Желая устранить столь влиятельных конкурентов, Берия начал сложную интригу, направленную на их компрометацию. Под прицел наркома НКВД попал прежде всего Жданов, который покровительствовал Ленинградской партийной организации. Расчет Берии был верен: Сталина раздражали теоретические претензии Жданова и Вознесенского, но они находились на пике своей славы и популярности, и с ними нельзя было открыто расправиться. Провести же кампанию против выдвиженцев из Ленинграда не составляло большого труда. Берии и Маленкову удалось убедить Сталина в «сепаратизме» Ленинградской парторганизации, вследствие чего и возникло так называемое «ленинградское дело». Репрессии распространились до самого верха и привели к аресту и гибели Вознесенского, Кузнецова, Родионова и многих других ответственных советских работников. Маленков лично выезжал в Ленинград, чтобы руководить разгромом. Берия возглавил репрессии по «ленинградскому делу» в Москве. В результате Жданов был фактически отстранен от руководства и умер у себя на даче при не вполне выясненных обстоятельствах.
Следует заметить, что жертвой этой борьбы едва не стал сам Маленков. Не без участия сына Сталина — Василия было создано провокационное дело о низком уровне развития советской авиационной промышленности. Командующий ВВС Красной Армии Главный маршал авиации А. А. Новиков и нарком авиационной промышленности А. И. Шахурин подверглись аресту, а Маленков был освобожден от работы в аппарате ЦК и направлен в Ташкент. «Ссылка» длилась недолго: Берия приложил все усилия для полной реабилитации политического союзника с тем, чтобы вернуть его в Москву.
«Ленинградское дело» было не единственным, сфабрикованным при участии Маленкова. После смерти Жданова он принял на себя его функции в области партийной идеологии. В тот же период возникло так называемое «дело Еврейского антифашистского комитета», которое также получило свое трагическое развитие. В ходе новой террористической кампании весной 1952 года были приговорены к расстрелу начальник Совинформбюро и бывший заместитель министра иностранных дел С. А. Лазовский, литераторы И. Фефер, П. Маркиш, Л. Квитко и другие известные деятели науки и культуры. Многим ставилось в вину то, что они писали на языке идиш.
Каким идеологом в области культуры был Маленков, позволяют понять воспоминания поэта Ильи Сельвинского. В 1942 году он написал стихотворение «России», в котором были такие строки: «Сама как русская прцрода, душа народа моего — она пригреет и урода, как птицу выходит его…». Спустя два года Маленков обнаружил в стихотворении скрытый подтекст, особенно в том месте, где речь велась об «уроде», и вызвал автора с фронта в Москву. Об этом событии в дневнике Сельвинского осталась запись:
«Заседание Оргбюро вел Маленков. «Кто этот урод?» — металлическим голосом спросил он. Я начал было объяснять ему смысл этого четверостишия, но он меня перебил: «Вы тут нам бабки не заколачивайте. Скажите прямо и откровенно: кто этот урод? Кого именно имели вы в виду? Имя?» — «Я имел в виду юродивых». — «Неправда! Умел воровать, умей и ответ держать!» Вдруг я понял, что здесь имеют в виду Сталина: лицо его изрыто оспой, мол, русский народ пригрел урода…
Неизвестно как и откуда в комнате появился Сталин. Неся, как обычно, одну руку в полусогнутом состоянии, точно она висела на перевязи, он подошел к Маленкову и стал тихо о чем-то с ним разговаривать. Насколько я мог судить, речь шла не обо мне. Затем Сталин отошел от Маленкова, собираясь, видимо, возвратиться к себе, и тут взглянул на меня: «С этим человеком нужно обращаться бережно — его очень любили Троцкий и Бухарин…»
Я понял, что тону. Сталин уже удалялся. «Товарищ Сталин! — заторопился я ему вдогонку. — В период борьбы с троцкизмом я еще был беспартийным и ничего в политике не понимал». Сталин остановился и воззрился на меня напряженным взглядом. Затем подошел к Маленкову, дотронулся ребром ладони до его руки и сказал: «Поговорите с ним хорошенько: надо… спасти человека».
Сталин ушел в какую-то незаметную дверцу, и все провожали его глазами. Маленков снова обратился ко мне: «Ну, вы видите, как расценивает вас товарищ Сталин! Он считает вас совершенно недостаточно выдержанным ленинцем». — «Да, но товарищ Сталин сказал, что меня надо спасти». Эта фраза вызвала такой гомерический хохот, что теперь уже невозможно было всерьез говорить о моем «преступлении».