Однако в том, что касалось музыкальных рукописей, дневников, переписки, личных вещей и бумаг, воля композитора была соблюдена с завидной аккуратностью.
Ещё в 1950 году Прокофьев договорился о передаче в Центральный (ныне — Российский) государственный архив литературы и искусства в Москве своих рукописей и бумаг. Архив располагается возле той части Ленинградского шоссе, что была во времена Прокофьева дальним пригородом столицы. Прокофьев отбирал рукописи, бумаги и газетные вырезки для архива вплоть до последних часов жизни. В последующие годы фонд Прокофьева сильно пополнился, в основном за счёт бумаг, поступивших от Миры Мендельсон.
Было и другое пополнение. В 1955 году, после смерти Прокофьева, стало известно о дневниках и письмах, положенных Сергеем и Линой Прокофьевыми в сейф одного из американских банков. Инюрколлегия СССР, в 1955 году взявшая бумаги под свою опеку, оповестила о них Комиссию по наследию Прокофьева. 20 апреля того же года был составлен акт о передаче бумаг в ЦГАЛИ (теперь — РГАЛИ) с правом доступа к ним на ближайшие 50 лет, то есть до 2005 года, только Мире и детям. Лина Ивановна, отвезшая вместе с Прокофьевым эти бумаги в США, всё ещё находилась в лагере. Святослав и Олег Прокофьевы постфактум подписали акт комиссии. В 2002 году усилиями Святослава Сергеевича Прокофьева и его сына Сергея Святославовича дневник 1907–1933 годов был издан во Франции. В публикацию не вошли записи более раннего времени, 1934–1939 и 1952–1953 годов.
Другие бумаги, большая часть уцелевшей библиотеки и личные вещи Прокофьева, попали, по завещанию Миры Мендельсон, в Государственный центральный музей музыкальной культуры им. М. И. Глинки (ГЦММК). Ныне в качестве филиала ГЦММК в Камергерском переулке (в советские времена — в проезде Художественного театра), в доме, в котором Прокофьев бывал с 1939 года, а впоследствии и жил с Мирой Мендельсон, располагается Музей Сергея Прокофьева (официально музей был открыт только в июне 2008 года).
Выехав за рубеж, Лина Прокофьева приложила немало усилий для организации Фонда Прокофьева, на базе которого был создан Архив Сергея Прокофьева при Гольдсмитовском колледже Лондонского университета. И хотя в архиве, занимающем сравнительно небольшое помещение, не хранится никаких подлинников, он уникален уже тем, что представляет исследователям возможность ознакомиться с ксерокопиями музыкальных рукописей и писем Прокофьева, относящихся к периоду его жизни за границей, то есть к 1918–1935 годам. Оригиналы рассеяны по всему миру. Есть они и в Национальной библиотеке Франции в Париже, и в Библиотеке Конгресса США в Вашингтоне, и во многих других известных и малоизвестных собраниях.
Намеченное ещё при жизни Прокофьева издание его избранных сочинений превратилось в собрание сочинений, в сущности — в расширенную версию избранного в двадцати томах, вышедшую в свет в 1955–1967 годах. За пределами его остались юношеская музыка, все оперы, кроме последней редакции «Войны и мира», все балеты до «Ромео и Джульетты», большая часть музыки к кинофильмам, за исключением концертных обработок музыки к «Поручику Киже» и к «Александру Невскому», Вторая, Четвёртая (в обеих редакциях) и Шестая симфонии, большинство сюит, Первый концерт для виолончели с оркестром, ранние редакции других симфонических партитур и камерных сочинений, «Семеро их» и «Кантата к ХХ-летию Октября», огромное литературное наследие. Пробелы двадцатитомника отчасти восполняются изданиями РМИ и Гутхейля, а также нотными публикациями 1960—2000-х годов. Огромный корпус юношеских сочинений, первые редакции «Игрока», «Шута», «Огненного ангела», «Войны и мира», авторская версия «Повести о настоящем человеке», сохранившийся музыкальный материал «Ундины» и «Далёких морей», первый вариант Четвёртой симфонии, грандиозная «Кантата к ХХ-летию Октября», основная часть музыки к фильмам «Поручик Киже», «Пиковая дама», «Александр Невский», «Лермонтов», «Тоня», «Котовский», «Партизаны в степях Украины» до сих пор не изданы. Часть переписки Прокофьева увидела свет в 1960— 2000-е годы. Появилось обстоятельно откомментированное и текстологически выверенное издание воспоминаний — обширной «Автобиографии». В недавние годы были изданы сборники статей и интервью, художественной прозы и большая часть дневников Прокофьева. До сих пор не издано огромное число писем, не собраны под одной обложкой прокофьевские стихи и либретто. Издание литературного и эпистолярного наследия композитора составило бы шесть-семь увесистых томов. Когда Прокофьев утверждал, что мог бы стать не композитором, а писателем, он имел в виду именно это. Новое же собрание всех его сочинений довело бы счёт томов до ста.
