Новое общество они назвали «Союз русских художников». Дягилеву в нём предоставлялась довольно скромная роль «действительного члена», или что-то вроде свадебного генерала. Ситуация к тому же осложнялась тем, что среди близкого его окружения были колеблющиеся, строптивые и «неверные» соратники, тотчас давшие знать о себе. «Ещё неожиданнее было выступление Бенуа, высказавшегося также за организацию нового общества, — свидетельствовал Грабарь, присутствовавший на том февральском собрании. — Дягилев с Философовым переглянулись. Первый был чрезвычайно взволнован, второй сидел спокойно, саркастически улыбаясь. На том и порешили. Все встали. Философов громко произнёс:
— Ну и слава богу, конец, значит».
Сыгравший на руку москвичам, Бенуа дал неубедительное, кажущееся надуманным объяснение по поводу прекращения выставок журнала: «Дягилев уже с трудом продолжал тащить этот воз, сознавая, что «представленные» им публике русские художники достаточно окрепли для самостоятельной деятельности <…> Для него в деле выставок «Мир Искусства» исчезла необходимая для его жизненного вкуса «романтика риска»; <…> ему претила притупляющая тоскливость «хозяйства», арифметической отчётности и вся та игра в маленький парламент, которая свойственна всякому обществу…»
Бенуа полагал, что и для Философова, игравшего «роль ворчливого опекуна нашего журнала», эта ноша становилась всё более тяжкой. В «Мире Искусства» Философов называл себя «посредником между художниками и литераторами». Однако баланс между литературно-философскими и чисто художественными темами нередко нарушался в пользу первых, и всю ответственность за это возлагали на Философова. В начале 1902 года он жаловался Мережковским, что в «Мире Искусства» все против него. К тому времени и у четы Мережковских произошёл разлад с членами дягилевского кружка. Они отошли от журнала, но прилагали неимоверные усилия, чтобы сохранить и упрочить близость с Философовым. «И мы все уже настолько любим его, что без него нельзя нам быть», — писал Нувелю Д. С. Мережковский.
«Вот хам-то и гадина», — отзывался о нём Философов ещё в 1893 году, когда только познакомился с ним в Италии (о чём сообщал в письме к Бенуа), но позднее называл его своим наставником. Как говорится, «всё течёт, всё изменяется». А Бенуа объясняет перемены в Философове следующим образом: «Его неудержимо тянуло совершенно уйти к близким ему по темпераменту литераторам и философам религиозного уклона, для коих перебор вечных (неразрешимых) вопросов представлялся какой-то священной миссией». Не решаясь совсем покинуть «Мир Искусства», Философов «тогда раздваивался», по словам А. Белого, и в 1904 году стал по совместительству редактором журнала «Новый путь», который ещё называли «журналом Мережковских» и который был в большей мере печатным органом Религиозно-философских собраний.
С 1900 года или чуть ранее Философов оказался в центре внимания четы Мережковских. Отбить его у Дягилева стало со временем их главной задачей. Особенно в этом преуспевала поэтесса Зинаида Гиппиус, названная за свой экстравагантный облик «декадентской мадонной». О Дягилеве она позже вспоминала «с признанием всех его талантов и заслуг, <…> но — со всегдашним чувством чего-то в нём неприемлемого…». «Он нисколько не рассчитывал потерять такого верного, долголетнего своего помощника, — утверждала Гиппиус, — и не сомневался, что по уже намеченному дальнейшему пути они пойдут вместе». Маневры Мережковских, естественно, тревожили Дягилева. Валечка Нувель, на которого он возложил конфиденциальную обязанность следить за развитием событий, однажды сказал Гиппиус: «А может быть, вы не Бога ищете, а Философова, потому что у вас к нему личное влечение». Тогда же Нувель добавил: «Если бы Философов наверно узнал, что вы в него не влюблены, — он потерял бы всякий интерес и к вам, и ко всему делу».
В дружбе кузенов между тем наметилось некоторое охлаждение. Они всё чаще стали спорить, даже в присутствии друзей, чего раньше не допускалось. «В упрёках Димы слышалась горечь, в ответах Серёжи раздражение и тяготение к тому, чтобы освободиться от контроля своего склонного к педантизму и недавно ещё глубоко чтимого двоюродного брата, — вспоминал Бенуа. — Сказать, кстати, только в это время у нас у всех и даже у Серова получилось убеждение, что их дружба не лишена чувственной основы». Как бы то ни было, ссоры кузенов, очевидно, сыграли свою роковую роль и в немалой степени способствовали воплощению в жизнь плана Мережковских. В 1905 году они вместе с Философовым образовали тройственный союз — так называемое «троебратство». Тогда же в Петербурге их иронично прозвали «троицей».
