Новые детали о совместной работе режиссёра и композитора над звуковой дорожкой «Александра Невского» находим в статье Эйзенштейна «Вертикальный монтаж» (1940): «Есть сцены, где изображение смонтировано по заранее записанной музыкальной фонограмме. Есть сцены, где музыка написана целиком по совершенно законченному зрительному монтажу. Есть сцены любых промежуточных случаев. Есть, наконец, и почти анекдотические случаи, как, например, сцена со «свиристелками» — дудками и бубнами русских войск: я никак не мог детально объяснить С. С. Прокофьеву, чего именно в звуках я желал бы «видеть» в этой области. Тогда, озлясь, я заказал соответствующий бутафорский (беззвучный) набор инструментов, заставил актёров зрительно разыграть на них то, что мне хотелось: заснял это, показал Прокофьеву и… почти мгновенно получил от него точный «музыкальный эквивалент» тому зрительному образу дудочников, которых я ему показал.
Так было и со звуками рыцарских рогов. Совершенно так же в ряде случаев готовые куски музыки иногда толкали на пластически образные разрешения, ни им, ни мною заранее не предусмотренные. Многие из них настолько совпали по объединяющему их «внутреннему звучанию», что кажутся сейчас наиболее «заранее предусмотренными» (например, сцена прощания и объятий Васьки и Гаврилы Олексича, совершенно неожиданно положенная на музыку сложной темы скачущих рыцарей и т. д.).
Всё это приводится здесь для того, чтобы подтвердить тот факт, что излагаемая «методика» проверена на фильме «вдоль и поперёк», то есть через все возможности и оттенки».
Режиссёр также брал композитора на съёмки. 13 июля, удалившись в середине работы над «Невским» в горы Северного Кавказа, где он рассчитывал целиком сосредоточиться на музыке, Прокофьев поделился впечатлениями от увиденного с Верой Алперс: «Половину фильма занимает Ледовое побоище, которое снимается летом, делая ледовое поле из крашенного в белое асфальта, стекла и белого песку (снежок); выходит здорово, я был несколько раз на съёмках, только лошади плохо себя ведут и приходится постоянно чистить «лёд».
Именно совместное с Сергеем Прокофьевым экспериментирование по синхронизации музыкального и экранного развития привело Эйзенштейна к концепции «вертикального монтажа». Режиссёр определял его как «звукозрительную партитуру», в которой связь между «зрительными» и «звуковыми» линиями аналогична вертикальной «музыкальной взаимосвязи элементов оркестра между собой в каждую данную единицу времени», и таким образом представляет собой кинематографический аналог «оркестровой партитуры», а в чисто практическом плане — ситуацию, когда «у музыкальной партитуры как бы прибавляется ещё одна строка. Это строка последовательно переходящих друг в друга зрительных кадров, которые пластически по-своему соответствуют движению музыки и наоборот». Таким образом «Александр Невский» приобретал черты оперно-ораториального представления — черты, которые в ещё большей степени будут присущи другой совместной киноработе Прокофьева и Эйзенштейна — первой и второй сериям фильма «Иван Грозный».
О том, насколько композитор ценил свою первую работу с Эйзенштейном, свидетельствует и то, что не Павел Ламм, а сам Прокофьев перебелил всю партитуру предназначавшейся для фильма музыки. В письмах же к Алперс он называл Эйзенштейна «безусловно нашим лучшим режиссёром» и прибавлял к этому: «…Эйзенштейн великолепен и работать с ним одно удовольствие». Прокофьев и Эйзенштейн едва успели записать черновой вариант звуковой дорожки к «Невскому», как не доведённый до конца фильм был — втайне от Эйзенштейна — показан Сталину. О «неудаче» Эйзенштейна с «Бежиным лугом» было широко известно; второй «ошибки» никто из руководителей советской киноиндустрии допустить не смел. Сталин, как известно, страдал бессонницей и не спал до раннего утра. Эйзенштейн, преспокойно уснувший в монтажной, и знать не знал, что в это самое время диктатор смотрит черновой вариант его фильма. «Александр Невский» Сталину понравился — это было как раз то, чего он желал. Эйзенштейн потом неоднократно просил дать ему возможность доредактировать фильм, включить в него ту часть, что, недомонтированная, лежала на его рабочем столе, когда весь остальной фильм был увезён на просмотр, перезаписать звуковую дорожку, наконец, но второй раз беспокоить Сталина по поводу одобрения нового варианта «Невского» никто не решался. Фильм так и вышел на экраны: с как бы дефективной звуковой дорожкой; именно в таком виде он шёл во Франции, в США и даже в нацистской Германии (где Геббельс, как мы знаем, внимательно следил за творчеством Эйзенштейна). Именно за эту, предокончательную, редакцию фильма Эйзенштейн и исполнитель роли Александра Невского Николай Черкасов были награждены в феврале 1939 года орденами Ленина. А режиссёр был ещё и назначен художественным руководителем киностудии «Мосфильм». Композитор, в конце концов, нашёл выход из положения — он переделал некачественно записанную музыку в кантату. Музыка к «Александру Невскому» сделала имя Прокофьева известным большинству жителей Советского Союза. О такой всенародной славе могли только мечтать и замкнувшийся в неоклассицизме старший коллега Игорь Стравинский, и даже успешно работавший на Бродвее и в Голливуде и потому известный миллионам американцев как «Вернон Дюк» Владимир Дукельский.
Но неожиданно, уже после премьеры кантаты — 17 мая 1939 года, под управлением автора — возникли новые, прямо скажем, геополитические затруднения, которые могли легко похоронить и эту партитуру. Между СССР и германским рейхом был заключён Пакт о ненападении, вся антинемецкая пропаганда прекращена, «Александр Невский» снят с экранов, а 1 сентября 1939 года Германия напала на Польшу, что привело к давно ожидаемой большой европейской войне. Франция и Англия объявили Германию своим врагом, но никаких решительных действий не предпринимали. Польша пала. СССР, с согласия Германии и — косвенно — правительства самой Польши, приказавшего не стрелять по частям Красной армии и открывать огонь только в случае самообороны (приказ этот часто игнорируется современными историками), ввёл войска на её восточные территории. Польские войска предпочитали сдаваться Красной армии и отчаянно дрались с немцами. Разумеется, никто исполнять кантаты в такой ситуации не решался. Прокофьев побывал у главного музыкального цензора страны («главреперткома») Бурмистренко, вместе с бывшим секретарём АСМа, посвящённым в тонкости не только музыки, но и внешней политики СССР, а главное, этническим немцем композитором Львом Книппером. После беседы втроём с глазу на глаз Бурмистренко разрешил исполнение, и 29 октября 1939 года Прокофьев обратился к руководству Союза композиторов со следующим письмом:
«Главрепертком т. Бурмистренко, ознакомившись с кантатой «Александр Невский», разрешил её к исполнению, и она пойдёт в Московской Филармонии 20 ноября с. г. (С т. Бурмистренко беседовали Книппер и я.)