Лина же свидетельствовала, что крайне дерзкая мысль об опере по роману Толстого (кто выдюжит — тому не будет равных среди русских композиторов) у Прокофьева «появилась очень давно, ещё когда за границей он перечитывал его на английском языке (Сергей Сергеевич считал, что лучший способ совершенствоваться в иностранном языке — это читать хорошо знакомую книгу в переводе). Когда же в 1935 году Сергей Сергеевич, давая концерт в Челябинске, случайно встретился с певицей Верой Духовской и попросил её дать ему что-нибудь почитать, она предложила «Войну и мир» Толстого. И тогда он ей сказал, что давно мечтает написать оперу на этот сюжет, но откладывает, сознавая, что такая тема потребует очень большой и длительной работы».
В апреле 1941 года, едва соединившись со своей возлюбленной, Прокофьев приступил, наконец, к замыслу всей своей жизни и, по свидетельству Миры, «записал намеченный нами первый краткий план либретто оперы. Первоначальный план был намечен. А задача порой всё же казалась невыполнимой. Но как только началась Великая Отечественная война, горячее желание работать над оперой «Война и мир» взяло верх над колебаниями. Большую роль тогда сыграла поддержка Комитета по делам искусств. В июле мы составили подробный план либретто, а 15 августа Сергей Сергеевич начал писать оперу», первый вариант которой — в одиннадцати картинах — был завершён, несмотря на войну и эвакуацию из Москвы, уже к маю 1942 года. Вот первоначальный план либретто, помеченный 13 апреля 1941 года:
«Война и мир
1. Ростов с визитом у старика Болконского.
2. Встреча Наташи с Анатолем у Элен. Элен и Наташа. Граф: едем. Наташа. Элен уводит графа, Анатоль. Поцелуй. Наташа одна. Старый граф.
3. Анатоль и Долохов перед похищением.
4. Неудачное похищение. Отчаяние Наташи. Пьер.
5. Пьер трясёт Анатоля.
6. Вильна. Балашев сообщает Александру об объявлении войны.
7. Балашев у Напол<еона>.
8. Перед сражением (Бородиным). Кутузов — Андрей. Пьер — Андрей.
9. Москва. Сцена казни. Пьер в плену.
10. Наташа у раненого Андрея.
11. Отступление французов. Освобождение Пьера. Андрей о дубе, о мести Анатолию [sic! — И. В.].
С самой 1-й картины отдельные фразы о Наполеоне и отношении к нему».
А вот последовательность картин в окончательном варианте первой редакции оперы, завершённом в клавире весной 1942 года:
1. Сад и дом в имении Ростовых (т. н. «Отрадное»). (Начата 15 августа 1941 в Нальчике, окончена 19 августа 1941 там же);
2. В особняке старого князя Болконского. (Окончена 5 сентября 1941 в Нальчике; инструментовка завершена в Алма-Ате 19 июня 1942);
3. В гостиной у Элен Безуховой. (Окончена 13 сентября 1941);
4. В кабинете у Долохова. (Начата 17 сентября, окончена 2 октября 1941 в Нальчике; инструментовка окончена 9 июня 1942 в Красноводске);
5. Комната в особняке Марии Дмитриевны Ахросимовой. (Окончена 29 октября 1941 в Нальчике);
6. Кабинет Пьера Безухова (т. н. «Сцена Пьера и Анатоля»), (Начата 31 октября, окончена 12 ноября 1941 в Нальчике);
7. Перед Бородинским сражением. (Начата 17 ноября 1941, окончена 12 января 1942 в Тбилиси, инструментовка окончена 31 августа 1942 в Алма-Ате);
8. В ставке Наполеона (на Шевардинском редуте). (Начата 15 января, окончена 13 апреля 1942 — дата завершения первой редакции оперы);
9. Улица Москвы, захваченной французами (позднее: «Горящая Москва, захваченная неприятелем»), (Начата 15 января, окончена 21 февраля 1942 в Тбилиси; оркестровка окончена 3 апреля 1943);
10. Тёмная изба в Мытищах (впоследствии: «В избе в Мытищах (смерть князя Андрея)»). (Начата 21 марта, окончена 28 марта 1942 в Тбилиси; оркестровка окончена 3 июня 1942 в Баку);
11. Смоленская дорога (окончательное название: «Смоленская дорога (отступление французской армии и торжество победы русского народа)»). (Окончена 20 марта 1942 в Тбилиси; оркестровка завершена 3 апреля 1943);
Увертюра написана 18 и 19 марта 1942 года.
