Соловьев отмолчался, даже когда летом 1846 года Погодин выпустил три тома «Исследований, замечаний и лекций о русской истории», хотя, казалось бы, вот удобный повод сказать доброе слово о предшественнике по кафедре. Советовался о совершенных пустяках, о том, можно ли принять на службу отпущенного погодинского человека, но не подошел, не поговорил об «Исследованиях», которые посвящены «молодым друзьям русской истории, студентам университетов, и в особенности студентам Московского университета». Впрочем, оно и к лучшему; вот Василий Григорьев, на которого столько времени было положено, написал с обидной откровенностью: «Лекции ваши не произвели на меня сильного впечатления… Вы сами не знаете, сколько в вас немецкого. Вы до сих пор занимаетесь русскою историею, идя по следам немцев».
Соловьев лето 1846 года провел на даче, продолжал давать уроки сыну Строганова, жил тихо, хорошо, обрабатывал докторскую диссертацию. Для затеянного славянофилами «Московского сборника» он написал статью о родовых отношениях между князьями Древней Руси, где очень пригодились кавелинские замечания. Действительно, родовое начало, проще говоря, начало родства господствовало в стране, где не было твердых юридических отношений. Кавелин, ознакомившись со статьей, похвалил за то, что родовым отношениям «возвращено их настоящее глубокое решительное значение в судьбе древней России». Бесспорно, родовая теория прочно утвердилась в исторической литературе, как бы ни объявлял ее Константин Аксаков поклепом на русскую историю.
С Кавелиным отношения сложились самые дружеские, без церемоний. Константин легко воодушевлялся, охотно спорил, не скрывал религиозного вольнодумства, насмешничал. Повторял слова, пущенные в ход их общим приятелем, Аполлоном Григорьевым, который, недолго прослужив секретарем Совета университета, подался в Петербург, откуда писал, что профессора Московского университета — «стадо скотов, богохульствующих на науку», а их бесплодные теории полны цинического рабства, прикрытого лохмотьями западной учености. Что сталось с умницей Аполлоном, окончившим курс первым кандидатом, Сергей не знал. Спасибо, хоть делал исключение длй «свежего, благородного, хотя исполненного предрассудков и византийской религии Соловьева». Кавелин, числившийся в «стаде», смеялся, потом друзья, как вспоминал Соловьев, «упивались развитием наших сходных научных взглядов». Лет через пятнадцать они взаимно охладели друг к другу, и Кавелин, в котором вдруг заговорила дворянская спесь, бросил о Соловьеве: «поп».
Их часто ставили рядом, сравнивали. Белинский, который привлек обоих к сотрудничеству в «Современнике», отдавал предпочтение Кавелину, его легкому слогу, умению увлечь читателя: «Статьи Кавелина для нас в 1000 раз важнее и дороже статей Соловьева, и были бы такими даже и тогда, когда бы нам доказали, как 2Х Х2 = 4, что для науки статьи последнего в 1000 раз важнее статей первого. Я никогда не забуду, как Герцен в Париже, прочтя об отношениях князей Рюрикова дома, сказал мне: очень хорошо, только страшно скучно и читать — мука. А ведь Герцен — не публика! Но кафедра — иное дело; и там ценится высоко живое и красноречивое изложение; но, как бы сухо, и мертво, и неуклюже ни читал профессор, если в его лекции есть крупицы фактов и воззрений чистого золота, молодые служители науки будут от него даже в восторге. Журнал — другое дело. Он занимается и наукою, но не для науки, его цель — не просвещение, а образование».
Тогда же Погодин (шел 1847 год) большим достоинством счел кавелинскую ясность, даром что сам изъяснялся с нарочитым косноязычием: «Он берет большее преимущество пред Соловьевым, который решительно видит все навыворот и не помнит, что говорит, хоть и говорит, пишет легко и живо. Оба они отделали или хотели отделать меня одинаково (знать, сильны!), следовательно, и в этом отношении я могу судить об них, не склоняясь ни на чью сторону. В успехе Соловьева я отчаиваюсь, окончим сравнение, если он не подвергнется радикальному лечению, а на успех Кавелина я надеюсь, лишь только откинь он предубеждения».