Вопрос о двух браках Прокофьева остаётся самым неприятным из встающих перед теми, кто берётся писать его взвешенную биографию. После его смерти имели место судебные разбирательства, в ходе которых то один, то другой браки композитора объявлялись недействительными. Пока была жива Мира, эти разбирательства имели смысл, так как существовал вопрос о разделе прав на творческое наследие, но после её смерти в 1968 году и передачи, по завещанию, части прав государству в лице ГЦММК, а части прав — детям композитора, отношения с которыми у Миры никогда не были простыми, да это и понятно, вопрос утратил свою остроту. Лина же, хотя и была намного старше Миры, пережила её и осталась в глазах многих западных коллег единственной женой Прокофьева. Выехав за рубеж в 1974 году, она развернула активную деятельность по созданию Фонда Прокофьева, которая завершилась передачей завещанных ею средств, копий всех доступных на Западе творческих рукописей, бумаг и документов композитора Архиву Сергея Прокофьева при Лондонском университете. Скончалась Лина Ивановна в Лондоне 3 января 1989 года.
Нина Мещерская, давно уже Кривошеина, пережила, по возвращении с семьёй в СССР, все тяготы и испытания, выпадавшие после войны на долю новых репатриантов. Кривошеиным было разрешено поселиться в Ульяновске, который сильно опровинциалился в советское время и который Нина Алексеевна искренне возненавидела. В 1949 году её уволили из местного пединститута, затем был арестован её муж Игорь Кривошеин, а сама она вместе с сыном лишилась квартиры; после чего работала чтецом у слепых студентов, кассиром на аттракционах в городском парке культуры… Это была уже совершенно другая жизнь, бесконечно далёкая от эпохи «Гадкого утёнка» и «Игрока». Игоря Кривошеина между тем отправили в так называемую «Марфинскую шарагу», где он вместе со Львом Копелевым и Александром Солженицыным трудился над разными «спецпроектами». В 1955 году Кривошеин был реабилитирован, и его семья поселилась в Москве. Однако и в оттепельной столице Кривошеиным не было покоя: в 1957 году арестовали и приговорили к трём годам лагерей за «антисоветскую агитацию» их сына Никиту, только что окончившего Институт иностранных языков и всерьёз поверившего оттепельным свободам. В 1974 году Кривошеины, под нажимом властей, решили навсегда уехать во Францию. В 1977 году Нина Алексеевна начала работать над воспоминаниями. Изложила она и свою версию их с Прокофьевым любви, о которой к этому времени писали в биографиях композитора. Скончалась Нина Алексеевна 29 сентября 1981 года в Париже и была погребена на русской части кладбища в Сент-Женевьев-де-Буа. Воспоминания Кривошеиной «Четыре трети нашей жизни» увидели свет в 1984 году в редактируемой Солженицыным «Всероссийской мемуарной библиотеке».
Стелла Адлер до конца жизни хранила молчание о юношеском романе с Прокофьевым. Она трижды побывала замужем. Её второй муж, режиссёр и критик Гарольд Клёрман (Harold Clurman, 1901–1980), которого она встретила в 1924 году, был очертаниями нижней части лица до поразительности похож на Прокофьева. Наш герой умел влюблять в себя навсегда. Стелла Адлер умерла в Калифорнии, став во второй половине своей долгой жизни самой знаменитой преподавательницей актёрского мастерства в Соединённых Штатах. Дело её продолжает нью-йоркская «Stella Adler Studio of Acting».