Известно, что Щербачёв в работе над «Петром I» изучал торжественные канты, фольклор казаков-староверов, русские и шведские военные сигналы и бытовую — в основном, иноземную — музыку петровского времени (с особым упором на популярные сочинения Фишера и Телемана), а также допетровские духовные песнопения (знаменный распев), что придаёт чрезвычайной достоверности его собственной партитуре. Прокофьев же уже в «Александре Невском» отказался от любого воссоздания музыкального языка исторической эпохи. Щербачёв поступает как композитор-исследователь, Прокофьев — как изобретатель. И всё-таки ряд сюжетных, актёрских, визуальных, звуковых и даже идеологических решений в «Иване Грозном» Эйзенштейна — Прокофьева восходит к более ранней работе Петрова — ГЦербачё-ва. Правда, в интерпретации Эйзенштейна заимствования из «Петра I» снова расцвечены на фрейдистский манер. Так, экономически и географически мотивированные требования выхода к морю и возвращения русским «древних балтийских вотчин», озвучиваемые Петром на фоне стилизованной под ранний, телемановский классицизм музыки Щербачёва, превращаются у эйзенштейновского Ивана Грозного — в одном из начальных эпизодов его фильма, идущем под песню Прокофьева «Океан-море синее», — во вновь и вновь переживаемую травму рождения, выхода вместе с родильными водами из материнской утробы в океан ничем не стесняемой взрослой жизни. А когда Иван говорит о приморских городах, «нашими дедами строенных», то неясно, имеет ли он в виду славян (что сомнительно), или — как Рюрикович — своих предков-варягов (что более вероятно), или же сам кинорежиссёр вспоминает отца, рижского архитектора (на момент съёмок первой серии «Ивана Грозного» Рига находилась в руках немцев). Другой пример — Николай Черкасов, исполнитель главной роли в «Александре Невском», играет в «Петре I» долговязого и длинноволосого, нескладного царевича Алексея, мечущегося между религиозным фанатизмом и ненавистью к отцу. Эйзенштейн превращает этот образ в долговязого, костлявого, длинноволосого, облачённого в псевдомонашеское одеяние Ивана (исполняемого Черкасовым же), мечущегося между покаянием перед Богом-отцом (съёмки фильма начались с финальной сцены третьей серии: Иван перед фреской Страшного суда со всевидящим оком — сцены, впоследствии смытой в начале 1950-х годов) — и преступлением сакральных запретов. Как в «Петре I», так и в «Иване Грозном» Черкасов часто снят на фоне пустых затемнённых объёмов, причём фрейдистский момент усилен у Эйзенштейна полукружиями, арками и т. п., с навязчивостью напоминающими о материнской утробе. Утрированное мелодекламирование погружающегося в пучину паранойи Черкасова-Ивана под совершенно иную по духу музыку Прокофьева, вероятно, восходит к мелодекламации Черкасова-Алексея на фоне написанного Щербачёвым плывущего «малинового звона» колоколов в «Петре I». Михаил Жаров, исполняющий в фильме Петрова роль хитрого и пронырливого Меншикова, согласного ради карьеры на любое унижение, которому Алексей в одном из эпизодов бросает в глаза: «Пёс!» — исполняет в фильме Эйзенштейна «пса»-Малюту… Чему удивляться! В 1941 году «Пётр I» получил, наконец, Сталинскую премию первой степени, то есть был утверждён вождём советского народа в качестве образца исторического кино.
Наконец, в музыку фильма Прокофьевым были взяты куски музыки, написанной ещё в 1936 году для так и не увидевшей сцены мейерхольдовской постановки «Бориса Годунова»: тема отравленной заговорщиками (в фильме) царицы Анастасии восходила к теме безвинно страдающей и впоследствии умерщвляемой — в драме Пушкина, не в реальности, — царевны Ксении Годуновой, «Полонез» перекочевал в сцену перехода Курбского на службу к польскому королю.
Однако, независимо от первоначального «ревизионистского» замысла, вопреки многочисленным отсылкам к признанному политически образцовым «Петру I», сильное мифогенное начало в музыке и в визуальном ряде выводило, незаметно для создателей, первоначальный замысел «Ивана Грозного» из-под контроля.
