Первоначально Дягилев планировал постановку двух оперных спектаклей в Париже — «Бориса Годунова» на русском языке и «Садко» по-французски. «От Вас я жду помощи, — писал он Римскому-Корсакову, — ибо считаю дело общим. Не забудьте, что великого князя Владимира я должен убедить, что наше предприятие полезно с национальной точки зрения; министра финансов, что оно выгодно с экономической стороны, и даже директора театров, что оно принесёт пользу для Императорской сцены!! И сколько ещё!!! И как это трудно!» Поскольку Римский-Корсаков не согласился на купюры в довольно длинной опере «Садко», её постановка в Парижской опере сначала была перенесена на поздний срок, а затем и вовсе отменена. Поэтому Дягилев сосредоточился на «Борисе».
Вообще-то семья Романовых намекала ему, что было бы лучше поставить оперу Чайковского. Об этом Дягилев писал в своих несостоявшихся мемуарах: «Евгений Онегин» всегда была самая популярная опера в России, и когда я впервые устраивал оперный сезон в Париже, Двор очень жалел, что я не с неё начал мои представления. Когда же императрица Александра Фёдоровна услыхала, что я ставлю «Бориса», она мне сказала: «Неужели нельзя было отыскать ничего более скучного?». Здесь же Дягилев поясняет: «дочери Николая II были названы Татьяна и Ольга», — именно поэтому императрице хотелось бы, чтобы в программу Русского сезона в первую очередь вошёл «Евгений Онегин». Тем не менее эта опера Чайковского в антрепризе Дягилева никогда не ставилась.
«Борис» был действительно первой оперой, вошедшей в иностранный репертуар и перевернувшей взгляд иностранцев на русскую музыку. Парижане сами это понимали — один из двух директоров Grand Opéra Бруссан приезжал по этому поводу в Петербург, я устроил ему приём у Государя [Николая II], — продолжал Дягилев. — Бедный Бруссан, бывший баритон из их оперы в Лионе, буквально трясся в лихорадке, когда ехал в Царское Село, а тут ещё ему не повезло — когда его ввели в кабинет Государя, Его Величество стоял задумавшись спиной к нему и смотрел в сад. Бруссан чуть не упал в обморок, не зная что ему делать в эти, как ему показалось, бесконечные минуты ожидания. Обернувшись и увидев Бруссана, Государь вздрогнул, чем ещё более его испугал, однако, поняв, кто это, сказал, что рад тому, что Grand Opéra решила обратить внимание на русские произведения и что со своей стороны [он] указывает на оперы Чайковского.
После этого было сделано с Grand Opéra соглашение, по которому дирекция предоставляла безвозмездно зал и оркестр в наше распоряжение на шесть представлений «Бориса», с тем чтобы после этих спектаклей вся обстановка, декорации и костюмы поступили в собственность Grand Opéra, дабы дать возможность ввести «Бориса» в постоянный репертуар на французском языке, — констатировал Дягилев. — Идея эта в дальнейшем не была выполнена, так как дирекция театра продала всю постановку в Metropolitan Ореrа в Нью-Йорке, где эта опера и была поставлена».
Первым делом Дягилев убедил своего главного покровителя, великого князя Владимира Александровича, в том, что необходимо сделать парижскую премьеру «Бориса Годунова» «наивозможно богаче» — преподнести её во всём великолепии оперного спектакля, в самой совершенной сценической форме. Тщательно обдумывая детали столь желанного для него театрального проекта, он пребывал в несомненном творческом озарении вопреки всем препятствиям, как прошлым, так и настоящим. Бенуа справедливо утверждал: «И на сей раз им овладел тот поглощающий, близкий к мономании энтузиазм, который овладевал им каждый раз, когда перед ним вырастала какая-либо новая задача, причём его не только не отпугивали трудности её решения, а напротив, они больше всего его манили и прельщали».
Для сбора древнерусских костюмов и предметов быта с целью использовать этот материал в сценографии будущей постановки он снарядил Ивана Билибина в этнографическую экспедицию в Архангельскую и Вологодскую губернии. Из экспедиции была привезена масса превосходных вещей — старинные тканые сарафаны, вышивки, головные уборы и прочие предметы, хранившиеся у баб. «Вещи эти были настолько ценны и красивы, что я устроил по желанию великого князя Владимира Александровича из них выставку в Императорском Эрмитаже, — сообщал Дягилев. — Известная фирма [братьев] Сапожниковых в Москве ткала для нас особую парчу по указаниям Головина, словом — не было границ заботам и фантазии, которыми окружали эту постановку».
