20 марта 1943 года композитору была присуждена первая в его жизни Сталинская премия — за Седьмую сонату: окончательный список, как известно, утверждал сам Сталин.
Однако всё время пребывания в эвакуации Прокофьев не забывал о Лине Ивановне и детях. Из Алма-Аты он посылал в Москву дефицитные сахар, варенье, мыло, а если случалось, то редкие даже в Алма-Ате рис и сушёные фрукты, переводил деньги (к концу войны регулярные переводы составляли пять тысяч рублей в месяц), отдавал Лине гонорары за получаемые от Комитета по делам искусств заказы. Так, 28 июля 1942 года в разгар немецкого наступления на юге России он посылает письмо главному бухгалтеру КДИ с настоятельным запросом о трёх тысячах рублей, которые комитет должен был выплатить остававшейся в Москве Лине Ивановне за кантату «Баллада о мальчике, оставшемся неизвестным», к работе над которой Прокофьев только приступал: «Прошу Вас сообщить мне в г. Алма-Ата по вышеуказанному адресу, выплатили ли Вы эту сумму Л. И. Прокофьевой полностью или за вычетом налогов, и, во 2-м случае, каковы размеры налогов. Мне нужна точная справка о размере уплачиваемого мною военного налога». Сам же композитор в казавшейся относительно благословенной Алма-Ате отнюдь не роскошествовал. Даже принимая в расчёт хорошие киногонорары. 3 ноября 1942 года он писал Лине Ивановне: «Цены… сейчас они здесь приблизились к московским, а иногда и обогнали их. В общем, не думай, что здесь Эльдорадо: никакая гимнастика не согнула так живот, как постоянные полухолодные макароны».
Начатая 16 августа и оконченная 15 октября кантата для драматического сопрано, драматического тенора, смешанного хора и симфонического оркестра на слова из публицистического стихотворения Павла Антокольского «Баллада о мальчике, оставшемся неизвестным», — может быть, не самая удачная в композиторском наследии Прокофьева, — с редкой достоверностью передаёт боль и отчаяние трагических лета и осени 1942 года, чувств, которые Прокофьев стремился не впускать в своё творчество. Построенная на принципиально немелодическом драматическом речитативе, она повествует о подвиге безымянного мальчика-партизана, ценой собственной жизни подорвавшего машину с эсэсовцами, истребительная деятельность которых на оккупированных территориях была уже широко известна. В качестве мобилизационной музыки Прокофьеву куда лучше удавались патриотические, победительные хоры. Но фронт летом и осенью 1942 года трещал по швам. Больше такой музыки о войне Прокофьев писать никогда не будет.
Как ни хотел Прокофьев с Мирой вернуться в Москву, по большому счёту, возвращаться ему было некуда. Дмитрий Рогаль-Левицкий, к которому Прокофьев в конце 1943 года обратился за помощью в восстановлении, как ему казалось, утраченной партитуры «Шута», вспоминал, что композитор и его спутница переезжали из гостиницы в гостиницу. Сначала они жили в просторном номере в гостинице «Москва» (ныне перестроенной), напротив Кремля и Манежа, потом композитор вынужден был переехать в «Метрополь» и, весной 1944 года, из «Метрополя» в «Савой» — в помещение, по впечатлению Рогаля-Левицкого, «очень жалкое и убогое, очевидно, для него не нашлось более приличного и поместительного номера вроде тех, какими он пользовался в «Москве» или «Метрополе».
Композитор в это время думал, что партитура «Шута» погибла под бомбардировками в Германии. В берлинской конторе РМИ — эти сведения он получил окольными путями (несмотря на то, что с Германией шла война, косвенная связь с РМИ, как это ни фантастично, сохранялась) — рукопись Прокофьева, как он сказал Рогалю-Левицкому, «искали и не нашли». Действительно, в декабре 1943 года советская авиация уничтожила здание берлинской конторы, а в январе 1944-го сгорела лейпцигская типография, печатавшая издания РМИ, однако благодаря усилиям руководителя немецкого отделения Фёдора Вебера, всю войну остававшегося в Германии, подвергшегося за свою деятельность аресту гестапо и отправленному на время в трудовые лагеря, кое-что удалось спасти. Полная партитура «Шута» уцелела тоже. Но Прокофьев этого ещё не знал.
