Подобно Молотову, Маленков был «делопроизводителем» и не брезговал никакими, даже самыми рутинными, занятиями. Возможно, и благодаря этой своей покладистости он стал заведующим орготделом в Московском комитете партии. Фактически это был отдел кадров, через который проходили все назначения в столичных райкомах, а также утверждались секретари всех крупных первичных парторганизаций. Учитывая обстановку тех лет, нетрудно догадаться, чем именно пришлось заниматься Маленкову на своем новом посту. С точки зрения Кагановича и самого Сталина, работу по «чистке» Московской партийной организации от бывших оппозиционеров он провел весьма успешно.
Маленков быстро вошел в доверие к своим высоким покровителям. «Чистка» партии от неугодных продолжалась, и Сталин нуждался в «свежих» силах. Кандидатура Маленкова показалась ему наиболее подходящей для назначения его на должность заведующего отделом руководящих партийных работников Центрального Комитета.
Такому стремительному взлету наш герой был обязан прежде всего Кагановичу. Но вскоре проявились худшие качества его натуры: непостоянство, способность к предательству и коварство в достижении личной цели. Почти одновременно с ним Сталин выдвинул на ответственные посты в партийном аппарате и Н. И. Ежова, который стал секретарем ЦК ВКП(б) и заменил Кагановича на посту Председателя Комиссии партийного контроля. Два этих соратника по общему делу вели между собой скрытую войну из-за влияния на Сталина. Впрочем, для «вождя» их вражда не являлась тайной, и он не только не противился, но даже поощрял ее. Маленков принял сторону Ежова и вскоре стал его ближайшим другом. С Кагановичем у него теперь складывались крайне неприятные взаимоотношения.
В октябре 1936 года Ежов стал наркомом НКВД. Этому событию предшествовало другое, имевшее трагические последствия для судеб многих членов партии. В первой половине 1936 года под руководством Ежова и при активном содействии Маленкова проходила канцелярская подготовка террора. Официально она предполагала проверку партийных документов, и поэтому на каждого члена партии заводилось подробное «личное дело».
В книге «Крушение поколения» И. Бергер писал: «Маленков в отличие от Молотова и Кагановича не нес прямой ответственности за сталинский террор 30-х годов». Это неправда, и не может быть правдой. Георгия Маленкова нельзя даже отнести к числу тех, кто пассивно взирал на преступления сталинской клики из опасения за свою собственную участь. Работая под началом Ежова, он принимал в массовых репрессиях самое непосредственное и активное участие. Конечно, формально Маленков тогда еще не входил ни в какие руководящие государственные органы. Но он действовал в тени и приводил в движение наиболее важные тайные пружины террора. Возглавляя отдел руководящих парторганов ЦК, он руководил репрессиями в основном в тиши своего рабочего кабинета. Карательная машина действовала по строго проработанной схеме. Маленков был одним из тех, кто осуществлял планирование террора во всех областях РСФСР. Однако бывали случаи, когда он лично присутствовал на допросах и пытках арестованных партийных руководителей. В 1937 году он вместе с Ежовым выезжал в Белоруссию, где был учинен настоящий разгром руководства республики. Осенью того же года Маленков побывал с Микояном в Армении, и ее постигла та же судьба, что и Белоруссию.
Чтобы замаскировать масштабы преступлений, в начале 1938 года в Москве состоялся Пленум ЦК. На нем рассматривался вопрос «Об ошибках парторганизаций при исключении коммунистов из партии…». Доклад делал Маленков, хотя он еще не был тогда членом ЦК. Один этот факт указывает на необычайное расположение к нему если не самого Сталина, то его доверенного окружения.
Январский партийный форум не остановил репрессии, поскольку это не входило в планы диктатора. Наоборот, темп этого узаконенного злодеяния не снижался еще долгое время. С 1936 по 1939 год было репрессировано более 10 миллионов человек. Но в процессе террора многие мучители занимали места своих жертв. Палачу всесоюзного масштаба тоже выпало на долю испытать на себе все «прелести» политического заключенного. В этот момент набирал силу Берия, еще более жестокий и кровожадный сталинский помощник. Он и заменил своего предшественника на посту руководителя НКВД.