В первоначальной авторской редакции порядок расположения музыкального материала в досочинённых частях был следующим:
Акт III. Картина 7-я. Санаторий военных лётчиков в бывшем богатом имении на берегу озера. Алексей, вместе с остальными, проходит проверку на полное восстановление способностей управлять воздушной машиной. Испытание ему устраивается своеобразное — станцевать вальс и румбу на протезах. Несмотря на невероятную боль, Алексей танцует с медсестрой Анютой. Вальс — танец неизбежно классический — вышел в опере тонким, лиричным и неожиданно для такой сцены нежным, румба — популярнейший в 1940-е годы плод увлечения Кубой — немного тяжеловесная (у Дукельского румбы выходили веселей и задорней), но узнаваемо прокофьевская, своя. Это вообще единственный пример, когда Прокофьев сочинял в одном из жанров популярной музыки своего времени. Между танцами — звучит дуэт разыгрывающих Анюту, скрывающихся под масками боевого товарища Алексея Андрея Дегтяренко и его знакомого по госпитальной палате Кукушкина — «Всякой на свете-то женится». В основе дуэта — обработка народной песни. Стилистический диапазон «Повести» просто поразителен; удивительно и то, с какой, в общем-то отвергающей боль и несчастье, музыки началось возвращение Прокофьева к творчеству.
Картина 8-я. Озеро. Анюта, Алексей и Андрей в лодке. — Возможно, на создание сцены в лодке его натолкнул просмотр рукописи юношеской оперы «Ундина», которую Прокофьев считал безвозвратно утраченной и которую накануне начала работы над оперой вдруг получил в октябре 1947 года в Ленинграде от четы Кочуровых, сохранявших её по просьбе Нины Мещерской все эти годы. В «Ундине», точнее в уцелевшей её части, писавшейся в 1907 году, ровно за 40 лет до «Повести о настоящем человеке», есть в предпоследнем, третьем действии тоже сцена-баркаролла — «Лодка на Дунае». Прокофьеву было свойственно пересочинять то или иное музыкальное решение вновь и вновь — очевидно, влияние шахматного мышления. Как и в сцене «Ундины», огромную роль в сцене «Озеро» в «Повести» играет хор, величественно и прекрасно вступающий в самом конце, — на музыку одной из прокофьевских обработок русских народных песен, соч. 106, № 2, — с новыми словами о решимости победить под Сталинградом. Анна Булычёва, автор подробного исследования об истории создания «Повести», видит в этом финале ещё одну отсылку к «Жизни за Царя» — к финалу первого акта глинкинской оперы. О другой мы уже упоминали в связи с трио Деда, Вари и Алексея из четвёртой картины оперы. Восьмая картина была завершена 25 апреля 1948 года на Николиной Горе.
Ундина в мистическом прочтении возрастов жизни указывает на последний, четвёртый возраст — на время возникновения надежды, совпадающее с ночью, стихией воды, холодом и добром. Это время господства аполлонического и мусикийского начала, торжества богочеловеческого над сатанинским, время бабочки, выпархивающей из тела в бессмертие. Но прежде, чем это произойдёт — в четвёртом акте, — душа «настоящего человека» Алексея, заключённая в изуродованное тело, пройдёт через очистительную муку.
Акт IV. Картина 9-я. Комнатушка Алексея в Москве. — Вся — душераздирающие и совершенно автобиографические признания, изложенные в опере драматическим речитативом:
Картина 10-я. Лесной аэродром. Полковник и Кукушкин с часами в руках. На носилках забинтованный Андрей. На переднем плане землянка. — Они ожидают возвращения Алексея с первого боевого вылета, Алексей запаздывает и уже без горючего дотягивает до аэродрома. Пишет новое письмо Ольге, но Кукушкин приводит к нему Ольгу в офицерской гимнастёрке; Ольга давно уже всё знает от Андрея. Финальная сцена — появление автора повести Полевого и первый его разговор с Алексеем, закольцовывающий оперу: именно в этот момент произведение должно вернуться к своему началу. «Идёмте, — говорит в опере Алексею и Ольге корреспондент Полевой. — Сейчас мы услышим повесть о настоящем человеке». Это и есть последние слова оперы.
«Повесть о настоящем человеке» — типично прокофьевская опера, созданная во всеоружии таланта и абсолютного владения жанром, когда ясно, что композитор способен взять любой сюжет и написать на него шедевр. По сценическому мышлению она скорее предвосхищает экспериментальный театр 1950—1960-х годов. Мясковский, ознакомившись с рукописью, в мае 1948 года записал в дневнике: «…как всегда, чрезвычайно интересно, метко и выразительно, но всё те же принципы — омузыкаленной драмы, что сейчас крайне «не модно». Либретто, впрочем, ему «не понравилось: ужимки, фокусы и нет политической целенаправленности; боюсь, что будет встречено в штыки».
Прокофьев возвращается к поискам сюжета для нового большого сочинения. Если официальной критике была подвергнута неспособность советских композиторов писать оперы на современные сюжеты, то Прокофьев готов показать всем пример того, как это делается. Он совместно с Мирой составляет подробный сценарий лирико-комической оперы «Далёкие моря» по «комедии-водевилю» Владимира Дыховичного (1911–1963) «Свадебное путешествие» (1941). Поиск общего языка со ставящим его во всё более трудное положение режимом сочетается с упорным желанием отстоять незаёмное, своё, составляющее сердцевину самосознания как композитора и личности. Тут и восхищение жизнью природы, и умение увидеть подверженного временным невзгодам человека в перспективе миллионов лет естественной истории.
Герои задуманной оперы, профессор Синельников и его аспиранты Костик, Марк и Андрей, дочь и помощница Синельникова Зоя, морской геолог Настенька и штурман корабля Ольга Атаманенко, отправляются в океанографическую экспедицию исследовать недра Охотского моря. Проект текста арии профессора из второй картины первого действия оперы странным образом сочетает знакомую ещё по детским тетрадям по-мальчишески детально классифицирующую и одновременно возвышенно-поэтичную речь самого Прокофьева со звучащими почти в духе Хармса официозными штампами, добавленными, без сомнения, Мирой Мендельсон, ибо так, на советский манер, изъясняться Прокофьев просто не умел.
«Синельников, влюблённый в свою профессию, радуется приближению экспедиции, — гласит план либретто, — во время которой он должен испытать прибор по исследованию морского дна. Сколько может рассказать морское дно об истории Земли! Велика роль моря в грандиозной истории жизни на Земле. Четырнадцать морей и три океана омывают берега нашей страны. Миллионы советских людей связаны с морем в своей жизни и работе. Его просторы зовут к себе всё новых и новых советских учёных, представителей самой передовой науки в мире. Они готовы всю свою жизнь отдать изучению кипучей жизни моря, богатства которого разнообразнейшими растениями и животными несметны. Огромны задачи, стоящие перед нашими учёными, и велика их ответственность».