Для Прокофьева же испытания только начинались; может быть, самым невыносимым из них стал арест оставленной им в 1941 году Лины. Никакие письма наверх, поданные сразу после постановления, тут не могли помочь. Очевидно, Берия продолжал разыгрывать собственную шахматную партию, в которой пользовавшийся всемирной известностью, а с 1927 года и симпатией Сталина Прокофьев был не более чем подлежавшей ликвидации пешкой. Требовалось собрать против него улики.
20 февраля 1948 года ближе к вечеру Лину Ивановну вызвали телефонным звонком получить передачу от знакомых. Едва она подошла к ожидавшей у ворот дома машине «с передачей», как её туда втолкнули сотрудники МТБ и сразу же поднялись в квартиру с обыском, который продлился всю ночь. Отобранные драгоценности, личные бумаги и вещи, включая коллекцию грампластинок и рояль Прокофьева, — запечатали в двух специально отведённых под это комнатах квартиры. Святослав попытался было наивно возражать, что рояль — это вещь их отца, знаменитого композитора, и к задержанию матери никакого отношения иметь не может (возразить то же самое по поводу грамзаписей он от растерянности не догадался), но пришедшие с обыском прекрасно знали, кто их отец, и для них всё это имело самое прямое отношение к затеянному делу. Задачей госбезопасности было «нейтрализовать» как можно больше музыкального материала и запастись вещественными доказательствами против Прокофьева. Ведь главной целью был именно он — не Лина. Может быть, поэтому не тронули картин, кроме одной — с букетом белых цветов кисти Гончаровой, прихваченной при обыске искусствоведшей в штатском, очевидно, и разрабатывавшей «дело Прокофьевых». Власть понимала, куда ударить непокорённого гения побольнее.
То, что на Сергея Прокофьева набирали совершенно определённый материал, подтвердилось на допросах Лины Ивановны. Точное их содержание нам неизвестно, но по её собственному заявлению, поданному в 1954 году Генеральному прокурору СССР, по рассказам знавших её в заключении и по тому, что довелось услышать детям, Лину Ивановну сажали в карцер, один следователь плевал ей в лицо и пинал ногами, другой подвергал психологической пытке, заставляя слушать крики избиваемых, выкрикивая в спину проклятия и угрожая ещё более страшными побоями. А когда её отправляли обратно в камеру, то из динамика беспрерывно звучало «Полюшко-поле…» Льва Книппера. Понимая, что женщина воспринимает действительность ушами, можно представить, насколько тяжела была для музыкальнейшей Лины именно эта разработанная в МГБ слуховая пытка. «В течение трёх с половиной месяцев (период следствия) мне не давали спать ни ночью, ни днём, я дошла почти до психической болезни», — писала она в заявлении Генеральному прокурору. В 1988 году Лину Ивановну, уже неизлечимо больную и давно выехавшую из СССР, стали посещать видения тюремно-лагерных ужасов: ей казалось, что за стеной кого-то избивают, а врачи и санитары в западногерманской лечебнице, где она находилась в последние месяцы жизни, — это переодетые сотрудники советской госбезопасности, пытающиеся вколоть ей психотропные средства. «Я ни в чём не виновата, не виновата!» — кричала Лина Прокофьева в ужасе и беспамятстве.
В 1948 году от неё требовали инкриминирующих сведений на отца её детей — «предателя» и «белоэмигранта», каковым Прокофьев, следователи это прекрасно знали, никогда не был, а вот в различных разработках госбезопасности в связи с симпатиями к евразийскому движению числился. Один из бывших лидеров евразийцев Пётр Савицкий уже сидел в советском лагере (его арестовали в 1945-м в Праге), другие — оставшиеся в Литве и принявшие советское подданство Карсавин и Сеземан, будут арестованы в 1949-м, и даже те, кто работал на госбезопасность в евразийской среде, тоже подверглись к 1948 году «нейтрализации» — муж Марины Цветаевой Сергей Эфрон был расстрелян в 1941 году (сразу после начала войны), а «ведший» Прокофьева и прекрасно осведомлённый о его музыкальных и политических симпатиях профессиональный разведчик Александр Ланго-вой пребывал с 1940-го в заключении (почему-то ему сохранили жизнь). Словом, нашлось бы достаточно инкриминирующего материала и без выбиваемых из Лины признаний: вхожесть Прокофьева в 1920—1930-е годы в круг «предателей» была очевидна. Не говоря уже о сорвавшемся — не по вине ли Прокофьева? — возвращении Дукельского в СССР, а также об упорном желании самой Лины эмигрировать с родины всех трудящихся во Францию.