Балетом заинтересовался Мариинский (Кировский) театр. Однако, занятый «Войной и миром» и другими работами и опасаясь, что восстановление оркестрованного почти четверть века тому назад «Шута» неизбежно выльется в переделки, Прокофьев дал карт-бланш Рогалю-Левицкому в «восстановлении» партитуры по полному клавиру балета и по карманной партитуре сюиты, изданной в 1924 году у А. Гут-хейля, фактически пригласив его в соавторы. В успехе он не сомневался. В марте 1944 года Рогалю-Левицкому поручили оркестровать понравившуюся Сталину и ставшую, взамен «Интернационала», новым гимном СССР массовую песню Александрова (так называемую «Песню о партии») — правда, с новыми словами Сергея Михалкова. Теперь, с уже другим текстом всё того же Михалкова, но в прежней удачной оркестровке Рогаля-Левицкого, это гимн России. Но самое удивительное, что ставшая в 1990-е годы промежуточным, временным (без слов) гимном «Патриотическая песнь» Глинки была тогда же — в 1944-м — отредактирована и оркестрована всё тем же Рогалём-Левицким для объявленного конкурса на уже не союзный, а республиканский гимн. Именно в 1944-м, с самоиронией припоминал Рогаль-Левицкий, ему «довелось заслужить новое высокое звание «гимнюка», пущенное в народ Головановым». Сам Прокофьев выражался куда деликатнее, именуя Рогаля-Левицкого «государственным оркестратором».
Мариинский театр, по одному ему понятным причинам, договора с Рогалём-Левицким и Прокофьевым заключать не стал, и уже начатая работа была остановлена на середине. Однако и такой интерес свидетельствовал о возвращении к нормальной художественной жизни.
Что же до конкурса на новый гимн Российской Федерации, то в нём приняли участие и Асафьев, и Прокофьев. Все конкурсные работы были — вновь — оркестрованы Рогалём-Левицким, личное впечатление которого от конкурсного прослушивания кажется особенно интересным: «…гимн Асафьева — в сущности, неплохой — был признан слишком «татарским», что никак не могло вязаться с поставленной «русской» задачей. <…> Гимн Прокофьева, как это ни странно, оказался слишком «изысканным» и впечатления не произвёл, а гимн Глинки, исполненный последним, одним ударом подвёл черту всего дела. Было признано не очень удачным вводить Гимн Российской Федерации «восставшего из гроба» великого русского композитора, который, в силу сложившихся обстоятельств, разложил на обе лопатки и натянул нос всем советским композиторам с Прокофьевым и Асафьевым во главе. Я думаю, что неудача Прокофьева была случайной — он просто не сумел по-деловому отнестись к поставленной перед ним задаче, а Борис Владимирович со своим до смешного больным самомнением вообще считал себя единственным композитором «мирового масштаба», хотя на самом деле всё это было далеко не так, как ему хотелось бы. Короче говоря, потешная затея с Гимном Российской Федерации не удалась».
В начале 1944 года Прокофьев рассказал Рогалю-Левицкому, что теперь бывает у Литвинова, недавно покинувшего высокие дипломатические посты, у которого он с ещё тремя-четырьмя знатоками играет в бридж, порой засиживаясь до утра. В доме Литвинова, долго жившего за границей и женатого на англичанке, говорили по-английски. Возможно, туда захаживала и Лина, ещё больше, чем Прокофьев, испытывавшая недостаток в общении с теми, кто юность и вообще лучшие годы провёл за пределами России, в разговорах по-английски, наконец…
Время от времени, снова живя в Москве, Прокофьев приходил и на прежнюю квартиру на улице Чкалова. Однако Линины надежды на возвращение Прокофьева к ней и детям были тщетными. 24 мая 1944 года Прокофьев написал из Москвы Вере Алперс: «В моей жизни тоже произошли большие перемены — я разошёлся с Линой Иван<овной>, женился вторично и счастлив во втором браке. Сейчас у меня нет квартиры. Я живу в гостинице и, вероятно, скоро отправлюсь куда-нибудь за город, так что даже затрудняюсь, какой дать обратный адрес».