Хотя Эйзенштейну было предложено создать эпос о царе-революционере, ведущем за собой, говоря языком Сталина, «прогрессивное войско опричников» — на борьбу со старой, традиционной Русью, в результате получилось повествование о деспоте-ниспровергателе, оказавшемся пленником собственного, тут же, на его глазах, воплощаемого замысла. Разве всякий художник не чувствует себя абсолютным властелином по отношению к собственному материалу? Разве, воплощая в материале свой замысел, он не оказывается — чем дальше, тем больше — пленником удачного воплощения, не ассоциируется впредь только с ним? Эйзенштейн снимал не столько фильм о предтече Сталина, не жалеющем никого и ничего «ради Русского царства великого», сколько о себе самом: революционере от кино, железной волей диктующем молодому искусству собственные законы — тот же «вертикальный монтаж» — и оказывающемуся их же пленником, вплоть до вытеснения потаённейших, интимнейших переживаний на мерцающий экран. А воплощённый революционный замысел оборачивается только разгулом кромешных сил, олицетворяемых опричниками, только сполохами алого адского пламени (единственный эпизод, снятый в цвете) на стенах Ивановых палат. Впору покаяться и ужаснуться. Мысли о том, как фильм следует снимать, возникли у Эйзенштейна именно с эпизода покаяния Ивана у фрески Страшного суда, который намечался, как мы уже говорили, для третьей, заключительной серии.
Помимо работы над музыкой к «Ивану Грозному» Прокофьев сразу по прибытии в Алма-Ату составил — по первоначальному проекту режиссёра Альберта Гендельштейна — окончательный план музыкального оформления фильма «Лермонтов». Работа над музыкой к «Лермонтову» была начата ещё в мае 1941 года. А 23 мая 1942-го Прокофьев сам отпечатал на пишущей машинке детальнейшие пожелания и метраж двадцати эпизодов фильма, к которым требовалось музыкальное оформление. В июле он сочинял недостающие куски и даже включил в «Лермонтова» полонез, впоследствии использованный в «Иване Грозном». Прокофьевым, впрочем, было сочинено только несколько номеров: остальную музыку дописал ученик Щербачёва Венедикт Пушков (автор советского хита 1930-х «Лейся, песня»).
Одновременно с завершением этого довоенного проекта Прокофьев написал музыку к трём военным кинокартинам мобилизационного характера: к «Тоне» Абрама Роома (к его довоенному «Строгому юноше», снятому по сценарию Юрия Олеши, музыку написал Гавриил Попов) — фильм этот на экраны не вышел; к «Партизанам в степях Украины» Игоря Савченко (по пьесе Александра Корнейчука) и к «Котовскому» Александра Файнциммера, с которым Прокофьев уже сотрудничал, создав в 1933 году музыку к его «Поручику Киже». Наиболее известен из трёх фильмов 1942 года именно «Котовский» — история о бессарабском Робин Гуде, в годы первой немецкой оккупации Украины (после позорных брест-литовских соглашений) и Гражданской войны ставшем крупным военачальником Красной армии. Наиболее интересна музыка к «Партизанам в степях Украины». Она создана на основе сюиты «1941 год» — ибо действие «Партизан» разворачивается именно летом — осенью 1941-го, — но не путём механического перенесения отдельных кусков из сюиты в фильм, а за счёт творческого расширения сюиты тремя украинскими хорами-эпиграфами к каждой из трёх частей-«песен» фильма и дополнительными симфоническими эпизодами, в том числе с использованием известной песни «Галя» («Їхали козаки»). В одном из написанных специально для фильма оркестровых кусков одновременно звучат и мелодия «Козаков», и тема из сюиты «1941 год». Музыка «Партизан» значительно интересней самого фильма, повествующего об ужасах оккупации — с предательством, массовыми расстрелами мирного населения, — но уж очень на официозный манер (кульминацией фильма оказывается речь Сталина 7 ноября 1941 года, которую партизаны слушают по радио). Однако для Прокофьева «Партизаны» имели личное измерение: родная Солнцевка оказалась под немцами. В музыке тема неизбежной «победы в борьбе», без изменений перенесённая из сюиты «1941 год», господствует даже во второй части эпизода «Могила», в котором руководитель партизан Часнык произносит речь над массовым захоронением, где лежит и его расстрелянная жена. А музыка в сцене сожжения партизанами хлебов достигает потрясающей контрапунктической — по отношению к визуальным образам — выразительности.