Возвращаясь к коллективному разоблачению Дягилева в диктаторстве и неправомерному решению «зарубить» выставки «Мира Искусства», заметим, что наш герой, естественно, пребывал какое-то время в растерянности. «Серёжу мне жаль, но его роль сыграна, и его ждёт широкая деятельность в журнале», — сообщал Лёвушка Бакст. Судьба журнала, над которым также навис топор, Дягилеву была небезразлична. Тем более что по его прошению в июле 1902 года Николай II на три года продлил субсидию на издание журнала, правда, на этот раз она составляла не 15, а 10 тысяч рублей в год. Перед Дягилевым вновь встали «сложные вопросы». Он настойчиво искал пути обновления журнала и как один из вариантов рассматривал идею учреждения нового литературно-художественного журнала, предложив А. П. Чехову возглавить в нём литературный отдел.
Его деятельность в период с 1899 по 1903 год опровергает напрочь утверждение Бенуа, что «Дягилев был скорее чужд литературе и философии, и самого общения с литераторами он избегал». О несостоятельности этого тезиса свидетельствуют не только частично сохранившаяся переписка Дягилева с Толстым, Чеховым, Сологубом, Розановым, Брюсовым, но и личные встречи с ними, и его приглашения к сотрудничеству с журналом «Мир Искусства». Список литераторов можно продолжить именами Э. Золя, О. Уайльда, Р. М. Рильке, Ж. К. Гюисманса, А. Блока и А. Белого. И не столь важно, что некоторые контакты не принесли желаемых результатов, ведь не всё в жизни складывается так, как хотелось бы. Это не являлось проблемой для энергичного Дягилева. Возобновившаяся в 1902 году его переписка с Львом Толстым была связана с журнальной публикацией отдельных писем великого писателя, представляющих общественный и художественный интерес, но в условиях царской цензуры оказалось возможным опубликовать только одно письмо, а на другие наложили вето.
Дягилев как-то особенно ценил документы истории и с удовольствием погружался в архивные изыскания. Занимаясь проектом трёхтомного издания, посвящённого художникам XVIII столетия, он много работал в архивах разных ведомств. Завершить этот издательский проект Дягилев не смог, ограничившись одним томом о Д. Г. Левицком. Тем не менее он опубликовал некоторые неизвестные ранее материалы о художнике В. Л. Боровиковском в журнале «Русский архив», а другой своей публикацией в «Мире Искусства» открыл новое имя в истории русской живописи XVIII века — портретиста Михаила Шибанова. Затем он приступил к другому проекту, который требовал много времени, усилий и материальных затрат. Поэтому с 1904 года он оставил себе только половину журнальных номеров, посвящённых современному искусству, а вторую половину — о художественной старине — отдал А. Бенуа, назначив его соредактором «Мира Искусства». То был последний год издания журнала, уже без традиционных дягилевских выставок.
Между тем царская субсидия на журнал не покрывала расходов редакции. Чтобы выйти из трудного положения, Дягилев вновь обратился с просьбой о финансовой помощи к княгине Тенишевой. Вскоре та дала согласие, но потребовала изменить состав редакции журнала — вывести из неё «тартюфа» Бенуа и заменить его Рерихом. Любезный Дягилев обещал подумать об этом, хотя разрыв с Бенуа в настоящий момент совсем не входил в его планы. Когда же княгиня прочла объявление о подписке на «Мир Искусства» на следующий год и вновь увидела среди сотрудников журнала фамилию Бенуа, она отказалась от своего благого намерения по той причине, что её условие не соблюдалось. Бенуа откровенно недолюбливал Рериха и с иронией писал о нём Яремичу 18 ноября 1904 года: «…в недалёком будущем на обложке «Мира Искусства» будет красоваться рисунок нашего знатока старины «Старцы срутэ», а в тексте будет помещена статья «О применении лопарских орнаментов к фасадам современных построек». Склонный к преувеличениям Бенуа считал Рериха причастным к краху журнала.