Чичерин находил замечательным, что в одно время два человека, Кавелин и Соловьев, без предварительного уговора пришли к одному взгляду на русскую историю и сделались основателями новой русской историографии. Им не было и тридцати лет, когда они сформулировали родовую теорию и изложили начала государственной школы. В глазах Чичерина юридические знания Кавелина служили «драгоценным восполнением» ученой деятельности Соловьева. Истоки же — от Грановского: «Сами Кавелин и Соловьев от него научились правильно смотреть на историю, ибо они были его слушателями». Отсюда и сходство воззрений.
К весне 1847 года докторская диссертация была написана. Она называлась «История отношений между русскими князьями Рюрикова дома» и в напечатанном виде составляла объемистую книгу в 700 страниц. Когда Сергей привез ее Погодину, тот проворчал: «Вишь, какой блин испек!»
Исследуя летописи, духовные и договорные грамоты великих и удельных князей, монастырские акты, Соловьев построил теорию, которая объясняла ход русской истории до Ивана Грозного как «естественную связь событий», как «естественное развитие общества из самого себя». Он находил несправедливым деление на периоды — удельный, монгольский — и предлагал «принять выражения определеннейшие: отношения родовые и отношения государственные», борьба которых и составляла содержание истории Руси до конца XVI века, до «пресечения Рюриковой династии», когда произошло окончательное торжество государственных отношений над родовыми, торжество, «купленное страшной, кровавой борьбой с издыхающим порядком вещей». Некоторые положения диссертации звучали очень резко.
О времени после Ярослава Мудрого он писал: «Все князья суть члены одного рода, вся Русь составляет нераздельную родовую собственность; идет речь о том, кто из князей старше, кто моложе в роде: за все это споры, все междоусобия. Владения, города, области имеют значение второстепенное, имеют значение только в той степени, в какой соответствуют старшинству князей, их притязаниям на старшинство, и потому князья беспрестанно меняют их. Интерес собственника вполне подчинен интересу родича. Вместо разделения, которое необходимо связано с понятием об уделе, мы видим единство княжеского рода». Сказанное противоречило тогдашним представлениям, равно как и требование исключить из русской истории понятие «монгольский период»: «Это название может быть допущено только тогда, когда мы берем одну внешнюю сторону событий, не следя за внутренним, государственным развитием России; мы не имеем никакого основания ставить монгольские отношения на первом плане, приписывать азиатской орде такое сильное влияние на развитие европейско-христианского общества».
Погодин назвал диссертацию «парадоксами молодого человека» и снисходительно заметил: «Примерное трудолюбие его ручается, что он останется недолго под их властью». По поводу монгольского периода между учителем и учеником завязалась печатная перепалка. Соловьев поместил в «Московских ведомостях» заметку, после чтения которой Погодин не сдержался: «Получил газеты и нахожу ругательство подлейшее и невежественное Соловьева. Вот подлец-то». Другие судили сдержаннее, хотя Соловьев не раз слышал, что не следует вооружаться против учителя. Ответ Погодина был, по признанию современников, «немилосердным», но одно его возражение заслуживало внимания: «Исключить — легко сказать, но чего стоило нашим предкам прожить этот период? Исключить одним почерком пера воспоминание о двух с лишком столетиях рабства, позора, страданий, слез, крови, убитого чувства, — двух с лишком столетиях, в продолжение коих все князья должны были, как сказал я, ездить в Орду, на берега Амура и Волги, для поклонения ханам, все митрополиты, между коими были Петр и Алексий, смиренно просить ярлыков даже для свободного богослужения, все граждане должны были преклонять свою голову пред последним татарином и считать себя рабами, — о, это такой период, на который татары наложили глубоко клеймо свое, и исключать их имя из него, — не знаю, значит ли понимать этот период?»
Окончание погодинской статьи исполнено достоинства, даже Грановский был доволен: «Соловьев говорит наконец о моем непонимании истории, о моем незнании фактов, о моей недобросовестности в исследованиях. Об этом спорить я не могу, — может быть, все это и правда. Пусть судят другие, а мое дело стараться понять, чего не понимал; узнать — чего не знал, и учиться, учиться, учиться».