На одном из заседаний, посвящённых балетному репертуару Русского сезона, было принято решение о «Павильоне Армиды» и «Шопениане», другом фокинском балете, тут же переименованном Дягилевым в «Сильфиды». Исполняемая в Мариинском театре оркестровка фортепианных пьес Шопена его не устраивала, он решил заказать новое переложение для оркестра кому-нибудь из «хороших» композиторов, выбрав Лядова, Глазунова и А. Танеева.
Наиболее кардинальные изменения, особенно с музыкальной стороны, претерпел третий балет — «Египетские ночи» А. Аренского, также с хореографией Фокина. Дягилев точно подметил, что и музыка этого балета, и его название — отечественные критики постоянно ссылались на неоконченные «Египетские ночи» Пушкина, не подозревая о лежащей в основе балетного либретто новелле Т. Готье «Ночь Клеопатры», — для Парижа не годятся. По его инициативе балет стал называться просто «Клеопатрой». Далее он ещё раз выступил в роли музыкального редактора и сам составил музыку для этого балета. Получилась, по словам Бенуа, «очень изысканная антология русской музыки» из сочинений Глинки, Римского-Корсакова, Мусоргского, Глазунова, С. Танеева и Черепнина, а от «Египетских ночей» Аренского осталось «весьма мало». Подобные музыкальные смеси в то время никого не удивляли, поэтому все единодушно пришли к мнению, что для балета «Клеопатра» это «единственно возможная музыка».
Благополучный финал «Египетских ночей», данный в постановке Мариинского театра, не соответствовал ни древней легенде, ни литературному источнику. «И финал балета крайне банален, — заявил Дягилев своему комитету. — Его требуется изменить. Пусть юноша, отравленный Клеопатрой, не приходит в себя, а умирает, и в последней сцене его невеста должна рыдать над бездыханным телом. А так как у нас нет музыки для столь драматического финала, я попрошу нашего дорогого Николая Николаевича её сочинить».
«Черепнин был ошарашен, — вспоминал Сергей Григорьев. — От неожиданности он лишился дара речи. Мы все молчали. Наконец заговорил Фокин.
— Но при таких переменах, — произнёс он, — это будет совершенно другой балет!
— Не важно, — ответил Дягилев. — Сама идея вам нравится?
Мы все сказали «да». И он продолжал, обратившись к Баксту: «А вам, Лёвушка, надо будет написать чудные декорации».
Когда пришло время подумать о танцовщиках, Дягилеву хотелось показать в Париже Павлову, Кшесинскую, Нижинского и удостоенного высшего звания «солиста Его Величества» Павла Гердта. Как ни странно, Кшесинская, не воспринимавшая новых идей Фокина и не участвовавшая в его спектаклях на сцене Мариинского театра, дала согласие Дягилеву. Фокин выступил против этого, но, в конце концов, был вынужден согласиться на её выступление в «Павильоне Армиды». Однако Дягилев здесь просчитался, и эта ошибка вскоре дорого ему обошлась.
Отдельным вопросом обсуждалось участие в Русском сезоне Иды Рубинштейн, частной ученицы Фокина, который и предложил её на роль Клеопатры. Здесь бурно и громогласно протестовал генерал Безобразов. Он не допускал и мысли об участии в балетном спектакле непрофессионалов. Но по замыслу хореографа роль роковой египетской царицы была не балетной, а скорее пантомимной — в ней, по словам Фокина, «много страсти, разных нюансов любовного чувства и совершенно нет танцев». Согласившись с кандидатурой на роль Клеопатры, Дягилев не ошибся: Париж был заворожён этой артисткой. Всем, кроме балетного генерала, казалось, что Рубинштейн рождена для этой роли. «В ней есть что-то таинственное до холода, до озноба, — заметил Бенуа. — И что-то слишком пряное, слишком изысканное, слишком, я бы сказал, упадочное. Это настоящий Бёрдслей на сцене».
В конце января 1909 года на одном из симфонических концертов А. Зилота в зале Дворянского собрания Дягилев был потрясён впервые исполняемым сочинением — «Фантастическим скерцо» Игоря Стравинского. Он сразу же познакомился с молодым композитором, который был сыном известного артиста Мариинского театра Фёдора Стравинского, а также преданным учеником скончавшегося полгода назад Римского-Корсакова. Дягилев с ходу предложил ему сотрудничество. Для начала он попросил его сделать оркестровку двух фортепианных пьес Шопена — ноктюрна и вальса для парижской премьеры балета «Сильфиды».