К оркестровке Прокофьев приступил 3 марта 1942 года, а к апрелю 1943-го партитура всего произведения была уже готова. Из первоначального плана выпали сцена в Вильно и визит Балашева к Наполеону, зато появились огромной лирической силы сцена в Отрадном (вступительный монолог князя Андрея первоначально относился к сцене визита Ростовых в особняк к старому Болконскому) да ещё важнейшая в конструкции оперы сцена в ставке Наполеона в Шевардинском редуте. И в первоначальном варианте сценария, и в уже написанной опере присутствовала сцена казни — показательный расстрел поджигателей — отголосок ужаса, пережитого композитором и всей страной в 1937–1940 годах. По составу первой редакции видно, что выборка сцен проецировалась на возможное развитие событий: в том числе и на казавшуюся вполне вероятной сдачу Москвы немцам. Ведь за год до того пал столь любимый Прокофьевым Париж.
Впоследствии, помимо нескольких музыкальных фрагментов, вписанных в завершённые картины по ходу подготовки их к исполнению (с целью усиления собственно оперного развития), Прокофьев, по инициативе готовившего оперу к премьере дирижёра Самосуда и по совету Эйзенштейна, взявшегося разработать режиссуру и которому опера в редакции 1941–1942 годов понравилась чрезвычайно, дописал сцену бала у екатерининского вельможи (вторая картина в новой редакции, сочинена в 1946–1947 годах), а через некоторое время, по упорному настоянию Самосуда, ещё и сцену военного совета русского генералитета в Филях, шедшую теперь после сцены «В ставке Наполеона» (сочинена сцена военного совета была в 1946 году, но перерабатывалась и дополнялась вплоть до 1952-го). Был приписан к опере и патриотический оркестрово-хоровой эпиграф «Силы двунадеся-ти языков…» (датируемый 7 декабря 1946 года). Ныне опера исполняется с учётом всех, внесённых в неё дополнений и поправок, в тринадцати картинах, музыка которых длится четыре часа, а с учётом перерывов превращается в трудноподъёмное для зрителей и слушателей за один вечер действо и потому часто даётся в два спектакля. Впрочем, встающие за пульт дирижёры предпочитают давать всю «Войну и мир» за один вечер. По масштабности и длительности собственного сочинения Прокофьев превзошёл даже склонного к гигантомании Вагнера.
То, с какой лёгкостью грандиозная опера писалась, какой мощный порыв был заложен в музыку, объяснялось тем, что музыкальный материал части увертюры и всей первой картины был готов ещё летом 1936 года: он представлял собой начальные, посвящённые семье Лариных номера из музыки к инсценировке «Евгения Онегина» — «материал Ленского и Татьяны», как его характеризует Анатолий Волков, тщательно исследовавший музыкальные источники «Войны и мира». Вальс в сцене объяснения Анатоля и Наташи тоже позаимствован из музыки к «Евгению Онегину», другой вальс — музыка Элен — попросту перенесён из начатой ещё до войны музыки к фильму Гендельштейна «Лермонтов» (1941). Целый ряд тем и музыкальных кусков был набросан, по свидетельству Волкова, изучавшего записные книжки Прокофьева, ещё в 1933–1940 годах. А содержание большинства картин было настолько глубоко пережито Прокофьевым в 1939–1941 годах, что потребовалось бы специальное усилие для того, чтобы не прочитывать в них автобиографических подтекстов. Впрочем, ведь и сам Толстой вложил в роман-эпопею слишком много личного, открыто вывел свои внутренние поиски сразу в нескольких героях — мужчинах и женщинах — благодаря чему произведение и обладает такой универсальной, преодолевающей границы исторического и индивидуального (социального, гендерного) опыта силой. Прокофьев тоже вложил в первую редакцию своей «Войны и мира» опыт всех своих эстетических, эмоциональных, религиозных и политических поисков 1910—1930-х годов, благодаря чему произведение сразу стало превращаться в энциклопедию образов и тем, занимавших не только одного Прокофьева, но и всю передовую русскую культуру его времени, в сверхоперу, в некий абсолютный культурно-музыкально-идеологический текст, донести который в его полноте до слушателей стало для Прокофьева не менее важным, чем для Скрябина осуществить не в голове, а на практике свою музыкально-космическую «Мистерию». Музыкальный мир, Россия не могли после того оставаться прежними. В некотором смысле Прокофьев думал о «Войне и мире» так же, как он думал о «Семеро их». Его сочинение должно была спасти Россию и весь мир от соблазнов множественности истины, непрямого взгляда на вещи, морального релятивизма, допускающего во имя «свободы, равенства, братства» любое насилие, любой произвол (оправданный формальным правом). Истина проста и едина для многих; основание жизни всюду примерно одно и то же — Прокофьев достаточно настранствовался по свету, чтобы понимать это; и основание, почва эта — мир прямых и открытых чувств, родовых связей, знания, знающего свои пределы и не задающего лишних вопросов, и мудрости, передаваемой от поколения к поколению, — не подлежит уничтожению. Напротив, те, у кого под ногами нет такой почвы, способны на всё.