Ежов был арестован в 1939 году и расстрелян в подвале на Никольской улице 4 февраля 1940 года. Любопытно, что Маленков — ближайший друг и соратник опального наркома — не разделил его участи. Как когда-то он предал Кагановича, в конце 1938 года он изменил и Ежову. Осознав всю мощь влияния нового выдвиженца, он стал тесно сотрудничать с Берией.
С 1939 года Георгий Маленков начал появляться на открытой политической арене. На XVIII съезде партии он возглавил мандатную комиссию и сделал доклад о составе съезда. Тогда же его избрали в члены Центрального Комитета, а на Пленуме ЦК, состоявшемся 22 марта 1939 года, — секретарем этого партийного органа, который при Сталине играл даже большую роль, чем Политбюро. Помимо него в Секретариат вошли также А. А. Андреев и А. А. Жданов. Отдел руководящих партийных работников был реорганизован в Управление кадрами ЦК ВКП(б), но во главе его по-прежнему остался Маленков. Как секретарю ЦК ему было поручено контролировать развитие промышленности и транспорта. В феврале 1941 года состоялась XVIII Всесоюзная конференция ВКП(б), посвященная хозяйственным проблемам и итогам выполнения задач первых лет третьего пятилетнего плана. Главный доклад на ней делал Маленков. На последовавшем Пленуме ЦК он был избран кандидатом в члены Политбюро и занял отныне прочное место в ближайшем окружении Сталина.
В самом начале войны, к удивлению многих (тогда он еще не был полноправным членом Политбюро), Маленков вошел в первый же состав Государственного Комитета Обороны. В 1941–1942 годах он выезжал во главе специальных комиссий на те участки фронта, где создавалась угрожающая ситуация. Затем он постепенно перестал принимать участие в решении чисто военных вопросов и занялся проблемами военно-оборонного производства. В частности, основной задачей его являлось оснащение Красной Армии самолетами. К 1943 году соотношение ВВС Советского Союза и Германии стало выравниваться: отечественная оборонная промышленность начала поставлять на фронт большое количество современных машин. Определенная заслуга в этом была и Маленкова, в связи с чем ему было присвоено в сентябре 1943 года звание Героя Социалистического Труда. Приблизительно в это же время он возглавил Комитет при СНК СССР по восстановлению хозяйства в освобожденных от немецких оккупантов районах.
Сразу после окончания войны Маленков возглавил Комитет по демонтажу немецкой промышленности. Это назначение повлекло за собой некоторые неприятности, поскольку за трофеи поверженного врага боролись многие влиятельные ведомства. Для улаживания конфликтов была даже создана специальная комиссия во главе с Микояном, которая вынесла неожиданное, но дальновидное решение — вообще прекратить демонтаж немецкой промышленности и наладить в Германии производство товаров для СССР в качестве репарации.
Как известно, никто из ближайшего окружения вождя не мог надеяться даже на относительную стабильность своего положения. Любой человек, какую бы высокую нишу в партийной иерархии он ни занимал, в один момент мог оказаться не у дел. Фавориты были готовы к этому. Более того, они всячески стремились очернить друг друга в глазах тирана, чтобы подобраться к нему поближе. Политические интриги и клеветничество являлись главными орудиями в этой тайной войне.
Со второй половины 1948 года вражда в рядах партийной элиты значительно усилилась. Именно с этого момента Сталин начал часто болеть, а в 1949 году он перенес, видимо, первое кровоизлияние в мозг. Как и двадцать лет назад, когда «ученики» Ленина боролись за его «наследство», сейчас ближайшее сталинское окружение вступило в отчаянную схватку за право занять место у руля тоталитарного государства. Понятно, что такая борьба не могла не повлечь за собой трагических последствий. Жертвой политических интриг стала Ленинградская партийная организация. По сфабрикованному Берией и Маленковым «ленинградскому делу» репрессии охватили тысячи партийных и комсомольских работников, видных ученых и тружеников народного хозяйства данного региона.
Дело заключалось в следующем. После войны Георгий Маленков продолжал тесно сотрудничать с Берией. Оба они уже стали полноправными членами Политбюро, а значит, не только могли, но и оказывали значительное влияние на развитие событий в стране. Их основными противниками были Жданов и Вознесенский, которые явно доминировали в области идеологии и общественных наук, где ни Берия, ни Маленков никогда не были сильны. В этот период А. А. Жданов являлся, по существу, главным идеологом партии, и его влияние на Сталина в данной области, а также по вопросам руководства коммунистическим движением очень возросло. Н. А. Вознесенский, будучи председателем Госплана СССР, играл большую роль в руководстве советской экономикой. Он вытеснил в этой сфере даже таких сталинских помощников, как Каганович, Микоян и Маленков.