В январе 1908 года Дягилев вынес на суд великого князя Владимира Александровича эскизы декораций. Основную часть эскизов выполнил Головин, который неоднократно по требованию заказчика их переделывал. «Так, для одной сцены коронования он представил мне последовательно четыре эскиза», — вспоминал Дягилев. Западник Бенуа, недостаточно компетентный в древнерусском искусстве, взялся за декорации и костюмы польского акта. «Великий князь и княгиня Мария Павловна смотрели их эскизы, — записал в дневнике Теляковский (со слов Головина), — причём великий князь сказал: «Вы, пожалуйста, мне не разводите декадентщины, в Париже её не любят». Немного позже, когда было принято окончательное решение о включении в постановку сцены под Кромами, Дягилев заказал для неё эскизы декораций москвичу К. Юону. Костюмами занимался в основном Билибин, а реквизит — царские регалии, троны, иконы, хоругви, интерьерная обстановка — изготовлялся по рисункам Д. Стеллецкого, другого знатока русской старины.
По поводу перестановки некоторых оперных сцен «Бориса» Дягилев советовался с историком Н. П. Кондаковым, который, кстати, разыскал в Новгороде лампаду XV века, послужившую моделью для келейной лампады, при зыбком свете которой Пимен писал своё «последнее сказанье». Для парижской премьеры Дягилев заключил договоры с дирижёром Ф. Блуменфельдом, режиссёром А. Саниным, оперными солистами и хормейстером У. Авранеком, возглавлявшим московский хор Большого театра.
Тем временем Дягилев вместе с Нувелем занялся изучением авторского клавира и рукописной партитуры «Бориса Годунова», сравнивая их с изданной редакцией Римского-Корсакова. «Старая партитура Мусоргского оттого у меня, что всякий вопрос, которым я занят, я изучаю до конца. «Всякую чашу пью до дна», — объяснял он Римскому-Корсакову, отнюдь не пренебрегая его советами, но одновременно выстраивая свою концепцию спектакля. И надо сказать, что уже тогда Дягилев проявил себя как опытный музыкальный редактор.
Подчёркивая своё благоговейное отношение к партитуре «Бориса», он утверждал: «…во мне говорит практик, и не «театральный чиновник», а наоборот, так сказать, практический идеалист, не в пошлом, а в действительном значении этого слова. Я слишком ясно схватываю результаты, вижу заранее ошибки и боюсь их, опять-таки не из пугливости, а из-за страха погубить великое дело каким-нибудь неловким или недостаточно обдуманным действием». Одобрил ли Римский-Корсаков «редакцию» Дягилева, внёсшего несколько существенных изменений в музыкальный материал «Бориса»? Достоверных сведений на этот счёт нет.
Римский-Корсаков тем не менее в полной мере содействовал пожеланиям Дягилева — сочинил дополнение и оркестровал знаменитую ныне вставку с курантами, которой не было в прежних версиях, исполнявшихся на сценах Мариинского и Большого театров. «Я упросил Корсакова пересмотреть сцену коронования, которая мне казалась чуть короткой, и пополнить и увеличить некоторые места в перезвонах. Он сделал эту работу с увлечением», — вспоминал Дягилев. Для этого ему пришлось объяснять композитору: «…сцену венчания на царство надо поставить так, чтобы французы рехнулись от её величия, значит, кроме декораций, надо установить на сцене не меньше 300 человек».
Внимание Дягилева привлекали наиболее эффектные и драматургически важные моменты спектакля. Он усилил главное сопоставление исторической драмы — царь Борис и народ. Ввёл сцену под Кромами, которая опускалась в петербургской постановке. «Возвращаясь к первому представлению «Бориса», скажу, что сцена Юродивого, которую я поставил в снежных сугробах, провоз Самозванца, стоявшего в санях, превосходные хоровые массы с вилами в руках — всё это производило наилучшее впечатление», — утверждал Дягилев.