Дягилев надеялся, что декорации и костюмы для всех оперных и балетных спектаклей Русского сезона, за исключением «Египетских ночей» («Клеопатры»), он получит напрокат в Императорских театрах. Из опер он планировал целиком показать «Руслана и Людмилу» Глинки, «Юдифь» А. Серова, «Князя Игоря» Бородина, «Псковитянку» Римского-Корсакова (переименованную по этому случаю в «Ивана Грозного») и, закрепив успех, повторить «Бориса Годунова». Однако его планы подверглись серьёзной корректировке. Первой неожиданностью был решительный отказ Теляковского предоставить во временное пользование театральный реквизит, кроме костюмов и декораций оперы «Псковитянка». Это обстоятельство существенно меняло ход дела, но неудачи пока что равномерно чередовались с удачами.
Вскоре Дягилеву выдали из казны часть субсидии, предназначенной для постановки спектаклей в Париже. Об этом, разумеется, знал Теляковский, пристально следивший за своим соперником. 26 января он зафиксировал в своём дневнике: «Дягилев получил у царя 25 000 рублей». В дальнейшем вся эта сумма будет потрачена на новые театральные костюмы и декорации.
Спустя неделю произошло довольно печальное событие, основательно пошатнувшее предприятие Дягилева. 4 февраля внезапно скончался великий князь Владимир Александрович, возглавлявший комитет покровителей Русских сезонов в Париже. «На первую вечернюю панихиду по великому князю я приехал во дворец раньше всех и забрался в комнату, где на носилках лежал Владимир Александрович, — вспоминал Дягилев. — Я плакал, и вдруг рядом со мной я увидел мужскую фигуру. Это был Государь. Он вошёл, перекрестился, посмотрел на меня и, как бы отвечая на что-то, сказал мне: «Да, он вас очень любил». Это доверие великого князя ко мне дало возможность начать в Европе всё дело русской оперы и балета».
Преждевременная кончина главного покровителя принесла Дягилеву много неприятностей. Стало ясно, что надеяться на царскую милость и дальнейшую финансовую помощь — всё равно, что ждать у моря погоды. К тому же начались придворные интриги, в которых наиболее активно проявил себя младший сын покойного — великий князь Андрей Владимирович, за которым стояла Матильда Кшесинская, вскоре отказавшаяся участвовать в Русском сезоне. Всё объяснялось довольно просто. «Мне же Дягилев предлагал танцевать незначительную роль в балете «Павильон Армиды», — вспоминала Кшесинская, — где я не могла проявить свои дарования и обеспечить себе успех перед парижской публикой. Несмотря на наши горячие споры по этому поводу, Дягилев не хотел мне уступить. В таких невыгодных для меня условиях я не могла принять его предложение выступить у него в Париже и отказалась от всякого участия в его Сезоне».
Вслед за Кшесинской Дягилев получил отказ и от её партнёра по сцене П. Гердта. Но ничто не могло остановить его, даже всё шире расползающиеся слухи, что Русского сезона в Париже вообще не будет. Съездив в Москву, он подписал контракты с лучшими танцовщиками Большого театра, в частности с Верой Каралли, Софьей и Ольгой Фёдоровыми, любимцем московской публики Михаилом Мордкиным, а также оперными артистами.
Положение дел менялось стремительно, просто на глазах. В середине марта Николай II позволил великому князю Борису Владимировичу — как бы по «наследству» — взять под своё покровительство «дело постановки в текущем году оперных и балетных спектаклей в Париже». Одновременно он согласился на «допущение <…> бесплатного пользования некоторым имуществом Императорских театров». Тем временем балетная труппа, собранная Дягилевым и его соратниками, приступила к репетициям в Эрмитажном театре, перед началом которых организатор Русского сезона выступил с краткой речью:
— Мне приятно познакомиться с вами. Надеюсь, что мы будем работать в согласии. Я счастлив, что Париж впервые увидит русский балет. На мой взгляд, балет — прекраснейшее искусство, которое нигде более в Европе не существует. От вас зависит, обретёт ли он успех, и я уверен, что вы этого добьётесь.