных врат грядущего в воздухе. Приблизясь в таком виде до амвона и воздвигнув пречистые Свои руки, Господь благословил служащих и предстоящих. По сем вступил во святой местный образ Свой, что по правую руку Царских врат, преобразился, окруженный ангельскими ликами, сиявшими Неизреченным Светом во всю церковь. Я же, земля и пепел, сретая тогда Господа Иисуса Христа, удостоился особенного от Него благословения. Сердце мое возрадовалось чисто, просвещенно, в сладости любви к Богу».