Между тем кампания «Московских ведомостей» против университета продолжалась. Любимов собирал плохие студенческие записи лекций, коллекционировал нелепости, перевранные формулы, имена, даты и все это внес в деляновскую комиссию в доказательство крайне низкого уровня преподавания в Московском университете. Это был донос. Любимовская «Записка о недостатках нынешнего состояния наших университетов», его погромные статьи в «Московских ведомостях», где он предлагал уничтожить все университетские «льготы», вызвали протест. Любимову было послано коллективное письмо 35 московских профессоров, которые заявляли о разрыве с ним всяких отношений, кроме служебных, «разорвать которые не в нашей влаети». Соловьев, как ректор, в протесте, естественно, не участвовал.
Профессор новой формации, выдающийся социолог Максим Ковалевский, исходя из опыта политической борьбы начала XX века, вспоминал: «Помню, что я и тогда удивлялся, да и теперь не могу понять, почему доносы этого сотрудника Каткова могли вызвать в членах Совета раздражение, достаточно сильное, чтобы побудить значительное большинство профессоров к посылке ему коллективного письма, извещавшего о решении порвать с ним всякий товарищеский обмен. Ведь не вызывает же ныне однохарактерное поведение г. Пуришкевича или г. Маркова 2-го в ком бы то ни было из лиц, ими оклеветанных, или единомышленников этих лиц, желания вступить с ними в какой бы то ни было обмен мыслей, даже тот, какой предполагает заявление о разрыве дальнейших сношений».
На свой лад Ковалевский прав, но у каждого времени свои законы. Любимов пожелал сделать вид, что профессорское заявление несерьезно. При встрече с юристом Муромцевым (будущим председателем I Государственной думы) он как ни в чем не бывало протянул ему Руку — и та повисла в воздухе… Любимов жаловался министру, но в борьбе с нравственным воздействием тот был беспомощен.
12 января 1877 года физик Столетов поместил в либеральной газете «Русские ведомости» уничтожающую статью «Г. Любимов как профессор и как ученый». На следующий день по инициативе и под председательством Соловьева собрался Совет, на заседании которого профессора Герье, Усов, Цингер характеризовали писания Любимова как пасквиль, как злобную кампанию против университета. Совет подверг Любимова моральному осуждению. Студенты бойкотировали лекции одиозного профессора. Для Соловьева действия Любимова, при всей элементарности этого человека, были потрясением. Против свободного научного развития в России выступал не «енерал» николаевского времени, когда человек мысли и знания был гоним, не безграмотный мужик, но университетский профессор. Чего же ждать от такого общества?
Министерство просвещения потребовало от ректора отчет в действиях профессоров и студентов. Требование носило провокационный характер: было широко известно, что Соловьев безусловный сторонник университетской автономии. Доносы Любимова министерство целиком оправдало. Соловьев не подчинился министерству и демонстративно подал в отставку как с поста ректора, так и профессора университета. 16 мая 1877 года Соловьев был согласно прошению уволен от службы при Московском университете.
Вспоминая события 1866 года, он писал Чичерину: «Тогда были только цветики, а теперь ягодки». Чичерин прокомментировал: «Катков и Толстой с их клевретами выжили наконец из университета и этого достойного, всеми уважаемого и крайне умеренного человека. Честность и наука были опасным знаменем, от которого надобно было отделаться всеми средствами».
В университетских событиях 1877 года Соловьев сыграл крупную роль, которая ясно показывает его принципиальное расхождение с политической реакцией, вдохновляемой Катковым. Соловьев отстаивал лучшие, демократические традиции русской науки и университетского преподавания. Его отставка нанесла определенный моральный урон правительству, ретроградным деятелям министерства просвещения. В некоторой степени конфликт 1877 года задержал введение нового реакционного устава, которое последовало лишь через семь лет.