21 февраля Святослав и Олег отправились на Николину Гору, где безвыездно жил их отец. Стоял сильный мороз, но они часа два с половиной шли от станции пешком. Дверь дачи открыла Мира. Появление сразу двух сыновей да ещё в такую пору не предвещало ничего хорошего. Не говоря ни слова, Мира захлопнула дверь перед пришедшими. Композитор вышел к сыновьям, тут же поведавшим, что стряслось, попросил подождать его, оделся по погоде и отправился со Святославом и Олегом прочь отдачи — выслушивать подробности про обыск и арест. Мире знать всего не следовало. Прокофьев был глубоко подавлен и лишь изредка задавал короткие вопросы. Только что он подписал противоречившее его убеждениям письмо в руководство Союза композиторов и в Совет министров. Тщетно! Ловушка захлопывалась. Потом отец и сыновья возвратились на дачу, и, что бы ни думала Мира о визитах в её дом детей композитора, она должна была впредь с этим смиряться.
Прокофьев приехал на улицу Чкалова, забрал оттуда все ещё остававшиеся там потенциально опасные бумаги и книги, включая комплект журнала «Америка» и русские романы Набокова-Сирина, и безжалостно сжёг их в дачной печи. Чудом уцелел лишь один роман Набокова из прокофьевской библиотеки — «Отчаянье», зачитанный до войны семьёй Алексея Толстого.
Теперь, после ареста Лины, можно было ожидать чего угодно. Возможно, перед его глазами вставала учинённая в 1939–1940 годах расправа с Мейерхольдом и с его женой, убитой в московской квартире «грабителями». Лишь теперь Прокофьев впервые по-настоящему пожалел о дерзком поведении на злополучном совещании в ЦК ВКП(б). Главное было не повторять ошибки Мейерхольда и не пытаться никому ничего доказывать, а лучше — поступить, как поступил в смертельной опасности Эйзенштейн. Замолчать. Лечь на самое дно. Прокофьев пробегал глазами содержание свежего номера «Правды» от 22 февраля: нет, никакого ключа к происходящему там не было. Диалог с властью был иллюзией — не больше. Внимание его, вероятно, привлекла статья «На страже мира» — отклик на новый документальный фильм об успехах и строительстве Советской армии, помещённый накануне «всенародного праздника» 23 февраля, но потом он и о ней забыл. Через два года именно этими словами — «На страже мира», — связанными в его сознании с арестом Лины, композитор озаглавит вымученную ораторию о борьбе народов планеты против угрозы войны, навсегда вписав, как это уже не раз делал до него Шостакович, личную трагедию в следование «линии партии и правительства». Прокофьев постепенно научался быть советским человеком — холодно ненавидящим угнетающую его силу и умеющим, даже когда его заставляют говорить нечто против собственной воли, всем своим видом демонстрировать, что сказать ему хочется другое. «Силы нет на свете, чтобы нас сломила». На первом съезде Союза советских композиторов в апреле 1948 года Прокофьев не проронил ни слова и ушёл после первого же заседания. Ведь ответствен он отныне был не только за свою жизнь, но и за жизни и судьбы сыновей, расплачиваться которыми за собственную непокорность не имел никакого права.
Вскоре Святослав и Олег получили телеграмму от бабушки из Франции: «Очень обеспокоена молчанием». Прочитав во французских газетах о погромном постановлении и, возможно, узнав от общих знакомых об аресте дочери, Ольга Владиславовна не представляла, что и думать о судьбе внуков и зятя. В течение всей войны она существовала на пособие, которое получала от РМИ по инициативе его директора Гавриила Пайчадзе, очень болела и сильно состарилась; в 1947 году Прокофьев попросил это пособие увеличить. Святослав и Олег, напуганные арестом матери, решили на телеграмму не отвечать. Они наняли адвоката, который помогал им подавать различные апелляции, — конечно, безрезультатные, потому что в делах, подобных делу Лины Прокофьевой, всё решалось ещё до начала следствия. Можно только предполагать, что думала о происходящем в Москве Ольга Владиславовна. Скоро она скончалась. Худшего, впрочем, не произошло: внуки и сам Прокофьев остались на свободе.