Университетские события отразились и в семье Соловьевых. Владимир Соловьев, приват-доцент Московского университета, отказался осудить действия Любимова. Он ссылался на принцип свободы мнения и слова, на право каждого высказывать свои убеждения, каковы бы они ни были. Поступок Вл. Соловьева его коллеги расценили как неблаговидный. На одном из вечеров у Герье хозяин дал молодому философу отповедь, всеми встреченную сочувственно. Вслед за отцом и сын был вынужден уйти из Московского университета.
Соловьев тяжело переживал уход из университета, где последние два года жизни он вел занятия как приглашенный лектор. Слабым утешением явилось избрание в почетные члены университета.
В 1877 году Соловьев тяжело заболел — сказались университетские события. Всегда свежий цвет его лица понемногу принимал желтоватый оттенок, участились припадки «желчной колики». Ни лечиться, ни говорить о своем здоровье он не любил. Все убеждения родных разбивались об одно слово: «Некогда». Всеволод Соловьев не выдержал, спросил: «Когда же будет время?» Сергей Михайлович ответил: «Когда окончу «Историю»…» В начале 1879 года ученый приехал в Петербург для занятий с великими князьями, и Всеволод, встречавший отца на вокзале, едва скрыл свое впечатление: недавно бодрый и моложавый пятидесятивосьмилетний человек казался семидесятилетним старцем.
В Петербурге Соловьева лечил Боткин, в Москве — Захарьин, оба — лучшие клиницисты своего времени. Относительно состояния здоровья он не заблуждался, находил силы для утешения близких. Всеволоду сказал: «Успокойся, у меня был Захарьин. Я прямо потребовал, чтобы он объявил мне правду. Он побожился мне, что дело не к смерти, и что я поправлюсь. Мне теперь лучше…» Шло лето 1879 года.
Соловьев до конца сохранил привычный распорядок жизни, высокий настрой души, даже прирожденную веселость. Незадолго до его смерти к нему на дачу в Нескучном заглянул Чичерин. Соловьев выглядел совершенно больным. После недолгой беседы Чичерин стал прощаться. Старый профессор сделал попытку удержать ученика: «Куда вы спешите?» — «Еду обедать в Эрмитаж с Кетчером и Станкевичами», — был ответ. «Ах, счастливцы!» — воскликнул Соловьев.
Чичерин писал: «Я с ним простился и более его не видал, но сохранил о нем память, как об одной из самых светлых и почтенных личностей, каких мне доводилось встретить. Он совершил то, к чему был призван, извлек из себя на пользу России все, что мог ей дать. Это была жизнь, посвященная мысли, труду, любимому им университету, в котором многие поколения получили от него благие семена; жизнь чистая, полная и ясная, окруженная семейным счастьем, преданностью друзей и общим уважением. Россия может им гордиться».
До последних дней жизни ученый работал над «Историей России с древнейших времен», двадцать девятый том которой остался неоконченным. После афористичной фразы: «Екатерина имела время изучить Орлова, а главное — имела время охладеть к нему», — первыми издателями тома сделано примечание: «Последние строки писаны уже ослабевшею от предсмертной болезни рукою автора. Все дальнейшее продиктовано им одному из сыновей в несколько приемов, 21, 22 и 24 сентября 1879 года. Он хотел закончить 29-й том казнью Пугачева, но смерть, последовавшая в 7 часов вечера 4 октября, прервала многолетний труд историка, думавшего о нем и в последние минуты своей деятельной жизни».
Скончался Сергей Михайлович Соловьев в годовщину смерти Грановского. Хоронили его при большом стечении народа на кладбище Новодевичьего монастыря.
В газетном сообщении либерального «Русского курьера» между прочим говорилось: «Много огорчений принесла… Сергею Михайловичу борьба за сохранение настоящего университетского устройства и на много лет, быть может, сократила его драгоценную жизнь».
Из статей, посвященных памяти великого историка, выделяются две, написанные его учениками. Герье писал о человеке, ученом, гражданине: «В Сергее Михайловиче Соловьеве обширности и глубине знания, плодотворной деятельности в науке соответствовали, что не всегда бывает, благородный и цельный характер, высота нравственного бытия.